我國目前共有八所以西南命名的大學，其中七所都集中在成都、重慶、昆明這幾個省會（直轄市）。而在這裡其中，僅有西南醫科大學地處四川的地級市瀘州。可能也正是因為如此，讓這所高校從升級更名之初，就充滿了不少的爭議。
西南醫科大學，原名瀘州醫學院，始建於1951年，1959年升格為瀘州醫學專科學校，1978年升格為本科院校並更名為瀘州醫學院，1993年成為碩士學位授予單位，2010年獲準設立博士後科研工作站。現有忠山、城北兩個校區，佔地2011畝。學校下設19個院（系），有在校本科生、研究生、留學生等近兩萬人。
2015年經過教育部批准，瀘州醫學院正式更名為四川醫科大學，但始料未及的是，這個新校名受到了四川大學的強烈反對，原因是川大認為，這個校名與曾經的華西醫科大學四川醫學院產生混淆。由於瀘州醫學院的影響力和話語權遠無法和川大相比，因此這個校名只存在了幾個月，就迫於壓力換成了西南醫科大學。
不料，這個校名同樣受到了重慶西南醫院方面的反對，因為這個校名在歷史上也曾經出現過。但反對歸反對，西南醫科大學這個名字終究還是定了下來。
如果單從名字上看，西南醫科大學的名號，已經蓋過了川渝兩地的傳統醫學高校：重慶醫科大學和成都中醫藥大學。因此該校一度被稱為是改名最成功的典範，從一所地方性的醫學院，搖身一變成為具有區域特色的醫科大學。
有人說，瀘州醫學院可謂因禍得福，雖然更名成為四川醫科大學受阻，但是結果卻取了一個更大氣的名字。特別是隨著新的高校命名管理辦法的公布，類似於西南、東南、華南等大地名，已經不允許在新高校中出現。西南醫科大學真的是非常幸運。
得益於新校名帶來的巨大影響力，西南醫科大學自從更名後，錄取分數線也是水漲船高。
目前，有普通本科專業31個，涵蓋醫學、理學、工學、管理學、教育學、文學、法學等7個學科門類，臨床醫學、藥學、中西醫結合是學校優勢與特色學科，其中臨床醫學、藥學已經成為四川省一流建設學科。
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