故事還得從影片中基本沒有出現但非常重要的一個人物說起，那就是冥王茶茶的哥哥蚩尤，蚩尤當年帶領族人對抗天界，被天界掌權者砍掉了腦袋，千百年以來一直在等待重生的機會。
蚩尤的靈魂附身到夏冬青身上，夏冬青便有了一雙能看到鬼魂的陰陽眼。
靈魂擺渡人趙吏和九天玄女婭為了防止蚩尤甦醒危害人間，一直陪在夏冬青身邊擺渡各種鬼魂，三人成為「鐵三角」組合。
第三季在大Boss「布偶魔物」豪姬這條故事線下，鐵三角的前世今生開始展開。
豪姬想借用「泰山府君」的力量復活養父豐臣秀吉以統領世界，並藉機奪取玄女婭的心臟，趙吏假意與其合作實則與婭策劃好裡應外合消滅豪姬。
夏冬青意外得知當年正是九天玄女婭在追擊蚩尤時失手將自己的父母及妹妹殺死，昔日並肩作戰的好友竟是殺害親人的兇手，無法接受這一現實的夏冬青選擇了跳海自殺，結果夏冬青沒死卻把體內的蚩尤喚醒了，蚩尤復活後宣布第一件事就是毀滅人類建立的文明。
趙吏將擁有蚩尤靈魂的冬青灌醉，趁機喚醒冬青並勸說其重拾活下去的欲望，打消對婭的仇恨。
法場上，豪姬被身穿天女羽衣的婭引來的雷電劈散了魂魄，但陣法已啟動，泰山神必須帶走一個魂魄否則人間將會被屠戮。
為了拯救蒼生，趙吏甘願獻出自己的靈魂，冬青不得不開槍殺死趙吏，完成擺渡八十一個魂魄的使命，變成一個擁有自己靈魂的正常人，泰山神帶走了從冬青體內逼出的蚩尤的魂魄，人間終於恢復正常，久違的太陽從雲層中鑽了出來，繼續用溫暖的陽光愛撫人間。
第三季的結尾，婭跟隨夏冬青搭乘一輛列車，向未知的遠方行去。列車上的冬青突然彈起了只有趙吏可以彈奏的古琴，眼睛也冒出趙吏獨有的金色的光芒，原來趙吏並沒有死，他的靈魂附在了夏冬青的身上。
時間回到第二季的最後一集，其實這才是靈魂擺渡真正的結局。靈魂擺渡其實是作家徐衝創作的靈異小說，現實中他精神失常稱自己有陰陽眼，並殺了自己的妻子，警察從他創作的小說中查到了蛛絲馬跡，比如小說中多次出現與亡妻同音的名字「yanyan」，以及「剪剎車線引發車禍」等情節。
其實靈魂擺渡的結局是開放式的，這也讓更多的人期待第四季，但目前還沒什麼消息