第二軍醫大學，1951年定名第二軍醫大學，一直沿用至今；合肥工業大學，前身是合肥礦業學院，兩所學校的教研領域並不相同，但是兩所學校都是211工程，世界一流學科建設高校，目前都屬於全國重點大學。兩者的區別在於，第二軍醫大學是第一批211工程大學，而合肥工業大學是第二批211工程大學。
合肥工業大學，是建國之後，由安徽省立工業專科學校改建為中國煤礦工業專科學校，是一所專門培養煤炭工業所需的技術人才的院校。換句話說，合肥工業大學建校之本，就是煤炭，所以他早期一直隸屬於煤炭工業部。合肥工業大學早期並沒有拿到多少優勢資源，唯一可以吹噓的地方，就是拿到了西北工業大學的礦區開採專業，但是後來也被拆分了，所以合肥工業大學落選第一批211工程院校。
合肥工業大學，之所以機械實力比較強，並不是他獲得了優勢資源，而是他的機械開設的比較早，而且領域相對偏，所以才佔據了一定優勢。合肥工業大學的機械，最早溯源可以到1945年成立的安徽省立蚌埠工業職業學校機械，主要是以礦山機械和機械工程為主要教研領域起家的，後來合併了安徽水電學院的機械系，使得自身實力大幅提升，並不是科班的機械強校，跟太原工業大學差不多。
第二軍醫大學，屬於絕對硬實力醫學高校，在特種醫學領域實力超級強悍，肝膽方面冠絕全國，是全國第一個擁有護理學博士學位授予權單位，幾乎沒有落下任何一次重點大學評選。中體來看，第二軍醫大學的實力勝過合肥工業大學一些，這主要是因為，從兩所學校各自擅長領域內的知名度和影響力來看，第二軍醫大學更佔優勢一些。