甲午戰爭中國戰敗，日本向中國勒索巨額賠款，更要求中國割讓臺灣。馬關議和，李鴻章請求以更多的賠款代替割臺，但是日本志在以臺灣為南進東南亞的基地，堅決不肯，並以再開戰爭為要挾。當時中國的北洋海軍已全軍覆沒，哪有能力再戰?於是臺灣淪為日本殖民地。
日本佔領臺灣，五十年來對臺灣的發展留下深刻的歷史刻痕，於臺灣本身、中日關係及東亞整個情勢都有重大影響。
日本以重兵登陸，接收臺灣的人民、土地。臺灣官民不願淪為日本殖民地，成立臺灣民主國，向清廷宣告獨立，不侵不叛，成為中國東藩。
然而在日本重兵攻擊之下，共和國只是曇花一現。日本侵略者，死傷不下三萬餘人，其中死於疾病者不少。
臺灣損失更大，官方報告中國軍隊死亡一萬餘人，實際傷亡遠大於這一數字。單以嘉義以南，日軍攻擊掃蕩村莊，不加選擇，臺灣百姓死者不計其數。有的村莊，尤其客家聚落，往往不分老幼，全數被害!有人「走反」逃入內山，死於饑寒疾病者，更不勝計。最不忍言者:臺灣長久存在族群之間的爭鬥，在日軍鎮壓之時，竟有人乘勢侵奪他族聚落的土地田園，也殺戮婦幼，不留活口!
日本以優勢兵力，確定了在臺灣的統治權。臺灣人民的反抗並未停息，延續逾年。在日本已經完全掌握臺灣之後，仍有反抗的行動此起彼伏，例如西來庵事件則是規模較大之事件。
到了20世紀初，臺灣人民雖不再有武裝行動，但希望能以議會選舉取得參政的權利。林獻堂等人的臺灣文化協會、蔣渭水等人的臺灣民眾黨，都是領導爭取民權運動的；然而，不論是溫和地向日本當局請願，或是積極地組織民眾，都未有效果。
林獻堂
自從16世紀起臺灣已是華南閩粵移民的開拓之地，當地原來居住的族群經過數百年涵化，已經融入人數較多的漢人族群。臺灣民風方言，宛如閩南與客家的原鄉。然而，這一移民社會帶去的大陸文化，民俗成分深厚豐富，而社會結構則有開拓社會的樸質粗獷的特色;大陸文化的上層部分，還未在臺紮根。
日本殖民臺灣，曾經允許臺胞離臺遷回大陸。當時離去的都是地方縉紳，可謂社會的領導階層。再加上日本改變臺灣的土地制度，許多墾戶失去了土地，原有的土地使用者(其實也是出租土地由佃戶耕種的二級地權所有者，小租戶)一變而為社會的上層，他們及其子孫接受了日本教育，多數是醫生或律師，成為新的社會精英，臺灣的社會結構及文化趨向遂為之丕變。
日本殖民臺灣，遵照後藤新平的主張，採取逐步同化政策，一步一步地改造臺灣。
他計劃之中，臺灣人接受日本教育，但教育素質不能與日本人的教育相同，重視臺灣的中學設施。在1945年日本退出臺灣時，日本子弟專用的中學，師資與設施都遠遠優於臺灣百姓受教的中學。1922年曾實施日臺共學，但徒具形式而已。五十年來，臺灣百姓不能選舉自己的議會，更遑論選出帝國政府的議會代議士了。
按照後藤新平設計的日程，完全同化臺灣人當在八十年之後。為此，日本有獎勵臺灣人的「皇民化」政策：
全家講日語的「國語」家庭，而又願意供奉日本神社的「麻」者，則「晉升」為「皇民」，地位超過一般臺灣人。
然而，到1942年太平洋戰爭時，廁身「皇民」的臺灣人不過百分之四。太平洋戰爭中，臺灣人參軍，也有人因此「晉升」為「皇民」，至戰爭結束「皇民」比率已到百分之七。按照這一進展速度，大約需要八十年，方可將臺灣人完全同化。
「皇民」可以擔任公職，但是職級不高。日本殖民據臺五十年，臺灣人至多擔任街庄級的職務，在警察系統也不過是「佐」、「補」類輔助之職;臺灣人能在州郡級任正職者，五十年內，數人而已。甚至在工商業界，除了所謂「四大家族」(辜、林、陳、顏)擁有巨產，經營多方之外，大型企業(例如幾家製糖株式會社)均由日本人經營。
臺灣人的事業，不外地方性的運輸、製造與服務行業。於是，已如前述，臺灣的精英層是各地的醫生、律師與中學教員。他們均以知識專業為生，接受了日本教育，喜愛日本轉輸的西方音樂與藝術。這批新興的精英，即使有人是過去地方縉紳的後代，其文化內涵與生活價值均與其父祖等不同。凡此社會的改變，對於臺灣的發展都有深遠的影響。
許多臺灣青年為日本「大東亞聖戰」而戰死
日本統治臺灣，是在帝國擴張戰略中作為南進的基地，也以其農業生產力支持日本本土(內地)的工業化。為此，日本治臺政策是建立秩序，安撫人心，俾能有一個穩定的臺灣，支持其「大東亞共榮圈」的擴張。
從20世紀初，日本逐步推行建設計劃，其中最有成效者，則為衛生、治安、農業生產幾個方面。臺灣地處亞熱帶，氣候溼熱，常有傳染病發生。日本殖民當局用不可抗拒的公權力，設置衛生警察，督責百姓注意公共衛生。於是為時不過十年，臺灣已能排除霍亂、瘧疾等大眾傳染病，也在相當程度上控制了麻風病與肺結核。
治安方面，殖民當局也以警察制度嚴密控制小區。警察權力嚴刑峻法，不容挑戰。日本法官來自日本本土，與臺灣人並無個人關係的瓜葛，是以公正無私。法律嚴峻而能無私，不是清朝統治可以同日而語。
為了發揮農業生產的潛力，日本殖民當局致力於改良農作物品種，推廣施肥、防蟲，也有系統地建設水利設施。更在臺灣設立大規模製糖工業及水果加工業，使農業與工業經過一貫作業，獲得最高利潤。
凡此政策，不啻進行了全方位的農業革命。臺灣竟可說是亞洲第一個進行「綠色革命」的地區。日本殖民當局也在臺灣推行普遍的國民教育，一般兒童都須接受六年義務教育。這一普及教育，全面提升了臺灣百姓的知識水平。當然，前面敘述的幾項設施，也必須有受過基本教育的人口，方能真正生效。
日本的殖民政策經過上述幾項設施，使臺灣百姓的生活水平及社會秩序，都有所提高。清末期雖有劉銘傳著手進行若干建設，但臺灣還是在開拓社會的階段，公權力不能有效地保護人民。
日治時代，於十餘年內臺灣經歷了巨大變化。雖然臺灣人至多只是日本的二等國民，一般百姓也已安於新生活，至於「晉升」為「皇民」的少數人，則完全認同於日本，感激殖民者「賜予」的「現代化」。
這一歷史現實，大陸的中國人並不知悉；在1945年臺灣回歸中國，以及1949年國民黨遷臺時，大多數來自內地的人，也無法理解不少臺灣人甘於日本統治的心態，以致兩個族群間長期的誤解至今不能融合無間。