故事的最開始，要從黑羊公館說起，玩家們從證據——黑羊公館照片這張卡裡可以知道，黑羊公館創建於 1974 年，是由著名的心理學家森教授繼承了他亡妻的遺產-一黑羊公館後建立的。
建立黑羊公館後，森教授改名為黑羊教授（通過小劇場可以知道管家和僕人們都喊他為黑羊教授），並成立了一家」兒童實險基地」，專門招收被黑羊教授稱之為「黑羊'的孩子們。這些孩子們是人群中獨特的群體，他們會分泌一種叫做」心靈黑色素」的物質，這種物質可以影響周圍人的負面情緒，並且會吸引一些死去的靈魂，同時會讓黑羊擁有一些值異的能力，比如「陰陽術」「異世界造物術」」陰陽眼等（黑羊筆記 2）。而這些孩了們的能力有強有弱，強的可能只比正常人高几百倍稍加引導即可糾正，恢復正常人的生活，而強的會比正常人高几萬倍，他們可以調動他人的負面情緒，比如光是生氣就會引起弱小的白羊們感到空息與壓抑。（黑羊筆記 1）
1978 年，黑羊公館先後進來了三位小朋友，6歲的立島夕子,6歲的冢本厄莉莎和 8歲的閻蘿和彥。厄莉莎是黑羊教授這一批人中天賦最強的黑羊（和彥錄音 1）只有夕子和和彥可以勉強接近她的層次（一個來自於陰陽師家族，一個也是天賦異稟,擁有繪畫劍造世界的神奇能力）。其他小孩和管家、女僕都很討厭 Alisa，只有夕子、和彥和黑羊教授對 Alisa 很好。而且因為厄莉莎的心靈黑色素是普通黑羊的好幾十倍，被森教授給予了厚望，為她設計了全新的「黑色素消解方案」。
然而厄莉莎天性古怪叛逆，她因為太渴求森教授的關注而不願意讓自己就這樣隨隨便便地從一隻黑羊變成一隻白羊，她不願意培養任何一種藝術天賦，因為在小時候聽到和彥說他的妹妹會成為黑羊最獨特的個體-陰陽師 （和彥錄音1）所以拒絕接受改造，而是肆意的放任自己的黑色素髮展，希望能夠成為陰陽師從而吸引黑羊教授的注意力。但天真的 Alisa 並沒有陰陽師家族的人對其引導所以她是無法成為陰陽師的，而隨著 Alisa 逐漸長大，其與黑羊教授產生了不一樣的情愫，Alisa 愛上了黑羊教授，而因為 Alisa 黑色素的影響，黑羊教授也愛上她，兩個人相戀了。但是戀愛後不久，黑羊教授因為亡妻對其的事業幫助很大,而且其兒子也在倫敦幸福的生活著，所以對自己愛上 Alisa 的行為非常愧疚（黑羊筆記 3），於是和 Alisa 分手了，井想把 Alisa 送回家，結果卻被 Alisa 的母親拒收了（和彥錄音 1）.而 Alisa 在發現森教授要把自己送走以後，感覺受到了背叛，行為越發的乖張和詭異，黑羊教授無奈之下決定將失控的 Alisa 送去精神病院。Alisa在其兩個好朋友夕子和和彥離開黑羊公館，前往和歌山後。因為對黑羊教授的背叛感到絕望，於是決定毀掉黑羊教授和他妻子的一切，她在黑羊公館內放滿了瓦斯，並且打電話喊了黑羊教授回來，之後拿斧頭砍死了黑羊公館內霸凌她的其他五個孩子，看不起她的高木管家，嘲笑她的鈴女僕,以及背叛她的黑羊教授，並且放火燒掉了黑羊教授亡要留給黑羊教授的黑羊公館，之後在黑羊公館內上吊自殺（來自證據卡京都警視廳檔案）。其死後成為了一隻黑羊，徘徊在了黑羊公館的領地上（雪記憶碎片 3）。
