在上一篇中我們已經大概介紹了瑪雅文明的起源，那閒言少敘，我們直奔主題。
關於瑪雅文明中斷的原因，至今仍然是眾說紛紜。目前有以下幾種比較靠譜的說法：
1.乾旱說。
這是目前較為流行且靠譜的看法。乾旱說認為瑪雅文明是由於當地連年發生乾旱，摧毀了農業基礎。而他們又沒有相關的水利知識，所以在湖泊河流乾枯斷流之後，農業的歉收直接引起了一系列骨牌效應，輝煌的都市文明最終分崩離析。但是持這種看法的話，更需要考慮的是導致尤卡坦半島旱災頻發的原因是什麼，這是學術界爭論的重點。
2.砍伐森林說。
有專家指出，古瑪雅有著自己獨特複雜的宗教體系。城市一般都以金字塔和神廟為核心，在修建金字塔和神廟時，都用白石灰來粉刷外牆，而燒制石灰又需要大量木材，便不得不砍伐森林。小規模的話還好，但隨著城市規模不斷擴大，金字塔越修越多，越修越高，對木材的需求量也越來越大。直到最後，大片森林被砍伐，環境也逐漸惡化，相應的自然災害不可避免。比如水土流失，乾旱，洪澇。目前墨西哥南部和美洲各國廣泛分布的瑪雅金字塔就是對這個假設最好的證明。
3.生態危機說。
與上面的觀點接近。瑪雅文明雖然說是城市文明，其實是建立在玉米農業的根基上。而瑪雅農民採用的是一種極原始的耕作法：他們先把樹木砍光，讓土地乾燥一段時間，然後趕在雨季到來之前再一把大火燒掉，以草木灰作天然肥料，覆蓋在貧瘠的雨林土壤。燒一次地種一茬，然後休耕1－3年，有的地方要長達6年。時間長短要看草木長得是否茂盛。隨著文明的進步，人口越來越多，所以人們就更多地毀林開荒，這樣一來，土壤肥力下降，玉米產量就越來越少。玉米產量少了，人們就會燒更多的森林，形成了一個惡性循環。
面臨著環境惡化、資源枯竭諸多問題，社會越來越不穩定。雪上加霜的是，在神權政治下，瑪雅人的祭司將這種種「衰敗之象」解釋為神的不滿。所以他們建更多的神廟，更頻繁地祈禱，期盼神可以看到並幫助他們扭轉乾坤。當然，這樣做的結果無疑是加快了秩序崩潰的步伐。當城市周圍的荒地越來越多，飢餓就迫使瑪雅人棄城而去了。
4.太陽周期說。
美國地質學家霍德爾在最近的研究中發現，瑪雅地區的旱災有明顯的周期性，大旱災平均每隔200年左右就發生一次。這位學者因此認為，瑪雅文明的消失與太陽的周期性活動增強有關。這個周期是怎麼被發現的呢？原來他們在湖底鑽孔，取得了沉積巖巖芯的樣本，對其樣本中的碳酸鈣濃度進行了研究。乾旱年份時候湖水的蒸發量較大，所以相對沉積物中碳酸鈣的濃度也就會高。碳酸鈣濃度高的巖層，對應的年份一定是發生過旱災的。研究結果很驚人：沉積巖中的碳酸鈣，在年代上表現出了相當明顯的周期性。每208年，湖底的沉積物中就有高濃碳酸鈣層出現，換句話說，每208年，就會發生一次旱災。最嚴重的一次發生在公元750年至850年之間，而這段時間正是瑪雅文明消失的年代。208年這個周期，和太陽活動每206年就有一次增強的周期正好相吻合。所以專家們也認為這兩個周期決不是偶然的巧合。
（5）等級劃分說。
也有學者認為嚴格的等級劃分才是導致瑪雅文明銷聲匿跡的首要原因。大家都知道瑪雅文明有高深的知識和文明，但也只掌握在極少數貴族和祭司的手中，瑪雅人口絕大多數的下層勞動者基本都是文盲。一旦這些人生活萎靡或者沒落，就會隨之帶走輝煌無比的瑪雅文明。留下來那些為數眾多的普通瑪雅農民都是文盲，無法讀懂那些本來就一無所知的文字和史書。 所以才會給人造成文化斷層的假象。
6.科學幻想說（外星人說）
這種觀點普遍認為瑪雅人來自外星。因為從生存環境上來看，人類一般會選擇靠近水源、交通便利的地區居住，但瑪雅人偏偏選擇了條件惡劣的熱帶雨林。有人猜測這種選擇是為了避免與地球人接觸，用以保證自己的文明獨立生活。在不宜耕作的深林中，瑪雅人既不用金屬工具，也不用運輸工具，但是卻創造出了如此輝煌的文明，令人啞然。他們創造的象形文字，我們至今無法完全破譯。所以有人認為：瑪雅人是數十萬年前，為採礦而離開故鄉的星球，來到某個行星，後來躲避戰爭來到地球。他們最初是住在南極，隨後又因冰河期南極變冷，遷徙至中美洲的密林之中。再後為了躲避墨西哥高原爆發戰爭，便乘著太空船飛向茫茫宇宙，去尋覓新的家園。但這種觀點不被大多數人承認。
另外，還有人口的增長破壞了生態環境（這種觀點基本上屬於生態危機說）；瘟疫；內戰或外族入侵導致文明毀滅等等。
西班牙殖民者的入侵又給了後古典期支離破碎的瑪雅世界最後一擊，支撐文明體系的精神世界和記載它們的書籍失落。現在，仍有將近200萬瑪雅人生活在祖先的土地上，使用著近25種瑪雅語，然而他們對過往的歷史幾乎一無所知。
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