只狼講述了一個「關於」不死的故事，而這個「不死」的源頭來自一座源之宮裡的櫻龍。櫻龍由於負傷，從遙遠的西方來到了平安時代的日本，一個富含礦產卻飽受戰爭的豐饒之地「葦名」。
櫻龍擁有讓人長生不死的不朽之力「龍胤」，但是這種力量是有著嚴重的副作用的，擁有者會吸收周圍的人的生命力量使其患上一眾疾病「龍咳」。患上「龍咳」的人被吸收的生命之力會不斷傳回到櫻龍的身上，來治療它的傷口。
然而為了得到這種不死的神力，仍然有人鋌而走險，他們在櫻龍棲身的地方修建了宮殿源之宮，這座宮殿是葦名的水源地，有著一片巨大的湖泊，神奇的櫻龍之力傾瀉到了湖中。
但居住在這裡的人們，漸漸開始失去正常人該有的行為，男性變成匍匐前行的魷魚狀人形，見人就會吸取他們的生命來延續自己。女性則變的脖子修長，視力奇好，她們創造了近戰飄逸而遠戰極其精準的戰鬥技術，並且擁有了雷電的力量。甚至當地的狼都能口吐雷電。這些畸形的不死人被稱作「淤加美人」。
淤加美人展開對人類的進攻，渴求統治整個葦名。但人類依靠著毒刀「繡丸」成功擊退他們，並永久的封印了源之宮。
不死的力量實在是太過誘人了，在煙霧籠罩的葦名，因為戰爭的侵襲，葦名人希望永遠守護自己的國家，試圖尋找完美駕馭這種力量的辦法，從仙峰寺的和尚到葦名的主宰者。而這也是只狼故事的開始。
二十年前，葦名本地人中出現了一位英傑。
他叫做葦名一心，是位劍術強大的武士。他帶領著四位夥伴向內府發動了旨在爭奪葦名統治權的「盜國之戰」。在戰爭中，葦名一心成功討取敵方大將田村，率眾贏得了盜國之戰的勝利（片頭CG動畫展示）。在這個豪情萬丈，波瀾壯闊的時間段，源之宮的龍胤契約者巴來到了這篇戰場上，為了斬斷第一代龍胤擁有者丈身上的龍胤，巴來到葦名尋找不死斬。
戰爭結束後，巴成功斬斷了不死，讓丈從永久的痛苦中解脫出來，但自己也因此死去。然而故事仍沒有結束，丈的龍胤還是傳流了下去，來到只狼的主人平田九郎身上。究竟如何斬斷「龍胤」，成為了只狼的故事主線。
在這片有著潔白蘆葦蕩的土地上，曾經的武士斬破黑暗，卻流落成一個個孤魂，為了國家之名，研究不死、背負痛苦、背叛親人。忠誠的守護、故技重施的狡詐、生與死的羈絆就如同碎片化故事的只狼一般，在這個土地上一一展開。
只狼中的武器也有著相當濃重的文化涵義，比如櫻龍手中的「七支刀」，正是日本的國寶。
而《只狼》中最具特色的設計莫過於忍義手了，忍義手的設計既呼應了遊戲的名稱《只狼》，又豐富了遊戲中忍者的武器系統。《只狼》中的忍具共有10種，分別是手裏劍、機關斧、機關長槍、鏽丸、機關傘、爆竹、吹火筒、霧鴉、口哨以及神隱。這些都極大的豐富了在只狼中的忍者文化。
最後就是主角狼的楔丸，在交給狼的時候，卿子對狼說「即使必須殺戮，也不可捨棄僅存的慈悲之心」。在遊戲中這把刀飽經風霜，一次次的斬落敵人，一次次的附魔火煉，仍然堅韌如初。這也代表了狼的秉性，但其素樸的外表仍隱含了殺戮之下的一顆溫柔心。
1、修羅---龍胤之力在當世延續下去。
只狼墮落為修羅，利用九郎給予的生死契約，擁有不死之力，反覆殺戮不得終了。
2、斷絕不死---九郎自盡，讓龍胤之力消失。--這是當年丈的選擇。
3、回復常人---狼自盡，讓九郎變回普通人。--這是當年巴的選擇。
上面這兩種選擇雖然九郎和只狼解除了不死的詛咒，對兩人來說解脫。但龍胤之力仍在、源之宮仍在。龍胤之力只是在兩人身上消失，但還回再次出現。內府或其他有野心的勢力仍然會利用變若水繼續追尋不死---龍胤之力在當世消失，但龍胤的輪迴仍在。
4、龍之歸鄉——剝離龍胤之力，封印到變若之子體內，再與她一起前往西方，歸還龍胤，徹底解決葦名國的不死詛咒。--這是當年仙峰上人的選擇。
米娘將九郎之魂裝入懷中，去往西方龍之故鄉，希望歸還龍胤之力。這個結局是最玄幻同時也是最值得思索的。
第四種結局是只狼的官方的完美結局，同時也是開啟下一部最合理的結局。但究竟是墮身修羅，還是了斷自我、斬斷羈絆這一切的選擇都在玩家的手上。