這時,夕子聽到了黑羊公館被燒毀的消息,因為黑羊公館是夕子長大的地方，那是夕子的家，而這一切都被厄莉莎給毀了，夕子心中的心靈黑色素一下子淹沒了她,於是她用自己的全部黑羊能力創造出了一幅畫對厄莉莎進行詛咒:《我再也不能做新娘了》，這幅畫中厄莉莎被夕子畫的奇醜無比【空洞的雙眼，細長的脖子詭異的長相】，並且被夕子取名無法再做新娘，詛咒厄莉莎再也得不到愛情,無法結婚（來自於夕子的錄音和和彥錄音 2）.之後夕子對著遠方呼喚厄莉莎的名字,將其騙進了這幅畫中（前面從和彥錄音1中提到厄莉莎可以在夢中飛到其他地方去,厄莉莎是擁有穿行於世界各地人夢中的能力的,其死後變成了靈魂,更是可以直接以靈魂狀態在世界各地穿行），隨後夕子因為使用了超出自己掌控的黑羊能力，其被心靈黑色素所吞沒，送進了精神病院內度過了餘生（京都搜查九課檔案）.《我再也不能當新娘了》這幅畫結合了夕子的詛咒和厲鬼厄莉莎的附體後，沾上了一個可怕的詛咒，就是看過這幅畫的黑羊會被其所影響，如果要結婚的話，就會被這幅畫的黑色素所影響而死於非命，之後靈魂進入到畫中世界,因為他們的靈魂強度遠遠不如厄莉莎，所以會被其被動的同化、甚至是吞噬。
（本段內容大部分來自於證據卡--京都搜查九課檔案）《我再也不能當新娘了》這幅畫被創作之後，於京都府摩羯畫廊所展出，因為其為夕子創造的「明物」同時有歷鬼厄莉莎附著於其上，看過這幅畫的人都感到了來自靈魂的戰慄感，於是此畫又被命名為《來自地獄的新娘》。袖水瑩是一隻黑羊，其看過這幅畫後特別滿意，購買了它，結果在訂婚後死於畫的詛咒。之後流傳到克羅埃西亞特洛伊皇家劇團中，被掛於莫妮卡的化妝間中，結果在結婚前夕死於畫的詛咒。而費司摩爾擁有重度戀醜癖，在別人眼中醜陋無比的厄莉莎卻是他眼中至高無上的女神，他買下了這幅畫，並且一比一還原了黑羊公館與厄莉莎的臥室，對厄莉莎展開了瘋狂的迫求。但是因為家族聯姻，他必須要和另一個女性結婚，在結婚前夕死於了畫的詛咒。之後德克薩斯州州立警局警長艾倫索爾通過和日本山口組暗箱操作低價買進了這幟畫，這裡需要說明的一點是，艾倫索爾是一隻白羊，他買這幅畫只是為了低價買入後高價賣出賺錢。但不幸的是，他娶的人妖妻子奈琪是一隻黑羊，奈琪本身是貪戀艾倫索爾的金錢,毒殺了艾倫索爾要繼承他的遺產，結果因為其與艾倫索爾已經訂婚,在艾倫索爾死的當天死於了畫的詛咒。
艾倫索爾是一隻沒有自我意識的白羊，每日在黑羊世界中不斷重複自己死亡那天的場景,受到永恆的折磨，而奈琪被厄莉莎所同化，徘徊在自己的豪宅之外而無法入門。（這也是玩家會在警察局裡見到艾倫索爾和奈琪的原因】當艾倫索爾死後，《我再也不能當新娘了》正式被列為禁畫，禁止在市場上銷售，之後輾轉流傳，回到了日本的創作者立島家，還是少年的立島紅葉對其很好奇，偷看了這幅畫，於是受到了這幅畫的詛咒和侵擾（詛咒是畫的被動效果，侵擾是厄莉莎的主動效果，厄莉莎可以從畫中出來，去到任何看過這幅畫的人的身邊和他們交流而只有黑羊可發看到她，白羊只能感到身邊陰風陣陣，可以通過和彥錄音 2，厄莉莎一直在纏著夕子得出）。因為立島夕子是閻蘿和彥的好朋友和所愛之人（來自於和彥錄音 1，閻蘿和彥在情人節向立島夕子鼓起勇氣送過一次巧克力）,閻蘿和彥不忍心其所愛之人的孩子被畫詛咒而無法結婚，於是閻蘿和彥告訴立島紅口去找閻蘿和彥的妹妹陰陽師風鈴院幽姬幫忙（來自於和彥錄音 2），請求自己的妹妹去淨化這幅畫（紅葉記憶碎片 1有提到去的記憶），本身如果僅是自己的話和彥是不想讓自己的妹妹牽扯進這件事情的，但是因為厄莉莎附身的這幅畫已經害死了太多人，甚至於所愛之人的親人也受到影響了，所以和彥向其妹妹求助。並且心中懷著非常強烈的歉意。（所以錄音裡有一句，妹妹，對不起）
