上回我們說完了拳皇大蛇篇，今天咱們繼續說接下來的劇情，拳皇99-01的nests篇，本次主人公也講會被新生代的角色「K」替代，劇情則發生在97最終之戰的兩年後，拯救世界的草薙京也消失了整整兩年，而此時世界各地的格鬥家們又收到了「再次舉辦拳皇大賽」的邀請函！
但是這次卻和以前不同，在社會上並沒有得到強烈的反響，並且本次大賽的規則也與以往不同，在以往3對3的基礎上加入了援護攻擊允許隊友在比賽過程上場支援，而二階堂紅丸和草薙京的徒弟吹真吾為了尋找草薙京也參加報名了大賽，並且與新角色「K」以及馬克西姆結為一隊，但是「K」以及馬克西姆對紅丸二人隱藏了自己的真實身份，世界最大的組織——nests的手下，nets組織將貫穿本次劇情，同時「K」竟然也擁有同草薙京相似的火焰之力，而就在大賽的過程中發現世界各地有著許多私人部隊正在集結當中，而最驚訝的是發現這些部隊竟然都是草薙京，最終一路過關斬將之下K一行人終於見到了這次拳皇大賽的主辦人，古力查理度，一句廢話都沒說就直接同K一行人進行了戰鬥，正當眾人擊敗了他以後，以為就要到此結束時，古力查理度大笑了起來並且嘲笑了紅丸等人的愚蠢，原來他身上穿的衣服是可以收集戰鬥數據的並且將K等人最強的數據傳送到了世界各地的複製人以此來完成對這群複製人們強化的最後一環，而這些nests的複製人部隊將進攻世界，讓整個世界陷入混亂以此達到nests統治世界的目的。
不得不說古力查理度犯了每一名反派的通病就是把自己的陰謀計劃說給了主角團聽，並且告訴K，自己是組織nests的幹部，而K只不過是自己的複製人罷了，現在他已經沒有利用的價值就由自己將K抹殺，一輪激戰以後古力查理度戰敗，他無法接受自己被複製人打敗的事實，同時收到了上級的指示全世界的複製人草薙京竟然被海頓將軍的傭兵部隊全部消滅了，而古力查理度將被當作棄子再也沒有任何利用價值了，被拋棄的古力查理度陷入崩潰並被落下的巨石砸中，之後K感覺到有個熟悉的氣息在接近，一看，竟然是........
一看竟然是草薙京!原來在97大蛇之戰以後，三神器皆昏迷且身負重傷，nests就此闖入將昏迷的草薙京帶走並且在這兩年nests對他進行了兩種研究，一是如何讓普通人駕馭火焰之力，二是可憐草薙京而K也是其中一個實驗體，但是草薙京卻對他的過去一無所知隨後二人進行了短暫的對決很快遭到了nests的打斷並且毫不諱言的告訴K,K的力量就是來自於草薙京，注入了草薙京的血液獲得了火焰之力，並且草薙京由於被大量抽取血液自己的力量大幅度的下降無法自由的使用無式，而從八神的結局中，我們可以知道原來在大蛇一戰後傷愈的八神一路尋找草薙京的蹤跡，最終找到了nests的秘密基地並毀掉了整座基地草薙京才得以逃脫，於是在99的最後K叛離了nests正式宣戰nests，接下來就是拳皇2000了，本作的劇情採用的是多線性發展所以可能有點冗長，但是劇情絕對精彩！要耐心看完喲！
在經歷了99年的混亂之後，K和馬克西姆二人受到了nests的追殺並且被當作了恐怖分子，隨後海頓所在的國際傭兵部隊高層宣布將舉辦拳皇2000大賽，來吸引他們二人自投羅網，但是海頓卻發現了異常，二十個衛星兵器在沒有命令的情況下部署在了各個地方，海頓對此提出了質疑卻被總司令Ling直接下令逮捕，隨後還發現了亂入比賽現場的庫拉，庫拉是一個人形兵器，nests發明出的寒冰系能力以此克制K的火焰之力，就當K等人一路過關斬將到大最終會場時，發現總司令Ling居然穿著戰鬥服並且告知眾人真正的Ling早被殺害，自己則是偽裝成他的ZERO是nests的一位高級幹部，最後zero與K等人進行了一系列交鋒，最終敗下陣來，開始ZERO手裡還有衛星武器的開關按鈕，海頓將軍殺了出來擊打了掌握按鈕的傀儡，而與此同時庫拉等人摧毀了衛星武器但她卻因為被爆炸波及而從太空墜落，本來必死的她卻被從小一起長大的機器人好朋友CINDY用自己的身體保護了她，最後Cindy只剩下一個腦袋庫拉抱起她留下了眼淚，而K擊敗了Zero之後，雖然他和馬克西姆全力試圖離開但也是被巨大的轟炸波及，此時K夢到了一位少女醒來之後威普出現在了K的眼前，威普則是K的姐姐的複製人告知了K等人真相，說出Zero是如何玩弄他們的人生，雖然無法完全信任威普但還是協同她一起向nests復仇，在漫天被摧毀的流星下前往最終之地。
最後就是草薙京的劇情了，草薙京在最後登場，此時Zero告訴他，他把無式之力加入了兵器中，使他們的武器威力更強大就在草薙京剛要出手時一個熟悉的身影出現了，「草薙京，好久不見"居然是八神庵！就在97大蛇之戰的幾年後二人再次見面久別重逢不來打一場怎麼說得過去，此時草薙京腦海裡再次浮現女友 雪 的容貌，隨後草薙京 八神庵相視一笑「上吧」最後就是Nests篇的第三部《拳皇2001》就在拳皇2000後，被衛星武器毀掉的一個街道，南鎮！小鎮居民十分恐慌但是nests毫不避諱的高調宣布舉辦拳皇2001大賽，並且派出自己的nests隊出戰。
最終在nests一路的監視下K的隊伍奪得了本屆的冠軍，本次頒獎典禮安排在一個空中飛艇上，而出現在K等人面前的則是nests的二當家真正的zero！並且此時飛船也急速的飛向太空中，他帶領復活了的古力查理度飛賊的叛徒龍，還有自己的寵物獅子與K的隊伍展開了激戰，最終還是不敵K，在稱讚了K的成長以後選擇留在了飛船裡等死，K一行人登上了最終決戰地一個巨大的宇宙空間站。
與此同時nests隊的眾人黛安娜和庫拉同樣登上了宇宙空間站，就在K一行人到大空間站最深處後看見了nests的頭目nests本人，但是出乎意料的一幕出現了，原來nests早就死了取而代之的則是他的兒子！伊格尼斯，他聲稱自己將成為新世界的神！這麼多年來nests的所有決定和計劃都是由他一手策劃的，於是nests小隊毅然決然與之叛變加入了K的一行人隊伍中，經過激烈的戰鬥，最終邪不壓正伊格尼斯戰敗！
戰敗的伊格尼斯惱羞成怒，開啟了自爆程序將空間站變成一個飛彈砸向地球，最後在K和庫拉的努力下空間站最終跌落在了海裡，墜入海裡的K和庫拉二人相視K與庫拉兩人是屬於一個世界的一個失去了過去一個從小在實驗室長大，最後K決定繼續搜索失去蹤影的飛龍，馬克西姆也大仇已報決定道別，威普突然用繩子拉住了K說：「是不是應該感謝一下救命之恩呢？」望著遠處的庫拉，庫拉也對他綻開了笑容，K伸出手牽住了庫拉走吧，我們真正的戰鬥，才剛剛開始呢！
拳皇nests篇的劇情也就此結束了......