火影中長門的輪迴眼明明只有一個，為啥會看到兩個，個人認為這是看動漫不仔細造成的，因為人家斑給長門的輪迴眼就是兩隻，只不過是在開啟輪迴眼的過程中斑有一隻寫輪眼處於失明的狀態，下面具體說明一下。
宇智波斑因為需要融合柱間細胞使用了伊邪那岐的能力復活，而伊邪那岐的代價是一隻寫輪眼失明。
劇情中宇智波斑看了被黑絕篡改的石碑以後就一直在想辦法得到柱間細胞以升級自己的能力，因此才會有後續的柱間和斑之間的對決。而且宇智波斑為了防止被柱間幹掉沒有機會融合柱間細胞使用了伊邪那岐。
最後才能死而復生，因為伊邪那岐可以規避使用者受到的不利狀態，因此在宇智波斑復活以後確實是只有一隻永恆萬花筒寫輪眼正常，另一隻是失明狀態。直到宇智波斑融合柱間細胞以後，過了很長時間開啟輪迴眼。裡邊的問題主要在於為何宇智波斑能夠在一隻眼睛失明的話還能夠得到完整的兩隻輪迴眼，這裡應該算是其中的BUG了，畢竟火影中很多設定都存在漏洞。
斑在升級成輪迴眼之前確實因為使用伊邪那岐只有一隻永恆萬花筒寫輪眼正常，另一隻是失明的狀態，但是在宇智波融合了因陀羅和阿修羅的查克拉以後得到的是完整的兩隻輪迴眼。
由於斑開啟輪迴眼的階段自身壽命已經所剩無幾，所以才決定把輪迴眼移植給長門以便自己未來能夠利用輪迴天生復活。
在宇智波斑成功開啟輪迴眼以後，自己的預期壽命已經基本上用完了，但是宇智波斑並不打算輕易的離開忍者世界，因此準備利用長門的特殊血統適應性繼承自己的輪迴眼，隨後在時機合適的情況下發動輪迴天生讓宇智波斑復活，所以宇智波斑是留給了長門兩隻輪迴眼，至於如何移植到長門身上的同樣屬於火影中的未解之謎。
不過可以確定的是劇情中宇智波斑開啟輪迴眼時是雙眼同時開啟，包括已經失明的一隻永恆萬花筒寫輪眼最後也變成了輪迴眼。題主提到的問題明顯屬於看動漫的時候沒有仔細看劇情的緣故。
最後總結一下，火影中長門的輪迴眼來自於宇智波斑，而宇智波斑的輪迴眼是兩隻同時開啟，因此長門的輪迴眼也是一開始就有兩隻。分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。