數碼寶貝和神奇寶貝兩部動畫都是根據遊戲改編而成的動畫，由於兩部動畫的相似性很多時候都會擺在一起作為比較，而兩者的進化系統更是各有特色。
數碼寶貝的進化是分支型，而神奇寶貝的進化則是線性型，前者會有更多不確定的因素需用玩家精確的培養，而後者具有確定性僅需要玩家不斷對其進行提高。
數碼寶貝的進化體系可以說是非常特別，從最初數碼蛋進化為最終的究極體在成長期開始數碼寶貝有疫苗、資料、病毒三個屬性所以進化的線路不固定（這還真的有點像人的不固定性），進化的線路會根據進化時候的數據而選擇進化的屬性，這一個分支型進化從數碼寶貝最開始誕生的暴龍機就已經存在並且一直沿用至今。
同一隻數碼獸會因為體重，生病次數和對戰勝率等因素而進化為不同屬性對應的更高等級的數碼寶貝，當然動畫裡基本大部分都走疫苗路線的進化因為從設定來說疫苗部分的數碼寶貝看上去比較正氣，數碼寶貝到對應的時候一定會進化進化就意味著有更加強大的力量，而且進化後外觀和體型都有有著幾乎完全不同的特點。
不斷的進化並且到達頂點這就是數碼寶貝越來越強大的證明而進化會因為其中不同因素的控制而進化為三種屬性的其中之一更是因為不確定性而大大提高了可玩度。
相對於數碼寶貝的神奇寶貝，他們的進化體系非常的簡單，都是沿著一條線路進化有的甚至不能夠進化，但是無論進化與否都並不代表這隻神器寶貝的強弱，一隻神器寶貝的強弱最重要的是要看這隻神器寶貝的種族值還有對應的屬性。
由於種族值是固定所以每一隻神奇寶貝的數值都是固定，所以只要有喜歡的神奇寶貝不少人也有少部分人選擇不進化，當然進化的種族值會有所加強，但是帶來的數值上的增加也不是很客觀，神奇寶貝講求的是屬性相剋所以在進化反倒是排在第二。
過去的有小部分的神獸或者特殊神奇寶貝並沒有進化，最特別的是伊貝能夠根據進化石的不同進化不同的形態。而現在在出現mega進化後基本都能夠再進一步進化力量也有所加強甚至連屬性和外觀都會改變，也有出現亞種的存在這些看一看得出是借鑑了數碼寶貝。
可以說神奇寶貝著重的是招式的配比和屬性的相剋選擇，反倒進化並非是最主要的因素。
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