前面的故事都是玩家們之前的故事，玩家們的故事，在接下來才正式開始。而玩家們今天的場景之所以會見到之前的故事，在後面會訴說原因。
當紅葉帶著《我再也不能當新娘了》這幅畫來到風鈴院神社後。陰陽師風鈴院幽姬就開始著手淨化了。這裡要單獨說一下風鈴院幽姬的故事以及介紹一下風鈴院神社了，風鈴院幽姬原名閻蘿幽姬，是陰陽師家族閻羅氏的第二十九代繼承人閻蘿氏是風鈴院家族的家臣，為風鈴院家族世代守護其私人神社風鈴院神社。閻蘿氏的繼承人有一項特殊體質是「靈視」。擁有這個體質的後代會擁有"陰陽眼」,但無法擁有正常視力。所以事實上風鈴院幽姬，是一個盲人，只有施法使用靈視的使用才可以大致感知到周用的環境並看到厲鬼，這一點風鈴院幽姬可以通過自己的記憶碎片 1、記憶碎片 2知道自己擁有陰陽眼，因為她可以看到「厲鬼」,而在幽姬記憶碎片 2 中有一段對話，風鈴院七郎因為被歷鬼糾纏而變成了瘸子，跟風鈴院幽姬說'只要您不要嫌棄我就好。」而風鈴院幽姬回應的是:"說什麼呢，您才不要嫌棄這副模樣的我吧，"這段對話提示幽姬也是一個殘疾人，而幽姬的活動是沒有問題的，所以其殘疾的地方是眼睛。同時在記憶碎片 3 中提到，幽姬說「我出生的那一瞬間，我們家族就知道我是繼承人了。因為家族繼承人都會失去那樣東西」，可以知道，瞎子這件事情是一個家族遺傳體質。其他的輔助證據還有風鈴院內的第二段演繹環節中女鬼的表演是看不見你們的，因為其附身後只能使用宿主的感官來看這個世界，之後其摸摸自己的臉，說她活得這麼可悲。跌跌撞撞+摸臉的表現都是剛變成瞎子的表現。此外，風鈴院幽姬是一個日本人，她的眼珠在其他人的本中反覆提到是「琥珀色/黃色」的（紅葉記憶碎片-1，森一記憶碎片-24，花沒記憶碎片-2），而黃種人的眼珠是黑色的，也可以輔證幽姬的眼睛不正常。
當玩家發現幽姬的眼睛不正常，並且這是一個遺傳性體質的時候，我們本案的關鍵核詭就要出來了。閻蘿雪的眼睛也是不正常的，閻羅家族的繼承人都會是一雙琥珀色的瞳孔，只能施法用使用靈視觀察世界，其他時候是一個瞎子。閻蘿雪是瞎子的信息主要有以下的細節可以推斷:在森一的本中，第一幕有捉到森一攙扶著需走路，並且提到了「要做彼此的眼睛，守護彼此的心」，記憶碎片-2 有提到雪的眼睛像理花貓，記憶碎片-4中狗可以上公交，同時你們看到的森教授是一隻大黃狗，這是提示 Mori是一隻導盲犬。雅也記憶碎片7也提到了雪的眼睛是琥珀色的.幽姬的記憶碎片-3提到了「家族繼承人都會失去那樣東西」，記憶碎片-4提到了「自從女兒雪出生後，你瞬間找到了家族繼承人。"，記憶碎片-7 提到了「小葵說的:你最重視的人明明沒有受到詛咒不是嗎?」。幽姬的這三個碎片提到特殊體質指的是雪也是瞎子，最重視的人沒有受到詛咒是因為雪是瞎子，沒有看到那副畫。
