據悉，2012年3月，吳宗憲涉掏空案，綜藝天王吳宗憲捲入上櫃公司聯明行動科技掏空案，遭到臺北市地檢署起訴。面對媒體的犀利發問，一向說話滴水不漏的吳宗憲曾含淚發誓強調清白，放出狠話稱：「若有犯罪，一定退出藝能界(演藝圈)!」16日，吳宗憲涉掏空案宣判，因吳宗憲未上訴，維持一審判決。吳宗憲獲刑22個月、緩刑3年，全案定讞。
吳宗憲捲入的是聯明行動科技公司的掏空案，據臺灣檢方稱該科技公司負責人許豐揚與前妻以挪用、借貸等方法掏空公司財產逾億元臺幣，在檢查中發現其中有6000萬臺幣款項匯入了吳宗憲的阿爾發公司帳戶，名義是購買LED產品，但後來解約，吳宗憲一方折還4000萬臺幣，該筆款項被檢方質疑，13號，臺灣檢方傳吳宗憲進行審訊。吳宗憲接受審訊時一度面帶微笑，稱是單純的交易，並強調自己是「證人」而不是檢方所說「被告」。
吳宗憲表示，因為每天都很忙，要當保姆又要顧工廠，還得抽空錄像，經常回到家衣服還沒換就倒頭大睡，一覺醒來還會忘記自己昨天有沒有洗澡。他有使命做好LED事業，但自己只是一個工具人，沒必要為了任何一件事情去犯罪。此外，吳宗憲還鄭重澄清，他絕對沒有任何犯罪行為，如果之後檢方還他清白，會帶媒體參觀工廠。