在三億五千年前的地球人類，用一種特殊的膠囊封印著兩隻惡魔怪獸，如果怪獸甦醒的話，那麼人類就有危險了。但，不幸的事情還是發生了，紅色怪獸巴尼拉，以及青色怪獸阿勃拉斯復活了。科特隊採取的作戰方式，是讓兩隻怪獸自相殘殺，並且取得了很好的效果。最後青色怪獸在和奧特曼打鬥的過程中，噴了奧特曼一臉口水，奧特曼都愣住了，等反應過來，奧特曼：我的彩色計時器怎麼響了。
一隊施工單位在作業的時候，從地底挖出了一個銀色的膠囊，誰也不知道是什麼。科特隊以及研究所都出動了，博士經過現場初步的勘探，這東西是地球在三億五千年前就存在的。為了搞清楚這裡面的東西是什麼，博士將膠囊帶回了研究所。同時，伊初隊員還想再找找，看看有沒有其他的膠囊，但是被富士隊員拉了回去。
但世事難料的是，還真的有另一個膠囊，混在土裡，被運往了其他地方。與此同時，早田和伊初隊員被派往福田研究所，去給博士當助手，獲取有用的信息。伊初隊員無意間將一塊鐵板掉落，從而發現了反射文字的秘密。博士和他的助手們，正在日夜研究著古代文字。
當天晚上，由於另一個膠囊沒有被保護起來，導致紅色怪獸巴尼拉甦醒了。嵐隊員和其他隊員駕駛威託出發，從晚上一直打到白天，紅色怪獸一點事情都沒有。另一方面，博士研究的古代文字，也有了進展。
在等待結果的早田，將文字內容告知了隊長。上面記載著，不能讓這兩隻怪獸復活，不然人類會喲滅頂之災。但是，存放膠囊的試驗所卻打不通電話，青色怪獸復活了，從試驗所的內部，甦醒了。
一下子兩隻怪獸，科特隊也有點頭疼，這該怎麼辦呢？博士說兩隻怪獸或許會自相殘殺。於是科特隊就有了一個計劃，他們將兩隻怪獸引導同一個地方。果然，紅色怪獸和青色怪獸扭打在了一起。而且，青色怪獸從口中噴射出口水，擁有強腐蝕性，直接將紅色怪獸消滅了。
即使剩下一隻怪獸，科特隊也頭大，嵐隊員用飛彈進行攻擊，卻一點效果都沒有。這個時候，早田進拿出了貝塔魔棒，變身了。奧特曼同青色怪獸戰鬥，卻被噴了一臉口水，奧特曼都愣住了，一動不動。
初代奧特曼保持要發射斯派修姆光線的姿勢，一動不動，好一會兒才反應過來，等反應過來，胸前的彩色計時器已經變成了紅色了，怎麼辦呢？
陷入苦戰的奧特曼，一轉身，讓怪獸撲倒在地，隨後使出了斯派修姆光線，才將怪獸徹底消滅。