當盤出來雪也是個瞎子以後，同時雪也有著琥珀色的瞳孔，這個時候我們就要迎來我們的核心詭計了，雪到底在哪裡?在我們的本中反覆有提到天上有兩輪滿月。然後閻蘿家究極禁術是「陰陽師變成一堵靈牆，封印在厲鬼寄居物的表面」所以事實上真正的雪在這個世界的天上，變成了一堵牆,而那兩個月亮是雪的兩隻眼睛。
讓我們回到幽姬的故事，幽姬拿到了這副畫之後，立刻開始看手準備淨化術淨化術是點七根蠟燭，由陰陽師引導厲鬼淨化，一共七天，每天會滅棹一根蠟燭等到7天後厲鬼就可以被淨化而消做了。幽姬先是將她的孩子們送到了隔壁的鄰居家，之後和七郎說這段時間不要打擾她。然後來到了神社的後花園和室，開始了淨化術。前 5 天都很順利,但是到了第6天的時候，雅也因為想在花汐的前面炫耀，說自己家的院子很大，可以去他家裡玩，於是把所有人喊去了神社內玩提迷藏，在神社內玩捉迷藏的時候，他們掀翻了幽姬的蠟燭，導致了淨化術失語。厄莉莎從被淨化狀態中覺醒,發現幽姬居然想要消滅她，於是非常的憤怒，詛咒了在場看到那副畫的所有人，這裡面有一個意外就是雪，雪因為是瞎子，所以並設有看到!但是導盲犬 mori 看到了，所以是 4個人在玩捉迷藏，同時也是 4個靈魂被詛咒了。（來自於風鈴院神社內的演繹-1，由幽暗的和室觸發）
幽姬的淨化術被打斷後，無法再次使用淨化術來淨化歷鬼厄莉莎，同時因為這些人都已經看過了那副畫，都被那圖畫所詛咒了，所以幽姬無奈之下決定使用閻蘿家的終極禁術厲鬼封印術來封印厄莉莎，從而讓厄莉莎的靈魂消散。國姬找來了紅葉讓紅葉幫她看好這些孩子，同時跟紅葉說了厲鬼封印術失敗後的處理方案因為使用厲鬼封印術時陰陽的靈魂會成為一堵靈牆，所以其軀殼內是沒有靈魂的如果厲鬼封印術失敗。那麼其軀體將會被厲鬼所附體，而陰陽師的靈魂將會被拖入厲鬼的世界中受到無盡的折磨。所以幽姬告訴紅葉。假如厲鬼封印術失敗，帶著孩子們躲到五芒星陣中，這樣厲鬼就無法看到他們。而厲鬼因為心靈黑色素過於強烈，在附體後被世界所不容,很快便會自殺,在歷鬼自殺後，紅葉需要帶著孩子們使用造物術，在厲鬼的世界的內部創造一個幸福的世界，避免自己和孩子們死亡後被厲鬼拖入其世界中而受到折磨。當做好這一切準備後，幽姬在神社大門上貼上了符咒,開啟了厲鬼封印術。但是幽姬不知道自己已經懷有了 4 個月身孕小葵是幽姬的第三個孩子，並且小葵的陰陽術天賦甚至在雪之上。其靈魂在出生後就已經形成了。在施術過程中，其體內懷著的小葵感知到了其母親正在釋放法術，而如果其母親的肉體變成驅殼而沒有靈魂，那麼將沒有母親對其孕育，她會胎死腹中，求生欲讓小葵破壞了其母親的封印儀式。《這一幕出現在曲姬的記憶碎片-7 中》儀式被破壞後，厄莉莎附身在了幽姬的身上。舉起斧頭砍死了在門口擔心的守候的風鈴院七郎，紅葉帶著孩子們躲進了五芒星陣中躲過一劫，厄莉莎因為黑色素過多被世界所不容,於是其回到了神社內部而自殺，在自殺前其將小葵掏出扔到了地上，同時扣去了自己的雙眼，上吊自殺。
在幽姬死亡後，紅葉回到神社大廳，開始實施造世界術，其將風鈴院幽姬的軀幹剝皮變成畫布，讓擁有異世界製造術天賦的雅也在上面畫一幅幸福的畫，雅也在高壓之下畫出了「東方伊甸園」，紅葉將「東方伊甸園」覆蓋在了「我再也不能做新娘」之上,之後將幽姬分屍，帶著孩子們前往五個地鐵站進行胞屍。在拋屍過程中其讓孩子們記住這五個車站，當有人死亡後，一定要記得對其進行分屍與施法這樣其靈魂才可以前往幸福的伊甸園世界，而不是痛苦的厄莉莎世界。等到雪 17歲，覺醒完陰陽師能力後，這一切才會真正的結束。
