日劇《半澤直樹2》時隔七年再次與觀眾見面，再次收穫了好評，而播出至今一個半月，劇情也將近尾聲。從東京中央證券成功調回東京中央銀行任職的半澤直樹，迎來了職業生涯目前為止最大的一個挑戰。
為了避免對帝國航空的500億貸款成為壞帳，半澤開始幫助虧損多年的帝國航空進行改革重組，爭取重新實現盈利，獲得重生。然而就在已經有了完善計劃的時候，新上任的國土交通部大臣白井亞希子，卻提出要讓五家銀行免除帝國航空的貸款，以此幫助帝國延續生命。
白井大臣其實很清楚半澤的重建計劃非常好，是可以幫助帝國航空完成自我重生的。但是她拒絕半澤的方案，因為她要把這件事情，作為自己展現能力和權柄的機會，為通往首位女首相的寶座鋪路。
為此她不惜一切手段，包括讓金融廳給東京中央銀行下達整改令，還設計讓開發投資銀行取消了一筆，關於接收安置帝國航空500名員工的企業貸款。最後還利用輿論施加壓力。
面對強勢的內閣大臣，半澤不過是一個小小的銀行職員，每一步都無比艱難。幸運的是關鍵時候，半澤得到了兩個人的幫助，第一個是大和田。
大和田為了報恩中野行長，這一次選擇了在董事會上「唱黑臉」，幫助半澤成功爭取到了董事會有條件的「不放棄債權」支持。同時還揪出了隱藏的銀行大叛徒紀本常務。
第二個幫助半澤的人則是開發投資銀行的谷川次長，她在最後成功說服了開投行的董事會，作為最大債權人，拒絕放棄帝國航空債權，和其它銀行聯合拒絕執行白井大臣的提案。
至此白井亞希子的謀劃全部功虧一簣，半澤直樹獲得險勝，然而卻也只是暫時的勝利。事情並沒有因此而結束，白井的老師箕部議員接受繼續計劃實施，而叛徒紀本常務也依舊在暗中配合。
一直以來紀本常務都是被認為鐵打的中野行長嫡系，但是這次他的立場卻和中野行長相對，甚至為此不惜賭上自己的職業生涯，讓半澤感到非常的疑惑。
他在大和田的幫助下，通過威逼利誘，從曾根崎口中得知，紀本常務和政府方面一直都有聯繫。然而當半澤打算從這裡尋找突破口，並且詢問大和田是否掌握，紀本行和箕部聯繫的線索的時候，大和田卻慌張地否認。
當半澤離開之後，大和田才神色凝重地說了一句意味深長的話「這可能是通往黑暗的入口」。顯然大和田沒有對半澤說實話，他是知道為什麼紀本和箕部有聯繫的，但是他不敢說，他感到了害怕。這意味著這件事的嚴重性，遠遠超過700億的帝國航空債權。
與此同時，半澤直樹的太太小花因為懷疑半澤出軌，所以通過名片查到了智美的料禮屋，相處之中意外得知智美原來曾經也是銀行的員工，而且還是中野行長的部下。她作為閒話轉告半澤之後，半澤悚然一驚。因為他們很多重要事情的商議都在料理屋，正好解釋了情報洩露的源頭。
事實上，從觀眾的視角，早就發現了智美有問題，和紀本有關聯，因為每次半澤和提到紀本，智美都有奇怪的反應。
智美和紀本都是中野行長的人，而如今卻都和中野行長唱反調，而中野行長雖然反對，卻不敢正面硬剛，只能接著半澤的手去改變局面。而與此同時，箕部也約見的中野行長，信心滿滿又意味深長地說了一句「做互利共贏的夥伴」，中野行長面露苦澀。
毫無疑問一段陳年往事已經擺放在了半澤的眼前，而想要接近真相，徹底解決問題，就必須將其揭開。一場新的暴風雨即將來臨，這也是大和田口中所說的「黑暗」。