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在《火影忍者》中，雖然之後因為戰力爆發造成影級神級忍者滿天飛的情況，但最初的頂級忍者出現的並不多，木葉中只有三忍算是屈指可數的最強者，除了綱手是以醫療為主的忍者，其他兩個男忍者大蛇丸和自來也應該是純戰鬥型的人物，那麼作為同樣是三代弟子的兩人，誰的實力才是最強？
【1】
天賦方面大蛇丸毫無疑問是最強之人最初猿飛日斬帶領三個弟子的時候，大蛇丸明顯是天賦最強的那種人，沒有血繼限界的他卻顯露出不遜於任何先天具有忍術遺傳因素的人的強大，大蛇丸根本就不需要依靠血繼限界，他自己就能開發忍術。在他小時候，他就能快速掌握老師猿飛日斬剛剛研究出來的A級別忍術手裏劍影分身，這個時候的自來也學一個C級忍術都還摸不到門路。
大蛇丸之後一直致力於忍術的發明和改造，沒有對忍術超人一等的理解是完全不可能達到這個作用的。與大蛇丸相比，另一個學生自來也明顯是天賦資質平庸太多，後期隨著磨練，逐漸掌握了忍術的竅門，但初始階段的差異還是說明兩人不是一個水平線上的天賦。而且自來也是整個忍界中唯一擁有非遺傳因素的家族繼承優勢，自來也家族所有世代都和妙木山籤訂了契約，這種優勢甚至比千手一族還要大。學會包括通靈獸與仙人模式都比其他人擁有了先天的優勢，但總體說來大蛇丸完全是靠個人的天賦，自來也算是沾了祖上的光，陰差陽錯開了竅。
大蛇丸是一個偏執型的人格，自來也是一個散漫型的人格。大蛇丸有兩個執著的目標，一個就是要讓自己的忍術變得最強，另一個就是追求生命的真正意義，在大蛇丸心中，生命的最終意義就是長生不死。他把兩個目標最終結合起來，於是將二代發明的穢土轉生之術變成了自己最強的戰鬥忍術，同時也能讓活著的自己不停的轉生，既解決了自己的生命問題，同時也讓自己在戰鬥中近乎擁有了不死之身。
與一直在不停專研忍術和禁術的大蛇丸相比，自來也雖然也在不斷提升實力，但他的副業明顯顯得過於臃腫，不但經常寫小說，還經常體驗風月場所，同時愛喝酒的他經常喝的大醉，這些都間接影響了他的實力提升速度。不過火影裡娛樂強度並不完全和訓練效果成反比，後期忍者實力的提檔更多跟機緣有關，而非日復一日的刻苦訓練。但大蛇丸展示出來的忍術明顯花式更繁多，也更難以防範，這和他的偏執的性格有著密切關係。
【2】
大蛇丸的強受限制太多，實戰中未必有自來也強對比兩人的實力，初期的一場直接對決很有話語權，但那次的戰鬥大蛇丸屬於被猿飛日斬廢掉雙手後的戰鬥，雖然有藥師兜幫助結印，那也不如自己親自用手來的快捷。另一面雖然自來也有綱手的助力，不過自來也因為被綱手迷暈，也沒法發揮全部實力，綱手又一直怕血，所以自來也的實力也沒法估計。雙方總體打成的是平手，而且當時屬於火影初期的創作，打鬥還以通靈獸為主，如果從火影全篇來看，也不具有太大參考價值。
從兩個人的擅長忍術來看，大蛇丸的忍術種類多，自己又能研發忍術，同時具有不會老化也很難死亡的特點，並擁有驚人的戰鬥中再生能力。與他相比，自來也屬於典型的硬剛型，忍術特點都偏於直接戰鬥型，最大的優勢就是自來也具有仙人模式，可以瞬間在戰鬥中提升實力，這一點大蛇丸就無法達到。
兩人的勝負關鍵很可能就在於大蛇丸的絕招到底發揮的情況，大蛇丸的絕招應該算是他的穢土轉生，但因為需要做許多準備工作，如果是突然性的戰鬥，肯定是打不過自來也的仙人模式。不過如果是設計好的襲擊，比如最開始利用中忍考試偷襲木葉，連三代火影都能死在自己徒弟手裡。也就是說穢土轉生的傀儡如果是影級的人物，數量還比較多的情況下，自來也也沒法扛住。特別是後期以白絕的身體作為轉生的媒介就讓這個禁術變得更強大。
忍術對決實力是基礎，但是也有相剋的一說，大蛇丸垂涎於鼬的寫輪眼，於是妄圖偷襲鼬，結果被輕鬆打敗還失去了胳膊。而鼬曾說過，自己打不過自來也，看似通過對比自來也強過大蛇丸。不過大蛇丸最差的就是幻術抵抗力，他輸給寫輪眼的鼬毫不意外，但自來也本身幻術比較差，抵抗幻術的能力卻超級強，所以他並不怕鼬，同時也不可能用幻術制服大蛇丸。按照三忍互克的理論，大蛇丸應該克制自來也，所以頂級高手的比拼除了實力，克制關係也很重要。
結語：其實岸本也沒有想好這兩人到底誰強誰弱，至少如果兩人都是巔峰對決，想分出勝負肯定要很久，按照新三忍是近乎於老三忍傳承下來的情況，鳴佐兩人最終打成平手，自來也和大蛇丸的戰鬥很可能也是這個結果。兩個人對彼此的戰鬥習性太過於了解，想靠算計對方很難奏效，最終就只能鬥個天昏地暗。