公元2095年，人們發現了一種會將人類變成昆蟲的怪病，患病的人在20分鐘內變成蟲子，並且失去理智攻擊人類。30年後，世界人口失去了三分之二。在作為實驗基地的蟲籠裡，實驗已進行了多年。
譚雅，身為卡伽斯特爾化的人類生下的孩子，被弗朗茨的父親撫養長大。為了實現弗朗茨研究卡伽斯特爾的心願，自願參與實驗。
兩年後，第一個成功的實驗體阿特培養了出來。然而，即使有著人類的形態，他卻一直被視為異類。這也成為阿特日後痛苦的根源，作為八號實驗體，他無法成為完整的人類，也無法變成卡伽斯特爾。在痛苦中，他選擇了獵殺驅除者，以此想要證實自己怪物的身份。
多年後，弗朗茨和譚雅成婚，生下一個女兒，並將她取名為伊莉阿斯特爾，一個與卡伽斯特爾相對，暗示著生命起源的名字。
未造出蟲後的弗朗茨心有不甘。為了他所謂的「卡伽斯特爾的真相和拯救世人的心願」，譚雅犧牲自己，被實驗改造後成為蟲後。
然而，這一切只是開始。隨著蟲後發出聲音，人體中沉睡的卡佳斯特爾基因做出響應，從而覺醒。人類被分為「已進化」和「食物」。
在這一天，和弗朗茲共事的格裡菲斯帶著伊莉逃出研究所，隱居在一處偏僻的村子裡，將伊莉當作女兒撫養長大。直到有一天，伊莉將一個人變成了蟲子。為了挽救她，格裡菲斯帶著伊莉返回蟲籠，請求弗朗茲救助。由於途中遇到卡伽斯特爾，格裡菲斯身受重傷。臨終前，他將伊莉託付給出手相救的木藤，並請求他將女孩帶到譚雅面前。木藤將伊莉帶回酒館，由此開始了一段故事。
整篇故事的基調略顯壓抑，人類與蟲子的爭鬥無處不在，卻都面臨著棘手的選擇。無論選擇那一條路，似乎都擺脫不了悲劇。作為驅除者所面臨的選擇更為艱難。
木藤自幼跟隨拉扎羅。在被培養成人後，拉扎羅卻不幸被感染，即將變成卡伽斯特爾，木藤不得不舉起刀結束了他的生命。
拉扎羅曾對他說，要麼做羊，要麼做野獸。在蟲子橫行的世界裡，人類面臨的除了蟲子，還有來自同類的仇恨。人之所以為人，就在於心中有情。可是，作為驅除者的木藤，在一次次痛苦的抉擇後，自視為鐵石心腸的劍和沒有感情的工具，只為消滅蟲類。
卡西姆，作為抗蟲戰車部隊的一員，對五年前為了驅蟲火燒西門致平民傷亡的事耿耿於懷，更是無法忘記小女孩利滋說的話：「對我們來說，你們和蟲子並沒有什麼不同。」
五年後，他為了贖罪，自願作為誘餌，將蟲子引出來滅殺，自己卻不幸感染。在利滋向他表示歉意和道謝之後，他的身體卻開始變為卡伽斯特爾。
在失去理智前，他請求隊友射殺自己。
最終動手的還是木藤。
在這個殘酷的世界裡，木藤自始至終的選擇，雖冷酷，卻又不得不為之。
幸好，在他的世界裡，始終有不同的人給他溫暖。這種溫暖，是末日世界裡的一抹亮色，也是未來的希望。