《倚天屠龍記》是金庸十五部武俠小說中出鏡率最高的一部，電影電視改編無數，個個改得面目全非。對於這部書，人人有個疑問在心，如鯁在喉。《倚天屠龍記》號稱「射鵰三部曲」終結篇，卻和前兩部關係甚微。除了出現郭襄和張三丰，郭靖黃蓉鑄了屠龍刀，捎帶提了《九陰真經》和黃衫女（楊過後人），以及武三通朱子柳幾個不成器的後人，再無瓜葛，將其列入射鵰三部曲實屬勉強。
現在劇情是這樣的：第三次華山論劍之後，各路英豪分道揚鑣。過了十年，襄陽城陷，郭靖黃蓉以身殉國，親手打造的倚天劍和屠龍刀流入江湖，揭起血雨腥風無數。張君寶和郭襄分別開宗立派，武當後人張無忌得了九陽神功，當了明教教主，帶領群雄大殺四方，期間跟蒙元郡主趙敏和峨眉弟子周芷若恩怨糾纏，最終攜二女退隱山林，過上了幸福平淡的甜蜜生活。簡言之，這是一部大男主小說，四位美人皆為配角。
但是最初的劇情設定與此大相逕庭。
第三次華山論劍之後，群雄分道揚鑣，楊過小龍女隱居活死人墓，郭靖黃蓉一家死守襄陽，張君寶在武當山苦練武功，郭襄滿世界瘋玩。襄陽城陷，郭靖一家只有郭芙帶著兒子耶律淵如在一眾丐幫弟子拼死保護下逃了出來，餘人皆以身殉國。眾弟子推耶律淵如為繼任幫主，重振丐幫聲威，卻跟明教結下了梁子。
明教自方臘起事被鎮壓後，一直轉戰江南，相繼搞過好幾次起義，都被鎮壓。蒙元打下江南，對明教江西總壇進行了徹底剿殺，明教弟子傷亡慘重，被迫往西域崑崙山遷徙。此時的丐幫汙衣派佔了上風，他們垂涎於明教弟子的財物，趁亂打劫，雙方火併不斷，最終丐幫幫主耶律淵如和明教第三十一代教主石元進行了一場惡戰，耶律淵如受過郭靖黃蓉的親自調教，會降龍十八掌和打狗棒，而石元的乾坤大挪移只練到第二層，根本不是耶律淵如的對手，被打的口吐鮮血，連鎮教之寶聖火令都被搶走了。
又過五十年，幾位主角閃亮登場。
張無忌是武當派張翠山兒子，第三代弟子中的佼佼者，張三丰非常喜歡他，還把武當九陽功教給了他，儼然便是武當第三代掌門的不二人選。最初張無忌的性格並非後來的優柔寡斷和毫無主見，相反霸氣側漏，城府極深，領袖氣質頗為濃鬱。
丐幫新任幫主楊破天（後來的版本改名陽頂天），是楊過孫子。耶律淵如死後，丐幫內部發生了嚴重分裂，汙衣幫和淨衣幫互相不服，選不出令兩派都滿意的幫主，多次發生爭吵和毆鬥，加上蒙元派奸細混入其中挑撥，眼看就要分崩離析，值此危急時刻，幾位長老決定請鍾馗鎮鬼，一起帶著打狗棒來到活死人墓，請求神鵰俠侶後人幫忙。楊過曾經得到過丐幫前任幫主洪七公教誨，雖然並未入幫，也算丐幫半個弟子（跟郭靖情況相同），而且耶律淵如當幫主時，也遇到過幾次困難，郭芙親自登門，請求楊過夫婦出手幫助過。兩方情誼一直未斷。楊過臨終留下遺訓，如果丐幫有難，古墓派不可袖手旁觀。
幾位丐幫長老請求楊過後人楊破天接任丐幫幫主，一開始楊破天堅決推辭，丐幫長老說，你要不答允，我們就不走。有的長老情緒激動，一頭撞在墓碑上，想要死諫，幸虧被古墓派救活。最終楊破天作出妥協，暫任幫主之位，幹不好就撤，有了合適人選就撤，來去自由。丐幫眾人歡呼雷動。