風鈴院神社慘案發生後，風鈴院雪被其舅舅閻蘿和彥接走，並改名為閻蘿雪鳳鈴院雅對正常的畫布不感興趣，他覺得只有人皮才可以滿足他的作畫願望,並且因為雅也是可以看到厄莉莎的，所以厄莉莎時常會出來和雅也交流,在厄莉莎的誘導和小時候事情的刺激下,雅也會偶爾被厄莉莎所附身。被附身的雅也前往了醫院開始進行剝皮，之後雅也本人開始在剝來的皮上進行作畫。在雅也前往醫院剝皮的時候，其被紅葉發現了，紅葉替其隱底了下來，並且摸清他規律後主動換班幫其掩護。之後因為每次屍體剝皮都發生在紅葉值班的時候,所以紅葉被世人稱之為剝皮醫生。
紅葉在醫院期間，處理一個燙傷急診病人的時候發現她是花汐。而花汐因為小時候刺激的時候被一個背影很可靠的男人所保護了，所以一直對那個背影的男人心中懷有好感。花汐見到1葉後就愛上了他，但是紅葉因為害怕進咒，於是在最開始的時候是拒絕花汐的。但是最終紅葉被花汐的愛情所感動，於是和花汐戀愛了。終於有一天，紅葉向花汐求婚了，結果不作為,於是決定自己出手制裁他。來到了紅葉的辦公室，想用燃燒瓶燒死他，結果紅葉剛好出去倒水，大棺達也誤傷了伊澤花汐，導致伊澤花汐全身 90%燒傷。紅葉為了救花汐，於是使用了禁術獨家美容秘術。是捉五隻蛇（在來臺地獄的審判者的證據卡中有提到蛇丟失）剽皮後將人浸入血水後施法。伊澤花汐被釋放禁術後恢復了正常的容貌，但是因為該秘術的特性，每七天都需要蛻皮一次並且需要保持清醒，花汐在劇痛的折磨下精神逐漸失常，於是從背心處刺死了紅葉。【五芒星連環碎屍案-2 有提到是從背後戳入心臟致死】
紅葉死後，花汐陷入了恐慌，於是喊來了伊澤雅也幫忙，伊澤雅也幫助花汐分屍並且拋屍後，聽說了花汐的特殊體質後欣喜若狂。之後雅也使用麻醉藥幫助花汐止痛，之後由其幫花汐則皮，各取所需，花汐可以免除疼痛，而雅也可以獲得人皮畫布。就這樣過去了半年，到了獨家美容禁術失效的那一天，雅也照常對花汐進行了剝皮處理，結果花汐卻再也沒有醒來，直接死去。雅也對於花汐的突然死亡毫無準備,在慌亂之後只能將花汐分屍後批屍,完成儀式。因為習慣了溼熱的人皮畫布，於是雅也開始四處流竄殺人後剝皮。《這個可以通過紅葉,花汐的視角結合地下室的人皮來盤出連環剝皮案是雅也幹的，而如果雅也選擇不幫助厄莉莎也可以自爆。》
雅也的事情告一段落，這裡說回到森一，森一從風鈴院神社後開始刻意忘記這悲慘的一切，並且其真的失去了其小時候的記憶。其長大後成為了一名警察，卻意外撞見了其上司玷汙實習女警，本身受過刺激的森一精神就不太正常，於是其加入了來自地獄的審判者，並且殺死了其認為犯下錯誤的上級警察。在殺死警察後，其小時候的記憶出現了閃回，在殺死人後要分屍拋到五個車站，於是其將藤木一雄分屍後拋在了五個車站（這個在 alice 的本中有提到「他好像殺了人」，同時這個案子是發生在警局的，所有玩家中只有森一是穿警服的。）此外,當藤木一雄案發生的時候，紅葉已經死了。其他人沒有任制動機去做這件事情，所以藤木一雄案最大的可能性就是森一做的，同時花園裡撿到一個「來自地獄的審判者」的微章是森一無意中掉落的。此外還有一點,大家都是大黃狗誘騙進的黑羊世界，而黑羊世界內的東西都是森一帶過來的，在調閱記錄上有寫到「此案件出森一警探調閱」。這也是提示森一是來自於警局的一個要點,看那些「地獄的審判者」的信件其他人也是無法接觸到的"。
