macOS下的LEfse安裝以及Rstudio終端的排坑

誰能想到一個LEfse能折磨了我半天，所幸最後順利解決了

macOS的系統是10.15的 也就是開始不當人的那個版本（M1晶片也爆雷了，Big Sur也是反覆翻車，果子牛逼，還是老的mac香）

此處再次鞭屍10.15系統不支持32位程序，被逼無奈只能全程使用vsearch處理擴增子數據（當然qiime也是可以用的）

故事的開始是今天嘗試跟著劉永鑫老師的教程搭建一個mac上的vsearch流程

前面還是一片大好獲得了otu表、代表性序列、物種注釋表

但是到了lefse的部分就出bug了

為什麼不用在線的lefse呢？？？

已經不是試下的程度了，是只要有可能就要實現

掙扎了許久

下面主要mark正確的安裝和打開方式

LEfse安裝

打開mac的終端

千萬不要用Rstudio的終端執行以下命令

bash 

conda create -n bash_lefse python=2.7

source activate bash_lefse

conda install -c biobakery lefse
用bash是因為bash默認的python版本是python2，zsh是python3，而lefse依賴的是py2
由於macOS 10.15把終端默認的shell從bash改成了zsh，因此我們需要改回去
保證安裝lefse的時候環境是python2
雖然我有看到lefse的GitHub上有更新了py3的腳本，但是嘗試了一下，沒用成（不會python哎）
老老實實py2安裝
運行腳本
我在Rstudio的終端中嘗試運行
但是報錯了
我擦嘞，什麼問題呢？？
嘗試在mac的終端運行看看 （其中關於找不到ggplot2又是另一個設置的問題，其實也不算問題，也不影響lefse的使用）
是能夠成功運行
經過嘗試之後發現是Rstudio的問題
在Rstudio的終端中進入bash_lefse環境，查看python版本
wdnm？？Python 3.8.3 ？？？明明裝的2.7呀
在mac自帶的終端中查看python 版本
2.7！不錯！
所以問題確實是出在了Rstudio這裡，調用不了py2
具體原因是啥我還不清楚
但是這個問題給我們提了一個醒，執行命令的時候Rstudio的終端並不是跟mac自帶的終端完全一致的，此處關鍵的因子還是python的版本
參考
biobakery lefse [1]
References
[1] biobakery lefse : https://github.com/biobakery/lefse