峨眉派新任掌門周芷若。郭襄四十歲開宗立派，臨終把掌門之位傳給風陵師太，風陵一名便是為了紀念她跟楊過風陵渡口初相遇。風陵師太有一次下山，遇到了周芷若。周芷若乃江南五大家族（朱張陸顧周）中三國周瑜後人，世代住在蘇州，琴棋書畫皆通。芷若是一種香草名字。《列子·周穆王》：「粉白黛黑，佩玉環，雜芷若以滿之。」《史記·司馬相如列傳·子虛賦》：「其東則有蕙圃衡蘭，芷若射幹，穹窮昌蒲，離麋蕪，諸蔗猼且。」 宋賀鑄 《南鄉子》詞：「無限鮮飆吹芷若，汀洲。生羨鴛鴦的自由。」也只有周家這種世家，才能起這麼脫俗的名字。
周家有女初長成，引來浪子無數。蘇州有個無賴，靠販賣私鹽暴富，垂涎周芷若美色，就向周家提親。周家乃名門望族，怎麼會與這種暴發戶結親，斷然拒絕。這傢伙惱羞成怒，就買通官府，誣告周家藏有違禁之物，元末亂世，官府無道，派人把周家抄了，把周芷若父母打入大牢，不久死在獄中。無賴再次登門，想要強迫周芷若服從，恰在此時，風陵師太路過，將周芷若帶上峨眉山，收為徒弟。周芷若身負血海深仇，苦練武功，學成下山手刃仇人，發誓終身不嫁。風陵師太臨終，便將掌門之位傳給了她。
明教教主便是趙敏。趙敏為宋徽宗後人，靖康之變，徽欽北狩，皇室離亂，徽宗一子倉皇南下，跑到浙東避難。趙構建立南宋朝廷，曾向天下發布詔書，尋找流落各地的皇室後人，給予優待。但是此子親歷靖康之變，死裡逃生，只想過太平安生日子，早對富貴榮華沒了念想，隱身埋名，混跡於市井之中。元朝末年明教起事，就想找個趙宋皇室後人，推為教主（正史中小明王韓林兒父親韓山童便自稱宋徽宗八世孫）。功夫不負苦心人，他們找到了一位後人，卻是女兒身。明教眾人一商量，女兒也行，波斯總教的教主便是女兒身，稱為聖女，我們也立女教主，遂擁十六歲的趙敏為教主。趙敏改名趙明，趙即趙宋之趙，明即明教之明。
張無忌和周芷若由於郭襄和張三丰的交情，來往密切，互生情愫。楊破天與趙明由於丐幫和明教曾經結過梁子，開始互相爭鬥，但是不打不相識，也是王八看綠豆，對上了眼。等到四人聚在一起，卻發現別有一處風景，張無忌愛上了趙明，楊破天愛上了周芷若，四人聯合起來打怪獸。
怪獸便是汝陽王府，大反派便是王保保。王保保陰險狡詐，手下爪牙無數，雙方你來我往，好不熱鬧。王保保看上了趙明，想納趙明為妃，試圖用聯姻的方式瓦解明教的抗元決心，趙明當然一萬個不答應。此時，又一個反派朱元璋出現了。
朱元璋為了保存實力，決定假意投降元庭（正史確有其事），派人跟王保保接洽，王保保說，接受招安沒問題，但是有個條件，就是把你們教主嫁給我。朱元璋一聽，正中下懷，因為他也想當明教教主，如果趙明不幹了，教主之位就是他的。於是聯合了一些教中使者法王之類向趙明施壓，要她顧全大局，為了天下蒼生忍辱負重。趙明抵死不從，以自己是聖女不能嫁人為由極力拒絕。朱元璋一計不成又生一計，派人上武當山找到張三丰，要張三丰以天下蒼生為念，給張無忌施加壓力，讓張無忌不要糾纏趙明。此時武當派內部也有人反對張無忌和趙明走在一起，因為正邪不兩立。
張無忌遂向張三丰請教，張三丰想起郭襄的明目皓齒，跟他說，人生忽忽幾十載，富貴榮華如過眼雲煙，無須掛懷，人生得一紅顏知己足矣。張無忌頓悟，放棄了武當派掌門之位，找到趙明，趙明也放棄了教主之位，二人雙雙歸隱。與此同時，楊破天和周芷若也看到天下大勢終歸朱元璋，雙雙放棄丐幫幫主和峨眉掌門之位，跟著張趙二人一起歸隱。四人到了一處世外桃源，過上了神仙眷侶的生活。
全書完。