在邪神加坦傑厄和迪迦奧特曼的決戰結束後，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位於南太平洋的遠古遺蹟露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特勒、達拉姆及女領袖卡蜜拉。
入間極力反對對古蹟的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與柳瀨·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂。可是邪神指揮其爪牙向人類世界發起進攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當前的危機束手無策。三千萬年前毀滅人類文明的遙遠記憶，折磨著重新大古與迪迦奧特曼的神經…
人物介紹
暗黑迪迦
達拉姆
三千萬年前是迪迦的朋友的黑暗巨人。身體是紅色的，身體結實，身上有鎧甲。性格沉默寡言。有黑暗迪迦、卡蜜拉、希特勒、達拉姆四個黑暗巨人之中最強的怪力，擅長水戰和格鬥，必殺技是右拳打擊地面發出的火焰衝擊波極級熾炎 ，總是稱呼迪迦為「我的朋友」。
希特勒
三千萬年前的黑暗巨人，內心討厭迪迦，身體是紫色的，性格冷酷、殘忍，行動迅速敏捷，飛行能力優秀，擅長空戰，右手手腕上裝備著希特勒之叉，能以此發射破壞光彈，必殺技是龍捲風形態的破壞光線精神烈風
卡蜜拉
是迪迦奧特曼三千萬年前的戀人。人間體是超古代人，身體是金色的，奧特曼歷史上第一位女性黑暗巨人。在三個黑暗巨人中擔當著領導者，實力弱於黑暗迪迦，強於達拉姆和希特勒。在迪迦爆裂形態之上，和迪迦複合形態大致勢均力敵。臨死前和大古重逢，並說出了自己也渴望光明。
地球3000萬年前的超古代時期黑暗迪迦、剛力戰神達拉姆、愛憎戰士卡蜜拉、速度戰士希特勒一起毀滅了超古代文明。但黑暗迪迦在當時的地球警備隊隊長幽憐的勸說下棄暗投明，希特勒被迪迦奪取了敏捷並且封印在超古代都市露露耶中。
但在現代社會，迪迦奧特曼消失的兩年後，因為TPC的F計劃（迪迦消失後TPC為了補充戰力而追求奧特曼的力量）而解除了封印。卡蜜拉、希特勒、達拉姆的封印被解除，三人復活並大肆破壞，但是地球保護者幽憐卻利用居間惠隊長的身體在露露耶布下了100年的結界使三人未能衝出露露耶。
與此同時，卡蜜拉先是出現在大古夢境中，大古夢到他和麗娜的婚禮上來賓全變成了卡蜜拉。隨後在大古的腦海幻覺中，卡蜜拉說迪迦奧特曼曾經是她的同伴，大古不信，變身後竟然變成了黑暗迪迦，就連小女孩也被他給殺害了。不過，這其實是卡蜜拉使用的幻術，之後大古在摩天輪上將麗娜看成她，還叫出了她的名字讓麗娜感到不滿。大古為了知道黑暗迪迦的真相，就去了TPC的倉庫尋找幽憐的時光機器，但時光機器在播放完一段黑暗迪迦、卡蜜拉、達拉姆、希特勒一起破壞世界的影像後就消失了。就在這時，卡蜜拉、達拉姆、希特勒出現了，在攻擊大古之後卡蜜拉道出真相併把黑暗神光棒遞給大古。
為了營救居間惠隊長，也為了結束這段恩怨，大古一人前往露露耶。在露露耶和卡蜜拉、達拉姆、希特勒再次相遇，大古又一次變成了黑暗迪迦，而且在變身時結界也被打破了，而且露露耶也爆發出了比加坦傑厄出現時更強的黑暗能量，佐加又一次使世界籠罩在黑暗的天空下
迪迦黑暗形態奪取達拉姆的力量進化龍捲形態擊敗達拉姆，龍捲形態奪取希特勒的敏捷進化爆裂形態擊敗希特勒，爆裂形態奪取卡蜜拉的黑暗力量進化複合形態。卡蜜拉看到大古與麗娜的愛情十分憎恨，吸收露露耶的黑暗力量變身暗黑魔超獸迪莫傑厄。迪莫傑厄打倒迪迦複合形態。就在麗娜為大古的倒下而開始絕望時，奇蹟出現了。長眠在超古代文明遺蹟的超古代戰士們，將自己的光芒給予了迪迦，使迪迦奧特曼變為閃耀型，最終打敗了迪莫傑厄。
但露露耶受到閃耀迪迦必殺技傑拉迪斯光束強大能量的波動後，再一次沉入了海中，黑暗的能量也被衝散。