故事開頭旺達想要打破嚼口香糖的記錄，獲得兩張活動山（設計成消化系統的一個遊戲場所）免費遊玩的門票，但是旺達剛剛補了牙，不能參加，她就邀請阿諾來幫忙。
但是， 不幸的事情發生了，阿諾不小心把口香糖吞下了肚子，這樣旺達就不能獲得活動山的門票了，這怎麼辦好呢？
這時佛瑞絲老師來了，她說一切皆有可能，這才是剛剛開始，他們可以一起去實地考察。
阿諾因為旺達的事有點自責，不想毀了其他小夥伴的一個實地考察，想留在教室，剛好佛瑞絲老師也需要有個人留下來，阿諾就留了下來。
其他同學們坐上校車去實地考察，阿諾要開始享用芝士餅乾了，就在這時神奇校車突然變小，跟著進入阿諾嘴裡的芝士餅乾開始了食物之旅。
牙齒就像食物粉碎機一樣，切割著食物，這就是消化的第一步，用牙齒咬碎和研磨食物。
在咀嚼之後，孩子們就來到的吞咽的過程，這個感覺像在坐過山車一樣。
經過吞咽後，食物就會來到食道，食道連結這口腔和胃。
從食道出來後，進過幾分鐘，就可以在胃裡著陸啦。
在阿諾的胃裡，他們還遇到了之前被阿諾咽下來的口香糖。
胃裡面除了有水和食物外，還有可以腐蝕食物的胃酸。
這裡動畫片很貼心地插播了一個聯合消化的解析圖，孩子們可以很好的理解哦。
食物的消化，可不是到這裡就結束啦，接下來，會是哪裡呢？
沒錯，是腸道。
他們在腸道裡發現，被溶解的食物在消失，消失在這些像仙人掌一樣的東西裡。
這時，老師來了，告訴孩子們這是絨毛，它就像海綿在吸收食物一樣。
那被吸收的食物去哪裡了，這時聯合消化系統又來了。
小腸裡的絨毛吸收食物中的營養，營養被運送到血液裡，血液通過流動把營養運輸到身體的各個部分，完成把食物轉變能量。
這時候，孩子們發現旺達不見了，在小腸裡找了一圈都沒有發現她的身影。最後在小腸跟大腸的交界處發現了她，不過她跟著口香糖一起進入了大腸。
孩子們為了營救旺達，也一起來到了大腸。
來到大腸後，孩子們發現，如果說小腸是潛水的世界，那麼大腸就是異味的世界了。
在大腸，越往後走，就會越幹，因為大腸會把殘渣的水分吸乾。
到這裡，食物的消化之旅其實還沒有結束，他們需要混在殘渣裡，被排除體外才算結束，就是拉粑粑，真的是個有味道的動畫片，哈哈哈~
孩子們都不想被拉在廁所裡，他們決定逆流而上。
經過一系列的努力，他們終於回到了胃裡面，可以怎麼從胃裡面出去呢?這可真是一件困難的事情。
最後，小夥伴惡作劇了一把，讓阿諾喝下了汽水，他們趁著阿諾打嗝，飛出了阿諾的胃。
孩子們對未知世界充滿了好奇，他們希望父母能夠解答他們感興趣的所有問題。
特別是對於自己的身體，孩子們更是充滿了好奇。
男人和女人為什麼長得不一樣？動物也能聽懂我的話嗎？我的心為什麼總是跳個不停，它為什麼不感到累呢？
這些看似簡單的問題，怎能用幾句話就給孩子解釋清楚呢？
這部動畫片讓很多複雜的科學問題變得簡單，孩子們在觀看的同時學習許多人體科學的知識，理解了人體科學的神秘與奧妙。
這個系列的動畫雖然趣味性很強，但是語速也快，對於詞彙量有限英語基礎不好的孩子來說難度會很大，這個動畫片還是適合對科普感興趣的英語基礎較好的孩子。
家長可以先讓孩子看這個系列的繪本，學習相關詞彙，了解了故事大概後再看動畫，對聽懂故事會比較有幫助。
講真，這動畫片改編的真的不錯，完全保留了繪本的畫風，即使20多年後的今天來看，也不覺得過時。英文版的52集播放源我們都找到了，不過可惜的是，中文版只有幾集。
2017年，《神奇校車》又出了新版動畫片，叫《神奇校車再度啟程》，一共13集。品質延續了前面4季。
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