明朝末年，重慶長壽菩提山地區有一位名喚張奇的蛇醫，此人不但醫術高明，古道熱腸，更為奇異的是：他家祖上傳下來一本毛邊線裝的《驅蛇咒》。該古籍用梵文書寫，經草藥水泡製，舊得發黃。
每到月黑風高之夜，張奇便會用特殊配方的藥水擦浴全身，換上一襲黑袍，戴上蛇皮面罩，腰系酒葫蘆，手執長笛，來到後山，盤腿坐在一塊大石上，面朝西方，攤開《驅蛇咒》，口中念念有詞。
半炷香工夫，山間林中的大小蛇類聽從魔咒的召喚，爭先恐後趕來，將張奇團團圍住，其情形如同召開蛇族大會。這時，張奇會合上《驅蛇咒》，雙手橫拿長笛，緩緩吹奏蒼涼悽惶的古曲，其聲如訴如泣，催人斷腸。
一時間，群蛇狂舞，如痴如醉。舞罷，張奇從懷中掏出一個鹿皮囊，取出一把尖細鋒利的小刀，挑選三條最為粗大肥嫩的蛇兒，剝去蛇皮，取出鮮美白細的蛇肉，掏出暗綠色的蛇膽，和著自釀的山酒吞服兩粒，餘下一粒帶回家，令年滿五歲的兒子張宗吞服。新鮮的蛇血拿來塗抹酒葫蘆，置於陰涼處風乾，蛇肉則交給妻子打理，或清燉，或紅燒，全憑個人喜好。而後，這個幸福美滿的三口之家便美美地享用蛇肉大餐。
有人問張奇：「既然你會驅蛇術，為何不多抓些蛇，賣給山下的飯莊酒肆，換取白花花的銀子？」張奇正色道：「我家先祖曾在菩提山腳下為一位丐幫長老療治蛇毒傷，那長老身無長物，為答謝救命之恩，便破例將其幫內秘不外傳的驅蛇術傳授給我家先祖。先祖遺命，殺蛇只能飢時果腹，切不可貪得無厭，否則必遭天譴！」
張奇的獨生子張宗自幼受其父言傳身教，長大後學得一身妙手回春的蛇醫本事，並且聰慧絕倫，是遠近聞名的小才子。
張宗與菩提山腳下一位胡姓鐵匠的女兒胡彩蝶兩情相悅。等他金榜題名，做了朝廷命官以後，便將胡彩蝶一家人以及自己的父母親接到任職所在地，迎娶了胡彩蝶。
從童年時代開始，張宗便被同一個無比詭異的夢境糾纏，在夢中，他赤身裸體地和一黑一白兩條巨蛇嬉戲、打鬧，時而鑽進黑蛇的腹中，輕輕拍打一塊巨大的黑色石碑，那石碑上面刻滿了梵文；時而鑽進白蛇的腹中，玩撫一個巨大的玉珠，那玉珠光芒耀眼，散發著馥鬱的芬芳，映得他熠熠生輝……
無數次，張宗從同一個夢境中醒來，只覺血脈暢通，渾身舒坦，同時大惑不解。他把這個夢告訴彩蝶，彩蝶笑道：「你啊，跟你爹一樣，和蛇打一輩子交道，都快成蛇仙了！」
張宗先後被朝廷任命為知縣、知州，為官期間，他愛民如子，嫉惡如仇，兩袖清風，深得老百姓的愛戴擁護。然而，張宗由於不諳官場的潛規則，屢受同僚排擠打壓。
45歲那年，厭倦了官場的張宗辭官回鄉，在菩提山上過起了與世無爭的逍遙日子。夫人彩蝶自幼信佛，在她的影響下，張宗也漸漸對佛學禪理產生了濃厚興趣，經常陪著夫人前往菩提寺燒香拜佛。
可惜好景不長，在張宗辭官回鄉後的第五年，彩蝶便因病離去。張宗悲痛欲絕。安葬了夫人之後，張宗不顧家人的竭力反對，在菩提寺削髮為僧，法名素淨，從此一心向佛。若干年後，菩提寺中德高望重的德昭大師圓寂，歸天前，他遺命素淨接替自己的方丈之位，並一再囑託他重修日益破舊的菩提寺。
