九頭蛇（Hydra）最早出現在電影《美國隊長》中，是由紅骷髏所帶領的一支秘密的攜帶有高科技至高力量的恐怖組織，隸屬於納粹德國，紅骷髏野心勃勃，不甘心於希特勒的領導，當他得到宇宙魔方的時候便開展了佔領全世界的計劃，最後被美國隊長和咆哮突擊隊所破壞而以慘敗告終。但是在漫長的幾十年裡，九頭蛇秘密紮根於神盾局之中一直到《美國隊長2》中在皮爾斯的領導下開始採用洞察計劃妄圖打擊全部不利於九頭蛇未來發展的人，在美國隊長的領導下的多方力量終將該計劃毀滅。
但是，紅骷髏領導的九頭蛇僅僅是一個分支，古老的九頭蛇組織歷史要追溯到約1400年前，克裡星的第一代異人族實驗品蜂巢（HIVE），實力強大，威脅到了克裡人與人類的利益，因此將他送往到遙遠的星球上。而九頭蛇組織的成員，就是要利用黑石傳送門想法設法的將領袖帶回，幾個世紀以來，九頭蛇都在向那裡運送人和物資。例如在《特工卡特》第二季中的遠星計劃標誌，以及《神盾局特工》第三季中都有提及。《復仇者聯盟1》中福瑞面前的高級領事會的成員之一馬利克正是整個九頭蛇的領導人，計劃的投資者與領導者。近期漫威電視在《神盾局特工》第五季第15集中向觀眾們致敬了一集九頭蛇學院，讓我們看到了年輕的馮斯特拉克（死於奧創），西澤維爾（死於冬日戰士），馬利克（死於爆炸），還有掌握異人年輕密碼的懷特霍爾博士（死於科爾森）。
目前九頭蛇已經基本被消滅，但真正意義上的漫威宇宙中，九頭蛇會一直存在下去。《美國隊長3》中佐拉博士的思想可能不止僅有一處備份，《蟻人》中取走皮姆粒子複製品的九頭蛇成員，《復仇者聯盟3》中沃米爾星看守靈魂寶石的紅骷髏使命已經完成。
本以為九頭蛇尚已被完全掃清之時，神盾局特工最終季的先導預告打破了觀眾們的幻想，阻止長生人的計劃就是回到過去，既然要面對過去，九頭蛇就成為了最大的隱患！
畢竟，砍掉一個頭，還會再長出兩個來！