森一在處理一次公交車鹹豬手案的時候，碰到了雪，並且在見到了雪的第一眼就愛上了她。之後和雪展開了一段戀情，森一像雪求婚了，但是雪因為牢記看自己需要去做淨化術，來拯救自己的母親幽姬以及當年的小夥伴們，更重要的是森一忘記了小時候的事情，但是雪並沒有忘記，雪知道森一也受到了畫的詛咒,如果她不去解除這個詛死的話，森一最終也會被畫的詛咒所害死。於是為了拯救大家，雪告訴森一自己還沒有準備好，當準備好的時候,其會遞給森--束代表愛情的花。（這裡提一句，其實本身森一想要的花是白薔薇,代表純結的愛情,但是給到 ALICE 的信物是紫薔薇,代表的是無法得到的愛情。）
雪在求婚時間後，開始著手準備淨化術的儀式，其在 2013 年 12 月 23 日。
在風鈴院神社的正殿內開始了淨化術，前幾天都很順利，結果到了 2013 年 12月 25 日晚上，在外面剝皮結束的雅也回到了風鈴院神社，其發現神社正殿有燭光，於是其將剝好的人皮丟到地下室後來到了正臉，看到了閻蘿雪正在施展淨化術，但是正在剝皮的伊澤雅也事實上被厄莉莎附體了，其發現雪要來淨化她、於是其上前想要殺死雪，破壞雪的儀式。情急之下 Mori大叫起來，吸引了雅也的注意力，雪趁機使用法杖敲擊在了雅也的頭上將雅也擊倒。雪本身只是想要敲暈雅也，但是情急之下用力過猛，雅也倒在地上時撞擊了頭部而死去了。雪為了退免雅也的靈魂被厄莉莎折磨，於是將雅也的屍體分屍並開始了拋屍。因為雪是一個盲人,所以其在行動的時候「障目術」的鈴鐺掉落了而沒有發現，所以在拋完最後一個屍袋後被當場抓捕歸案。厄莉莎因為再次被淨化術所擾，所以其知道明陽師家族的人又找上門來了,於是其提前讓小葵來到了現實世界，以防陰陽師家族的人將她們兩個一網打盡。
森一在知道雪殺人碎屍後，主動要求前往醫院看護她，雪告訴森一她有一件非常重要的事情要做，祈求森一偷偷放她走，森一心軟之下放走了雪。雪愉走了五隻貓咪後將 Mori寄養到了寵物店，之後來到了風鈴院神社開啟了封印術，其依靠著貓靈將厄莉莎驅趕回到了畫中之後變成了一堵靈牆擋在了厲鬼世界的外面。小葵因為提前來到了外界躲過了一劫。森一連續 2 周沒有見到雪，非常的焦急其打聽到雪將 Mori寄存在了寵物店，於是其前往寵物店領走了 Mori。Mori被領出後快速的向著其主人所在的風鈴神社跑去。等 Mori 帶著森一來到風鈴院神社後，他們遇到了正在這裡一籌莫展的小葵。
小葵心生一計，決定讓森一進入到黑羊世界中去救出厄莉莎。【當年幽姬讓紅葉毀掉轉術,但是紅葉在緊張情緒的作用下忘記了，小葵的靈魂看過禁術,知道有」穿行者」和」還魂術」這些術法】。她先是變化成了幽姬的樣子（在幽姬的第一本裡有提到,她的孩子可以變化成各種樣子），進去欺騙了森一，和森一說雪的封印術失敗了，被厲鬼反座後抓進了厲鬼世界，只有森一可以救他。同時使用幽姬的模樣蠱惑森一殺死了 Mori（這也是為什麼森一的法杖信物要交給幽姬的原因,在 Mori的眼中雖然不理解，但是卻是幽姬害死了它,當然，這裡可能會有槓點，就是如果玩家在到了外面的幽姬是小葵假扮的，那麼這個法杖應該交給推這個問題。所以我們在"幽姬」的任務裡設置了「拿到你的信物」,來避免這個情況的發生）