做了方丈之後的素淨牢記德昭大師的遺命，四處募集善款，三年以後，菩提寺重建工程順利展開。
當重建工程進行到三分之二的時候，善款耗盡，工程被迫中斷。
一籌莫展的素淨在深思熟慮之後，帶著幾名小沙彌，一路風餐露宿，長途跋涉，前往自己曾經就任的山東某地募集善款，得到當地百姓的大力支持。
返回菩提寺途中，素淨一行人來到一個小樹林裡歇息。突然，一名小沙彌渾身哆嗦地指著對面的小山坡，道：「蛇！好大的蛇……」
大家順著他指的方向，果然看見一黑一白兩條巨蛇正糾纏在一起搏殺，蛇身足有水桶粗，那黑蛇墨黑髮亮，如同一條烏龍；那白蛇雪白晶瑩，仿佛一條玉帶，兩蛇拼盡全力，鬥得血肉模糊，難分難解。
小沙彌們看得噤若寒蟬，大氣都不敢出。唯有素淨鎮定自若，他仔細端詳著著兩條巨蛇，它們不就是曾經無數次出現在自己夢境裡的那兩條巨蛇嗎？
大約一炷香工夫，一場惡戰終於結束，兩條巨蛇都遍體鱗傷，奄奄一息。素淨走上前，雙手合十，用自幼就掌握的蛇語對白蛇道：「本是同根生，相煎何太急？」
白蛇緩緩抬起頭，「嗚哇」一聲，吐出一個巨大的圓形玉珠，那玉珠光芒耀眼，直照得素淨一陣眩暈，旁邊的黑蛇吐出一塊巨大的黑色石碑，石碑上面刻滿了梵文。
白蛇艱難地說：「我和它都是在此地修行了八百年的靈蛇……它腹中的石碑上刻的是我們靈蛇得道成仙的天書……天書上說修煉三千年便可成仙，但是……如果得到我腹中的這顆靈珠，只需修行千年便大功告成......」
素淨念了聲阿彌陀佛，長嘆道：「兩位道友此番性命相搏，原來都是為了對方腹中的靈物！」
黑蛇氣若遊絲道：「如今我們氣數已盡，只怕是熬不過一個時辰……大師與我們也算是有緣，我倆歸天后，還請大師為我們保管兩件靈物……」素淨點頭答應下來。
白蛇道：「我倆雖說是功力不夠，卻也絕非普通凡身肉體……還請大師將我倆的蛇皮泡製藥酒，蛇肉製成藥丸……以蛇皮酒吞服藥丸，專治眼疾，蛇骨可製成兩座靈塔，供奉於你寺內，可保一方平安！」不久，兩巨蛇相繼死去。
素淨遵照它們的遺願，把蛇皮剝下來泡酒，把蛇肉烘烤製成兩大箱藥丸。至於巨大而沉重的蛇骨和石碑，則由在當地僱傭的力夫，日夜兼程運回長壽菩提山。
回寺後的第二天，菩提寺重建工程再度展開，素淨在寺內設置了一間藥房，專為善男信女治療各種眼疾，百試不爽。他把刻有梵文天書的石碑供奉於大雄寶殿內，蛇骨則精心挑選能工巧匠製成兩座一人多高的靈塔，供奉於石碑兩側。
一位慕名前來的老駝背在石碑和靈塔前磕了八個響頭，上了三炷香，起身的時候，他驚訝地發現自己背上天生的大駝包竟然不翼而飛！頓時，他喜極而泣。
後來，素淨請匠人在菩提山峰頂立一根大鐵柱，將光芒璀璨的靈珠放置其上，每到夜晚，靈珠光華四射，照耀數裡！菩提寺也一直佛光普照，香火鼎盛！