臺南市長黃偉哲妹妹、資深媒體人黃智賢於「海峽論壇」中公開表示「支持兩岸統一」、「把臺灣帶回中國」、「一國兩制是對臺灣最大的體貼與善意」等言論，在網路上激起眾怒，網友紛紛留言灌爆黃偉哲臉書，要他「管好」妹妹。對此，黃偉哲也被迫出面緩頰，他表示自己雖然不同意妹妹的觀點，但會尊重她的言論自由，這就是臺灣民主可貴的地方。
黃智賢受邀前往中國大陸參加海峽論壇開幕式發表演說時談到，我們14億中國人絕不會讓臺獨有任何一絲的可能，稱兩岸未統一無非是中華民族最大的痛，且臺灣目前主張的維持現狀將帶領臺灣走向邊緣化，我們這一代要把臺灣帶回家、帶回中國。
黃智賢此番言論一出，引發在網路上受到熱議，有網友甚至湧入她哥哥黃偉哲的臉書洗版，「你妹妹賣臺你知道嗎？」、「請管好你妹妹」、「請你公開呼籲你的胞妹…請她放棄臺灣籍…立即回去她的祖國懷抱」，甚至揶揄「你妹妹又忘記吃藥了你知道嗎？」還有網友說「你不治好你妹妹，我們臺南整個家族以後都不投你」。
對此，黃偉哲稍後也出面回應表示，他不認同黃智賢在中國大陸講的話，雖是骨肉血親，但我們的政治立場不同，他從學生時代就已經參與學運及政治改革運動，相信很多民眾都知道，這點與黃智賢是不一樣的。
黃偉哲表示，可以選擇的立場，他已經用行動來證明，但不能選擇的親情，他是尊重但不認同，對於有人要繼續牽拖遷怒我跟黃智賢的關係，我尊重大家的言論自由，但難以接受這樣的講法。
黃偉哲強調，臺灣是有言論自由的地方，任何人都可以有他的立場，可以做任何的表述不用擔心被清算，任何人在臺灣都有不同的政治主張，主張獨立或主張統一，這都是各人的主張，對於黃智賢的言論，尊重但不認同，這是臺灣民主可貴的地方。