森一殺死 Mori，施放了穿行者的法陣，隨著 Mori的靈魂來到了黑羊世界。「幽姬」（事實上的小莫）告訴他要前往「伊甸園世界」誘拐出四隻黑羊，配合他們兩個一起來完成還魂術。因為反覆的穿行會引起記憶錯亂所以森一提前在黑羊世界中用記憶」具現出了之前看到過的檔案」，因為其是警察，其將一部分檔案藏在了警察局中。（來自地獄的審判者信件是具現的副作用產物,其藏起來了，結果後來被艾倫索爾找到了）,另一部分藏在了黑羊公館中。這些檔案是為了幫助黑羊們恢復記憶，來恢復其黑羊能力。在做完這一切後，森一來到了黑羊世界中他以為的」黑羊公館」但事實上森一去到的地方並不是真正的「黑羊公館」而是費司摩爾1:1復刻的「厄莉莎紀念美術館」。真正的黑羊公館裡住著失去了記憶的厄莉莎，而費司摩爾的美術館裡只有費司摩爾，沒有厄莉莎的存在。所以玩家們從他們的「黑羊公館」中出來後是在「城市的街道上」而第一幕去的黑羊公館是在「山腰上」。森一通過費司摩爾的黑羊領地內的那副《我再也不能當新娘了》這幅畫為媒介，穿梭到了各個伊甸園世界中，將幽姬、花汐、紅葉和雅也帶到了伊甸園世界中森一具現出來的「黑羊公館中，管家和僕人也是森一具現出來的虛假人物，並且森一還原了他印象中當年發生的事情（所以事實上大家可以發現第一幕的事情和當年實際上發全的事情是有出入的）,從而逼迫大家跟著他來到他設定的「世界通道口」,那圖《我再也不能當新娘了》那副畫。
在森一帶著四個黑羊操作的同時,小葵在黑羊世界裡面復刻森一在伊甸園世界中所作的同樣的事情，小葵也變幻了兩個白羊的靈魂，變成了管家和女僕，並探縱他們複製了當年的事情，驅趕失去了記憶的厄莉莎穿過那副畫，來到黑羊世界中的「厄莉莎美術館，（這裡有一個細節,花汐、幽姬、雅也、紅葉的小劇場 2 最後-句是"一個強壯的手臂將你抱入了畫框」。而 alice 的小劇場 2 的最後一句是"一個纖細的手將你抱入了畫框」）。
當所有人都來到了「厄莉莎紀念美術館」後，小葵安排好的厄莉莎的瘋狂追求者費司摩爾出現了。他們出演了一出雙簧，將森一雖在這裡的線索給到了玩家們。同時還通過捉迷藏這個遊戲,激發玩家們對於當年「捉迷藏」事件的回憶。
（當然了,小葵本身也特別喜歡玩捉迷藏、所以這個遊戲過程小葵是非常開心的）在捉迷藏後,小葵預留了一定的時間讓玩家們梳理自己的情緒。之後讓費司摩爾將他們從後門送出。
玩家們在森一的帶領下來到了黑羊領地中的警局，遇到了白羊艾倫索爾，艾倫索爾死後一直在黑羊世界的警局中不斷的循環自己死前的場景，不斷的復活，不斷的死去。而今天的艾倫索爾去拿案件的時候不小心拿到了森一藏起來的京都連環殺人案，所以在艾倫索爾的臺詞裡會發現他對於這個案子變成了京都連環殺人案非常的震驚。艾倫索爾出門找上級的過程中又發現了森一藏的更深的」來自地獄的審判者'信件。疑感的交倫索爾將這批信件也拿回去給到了玩家們。之後艾倫索爾開始重現其當年的死亡場景，被毒死在了玩家們面前。
