火影忍者裡邊根部和暗部有什麼區別？個人認為最明顯的區別在於二者的隸屬關係以及人員配置方面不一樣，下面具體說明一下。
暗部的建立目的是為了執行特殊任務，隸屬於火影，而根隸屬於團藏。
本質上來說根和暗部都是木葉村建立的為了執行某些特殊任務組成的特殊機構，區別在於隸屬關係，暗部的成員接受火影的管轄，以火影的命令為最高指令。誰當火影暗部成員就接受誰的領導，因此在權利方面火影只能說是暫時擁有控制暗部和利用暗部執行某些行動從而實現木葉村或者個人利益。
但是根組織不一樣，雖然建立初期貌似根也是暗部的組成部分，實際上來說在組織領導架構和機構構成以及人員配置方面和暗部有天差地別。根組織的領導者只有一個，就是團藏，雖然火影和木葉搞出在明面上也有根組織的領導權，但是實際上跟組織裡邊的忍者只聽命於團藏。
暗部的服務對象是以木葉村的整體利益為先導，接受現任火影的領導。而根基本上屬於團藏個人的私人武裝集團，成員以團藏的利益為最高執行標準。
暗部對於成員的控制不像根組織那樣嚴密，根組織成員基本上只要加入了就沒有退出的可能性。
火影忍者裡邊木葉村的暗部成員加入或者離開只要符合程序基本上沒有任何限制，但是跟組織的成員只要被團藏看上除非死亡否則基本上不能離開根組織，畢竟團藏培養自己的私人武裝花費了大量的資源，因此肯定要榨取跟組織成員的最大價值。
當年大和能夠離開根組織還得益於三代火影的幫助，因此對比兩個小組織的差距，對於成員的控制力度也是主要的差距之一，至於戰鬥力，成員待遇以及戰鬥類型都沒有太大的區別。根組織就是團藏打著為木葉村鞠躬盡瘁死而後已的口號利用木葉村的資源建立的謀取個人利益的私人武裝，至於為何能夠建立根組織個人認為應該是為了限制和平衡火影的權利，畢竟火影同樣能夠利用暗部做一些和自身利用相關的事情。
只要加入了根組織，是生是死就完全由團藏一個人說了算了，而暗部對於成員的把控不像根組織這樣嚴格。
最後總結一下，個人認為根組織和暗部的主要區別在於隸屬關係一集對與成員的管理方式有差異，本質上都是執行特殊任務的小型化忍者實體組織，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。