《傘學院》第二季講述了主角們在穿越時空後背分別被傳到了不同的年代,老四和老六的靈魂穿越到了1960年,老三穿越到了1961年,老大穿越到了1962年,老二穿越到到了1963年9月1日,老七穿越到到了1963年10月12日,老五穿越到了1963年11月25日,當他回過神後發現正在打仗,他的姊妹也都參與著戰鬥,美蘇冷戰爆發了,造成了第三次世界大戰,核彈全面發射,世界末日再次來臨。
第一季中追殺老五的時間管理局同事,突然出現,帶著時間管理局的時間穿越手提箱,和老五穿越到了10天前,說了事情的經過,原來這一切都是因為老五姊妹們的到來改變了歷史,這時時間管理局的殺手出現,他給老五塞了張照片讓老五帶著手提箱後被殺死,手提箱也被子彈打壞無法使用,老五再次肩負著阻止世界末日的重擔。
想要阻止世界末日首先要找到姊妹們,修復時間線,而他們頻繁的出現在達拉斯街頭同一地點,被附近的居民早就拿攝像機拍了下來,老五發現後這個居民後,就清楚的了姊妹們到來的時間。首先發現了老二被關進了精神病院,見完老二後,得知老二一心想要改變歷史便丟下老二走了。
最早到來的老四在機緣巧合下建立了一個宗教組織,並成為了教眾們心中的「神靈」;老三加入了當地的黑人維權組織,並和老公一起計劃著一些列的維權活動;老大為俄羅斯黑幫在地下拳場打拳;老七穿越後失憶,被當地的居民帶回農場休養,在老五的到來後,姊妹們慢慢的都相遇了,又一起開始阻止世界末日。
這一季更多的是在講姊妹們的個人故事線,突出著每個人在當時的社會背景下,怎樣展開著自己的生活,很有鮮明的時代背景,而似乎老五的到來,又改變了他們每個人的生活,因為他們本就是意外的出現,但似乎又都有著逃不了的命運。
就像是我們每個人的人生,我們總覺著能夠主宰著自己的命運,但當我們在塵世中不停地勞累奔波、盲目求索後,卻發現命運似乎早已註定,很多事情並不能通過我們的努力就能改變,我們只是在命運的指引下做著那些該發生的事。
在姊妹們相聚後,他們發現了原來第三次世界大戰的爆發是因為甘迺迪總統的刺殺,他們在未來的照片裡發現,他們的父親也參與了甘迺迪的刺殺行動,但當時的父親並不認識他們,他們想要阻止父親,卻沒有成功。
老二在時間管理局裡發現世界大戰爆發的原因,甘迺迪沒有被刺殺,而是老七能力的再次爆發,炸壞了甘迺迪經過道路附近的大樓,被認為是蘇聯的間諜行為,這樣才引發了第三次世界大戰。繞了一圈,最終還是老七引發了世界末日,與第一季相似的結果,似乎都是逃不了的命運。
老七被當時的政府部門帶走調查,老二、老三、老四及老六的靈魂去營救老七,阻止老七在詢問過程中爆發能力;老大和老五計劃著找到以前被派來修正時間線的老五,奪走他的手提箱,用來帶大家一起穿越回到2019年,但老大和老五在搶奪手提箱時損壞了箱子,大家雖然阻止了老七,但老六的靈魂在阻止老七後消失,父親的組織也完成了刺殺甘迺迪的任務,而他們也成了嫌疑兇手。
大家一起去了老七之前生活的農場,這時時間管理局的負責人出現,想要將他們姊妹們消滅,派來了所有時間管理局的殺手們,被老七瞬間解決,又經歷了一陣撕殺後,最終,姊妹們通過手提箱回到2019年,以為一切都恢復了正常,但卻發現傘學院已經成為了麻雀學院,他們的「父親」領養了另一批變異的孩子們。