這個時候，小葵計劃中的變數奈琪出現了，奈琪和艾倫索爾訂婚後死於畫的詛咒，一直村被厄莉莎所折磨與同化，在厄莉莎被封印失去能力後，奈琪恢復了自我意識。但是其領地的。
鑰匙被厄莉莎藏在了艾倫索爾的身上，而奈琪不回到自己的領地是無法恢復其黑羊能力的，艾倫索爾死後奈琪來到了警察局尋找自己的鑰匙，玩家們給到奈琪鑰匙後。奈琪帶著玩家們回到了自己的家。回家後奈琪恢復了自己的黑羊能力她可以讓別人看到自己死亡的樣子（在艾倫索爾和奈琪的電話中可以聽到,奈琪看到了自己死亡的樣子。這是提示奈琪的特殊的黑羊能力）,於是為了報答玩家們對於她的幫助，同時她隱隱覺得厄莉莎的小走狗小葵在計劃著做什麼事情，本著讓自己敵人不好過的心態，奈琪替每個人看到了自己的死前場景，並且在這個過程中添油加醋,讓整個事件變得更加的混亂。
玩方們在看到自己的死亡場景後，通過還原找到了自己的黑羊領地，於是前往了自己死亡的地方--風鈴院神社。鎮寺狐狸是風鈴院七郎死後，附著在門口的狐狸雕像上，穿行到黑羊世界所化。這麼多年來一直苦等在風鈴院神社等待轉機的到來。在看到熟悉的人們來了以後，其將每個人的信物遞給了玩家。之後告訴了玩家們大量的信息並施展風鈴陣讓玩家們恢復記憶.小葵是無法操作風鈴院神社內的風鈴陣，來讓玩家們大幅度恢復記憶的，所以小葵不讓玩家們回到神社中通過狐狸的幫助讓玩家們恢復記憶，不過在小葵眼中狐狸是他們的家僕，不會影響她的計劃。
恢復黑羊能力需要知道自己死亡的地點，在死亡地點形成黑羊領域。同時要知道自己是誰，還需要知道殺死自己的人是誰。而給信物，其實是將信物交給了殺死自己的心愛之人。第一隻羊是幽姬，她的死因是自殺，但是她自殺的原因是封印術失敗，而封印術失敗是小葵造成的，幽姬的布偶娃娃信物是交給小葵的。第二隻羊是紅葉，紅葉沒有殺死過任何人所以紅葉是拿不到任何信物的。紅葉是死於其所愛之人花汐之手，而其信物是訂婚戒指，因為其已經像花汐求婚，所以紅葉的求婚戒指是給到花汐。第三隻羊是花汐，在紅葉死後，花沙所信任的人就只有那個從小一起在她家裡長大的雅也了，其最後是死於雅也的剝皮。而雅也的黑羊能力是通過作畫來創造世界，所以花汐是將畫板交給雅也。第四隻羊是雅也在母親,父親和花汐死亡後，其血緣上最親近的人就是他的妹妹雪了，而雅也是死於雪的誤殺，所以雅也是將信物明信片交給」場上那個看起來長得和雪一樣的人"第五隻羊是厄莉莎，厄莉莎雖然是自殺，但是其自殺的原因是因為她愛上了不該愛的人，森教授，森一是森教授的孫子，長的和森教授很像，厄莉莎對森教授是絕望的愛，所以將信物紫薔薇遞給了森一。第六隻羊其實是導盲犬 Mori，在導盲犬 Mori的眼裡，狸花貓媽媽幽姬是她最愛的人之一，但是卻是幽姬模樣的人害死了它,所以法杖這個信物將由 Mori給到幽姬。
其實本身在記憶恢復後，大家就可以去施展還魂術法陣了,而給信物這個過程是鎮寺狐狸加進去的，第一是為了讓大家還原一切的真相，提穿小葵的陰謀,第二是為了讓黑羊們通過拿到屬於自己的信物這個儀式，恢復自己的黑羊能力，來拯救這個支離被碎的世界並且幫助淨化小葵。
故事到這裡就結束了。剩下的就是後面的結局了。