11月17日，民進黨「蔡賴配」正式成軍，作為副手的賴清德，其「臺獨」立場再次引島內質疑。
據臺媒報導，18日，賴清德在社交媒體再次宣稱自己是「務實臺獨工作者」，還叫囂自己的務實反映在三個方向。
19日上午，賴清德到高雄陪民進黨8名「立委」參選人聯合登記，賴清德更叫囂自己主張護持「臺獨」，臺灣的前途只有兩千三百萬人民可以決定，目前最重要的事情就是發展經濟，建設臺灣，造福人民、壯大臺灣。
對此，國民黨2020候選人韓國瑜公開表示，過去賴清德一向支持「臺獨」及「赦扁」議題，因此蔡英文和賴清德應該要「向人民說清楚」，要把臺灣帶往什麼方向，如果蔡英文認同賴清德的「臺獨」立場，請她大聲講出來。面對韓國瑜的逼問，賴清德不但再度重申初選時曾強調的「臺灣主權」論，還反嗆國民黨和韓國瑜所帶領的方向其實是「被統一」，公開回應韓國瑜「其實你不懂我們的心」。
此言一出，立刻被島內網友斥責，有網友痛批：「說謊無極限，無恥無下限。」
事實上，賴清德此前經常自稱「務實的臺獨工作者」。 2017年9月，賴清德首度以「閣揆」身份到臺「立法院」接受立委質詢，就強調："我是一個主張『臺灣獨立』的政治工作者，我也是一個務實『臺獨』主義者。"
去年4月，賴清德再提出務實「臺獨工作者」的「3務實、6方向」，聲稱要自信地展開兩岸交流、求同存異，並藉由交流增進彼此的理解、了解、諒解、和解，維持兩岸的和平發展。
對於賴清德「臺獨」言論，國臺辦發言人多次指出，大陸和臺灣同屬一個中國，臺灣是中國領土不可分割的一部分，從來不是也永遠不可能成為一個國家。我們堅決反對「臺獨」分裂活動，一切分裂國家的行徑和伎倆都註定是要失敗的，都會受到人民的譴責和歷史的懲罰。
海峽衛視特約時事評論員李孔智認為，通常民進黨領導人在爭取連任時就是他/她顯出原形之時，李登輝、陳水扁皆是在此時露出其「臺獨」本質，並變本加厲追求「獨」的路線政策。蔡英文目前也有此意，但面臨的選情較為險峻。賴清德此次成為蔡英文副手後，也表示自己不會是卑微的、不做事的副手，更提出護持「臺獨」的觀點，也表達了他貫徹「臺獨」路線，全力以赴的信念，可以預見，如果蔡英文連任，兩岸關係會更為緊張，情勢更為動蕩，經濟發展就會更為倒退。
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