和現實中的生物一樣，神奇寶貝也是從遠古時代就已經存在了，經歷了地球無數次變遷的神奇寶貝們，有很多物種已經消失滅絕，只留下了殘缺的化石。然而到了現代，藉助高度發達的科技可以將發現的遠古神奇寶貝的化石復活，讓他們重獲新生。下面我們就來看看這些神奇寶貝的故事吧~
關都地區
菊石獸→多刺菊石獸（貝殼化石）
菊石獸是很久以前生活在海裡的古代寶可夢。殼裡儲存著空氣，可以在水中沉浮。受到敵人襲擊時會躲進堅硬的殼裡。好像曾是始祖大鳥的食物，因為發現過帶有齒痕的化石。在遊戲中，他和鐮刀盔是玩家們第一次可以拿到的化石寶可夢，在月見山洞窟一個理科男發現了這兩塊化石，但見者有份，豬腳強行拿走一個（二選一）0.0
化石盔→鐮刀盔（甲殼化石）
化石盔據說是３億年就在地球繁衍興旺的寶可夢，用堅硬的殼保護自己，在海底隱藏的時候用背上的眼睛看著周圍。進化為鐮刀盔後，會長出兩個大鐮刀，用它來撕碎獵物，吮吸體液。據說是獵物轉到陸地上生活，它們也開始遷徙到陸地上。
化石翼龍（秘密琥珀）
化石翼龍生活在恐龍時代，古代廣袤天空的王者。因巨大隕石的墜落而滅絕的學說在人們心中根深蒂固。在動畫中，小智一行人曾經遇到過一隻化石翼龍，它挑釁火恐龍導致火恐龍直接氣到進化。沒錯，日後風光無限的噴火龍能進化，還得感謝它的幫忙~
化石翼龍是一隻比較特殊的化石寶可夢，它是第一世代的第三隻化石寶可夢，也只有第一世代才有3隻，而且它是從琥珀中復活的，其他都是化石。它還是目前唯一一隻能夠超級進化的化石寶可夢，進化後它失去的遺傳基因會重新復甦，覆蓋全身的尖銳巖石也重新出現，也有學者說這才是真正的化石翼龍！
豐緣地區
觸手百合→搖籃百合（根狀化石）
觸手百合曾生活在古代溫暖的海裡，吸附在海底巖石上偽裝成海草，埋伏著等待獵物，等對方靠近的時候一口吞下，據說在１億年前就已經滅絕了。
太古羽蟲→太古盔甲（爪子化石）
太古羽蟲棲息在古代溫暖的海裡，會用２只發達的爪子緊緊抓住獵物，進化後是太古盔甲，據說它們是現代一部分蟲系寶可夢的祖先。在神奧聯盟鈴蘭大會第一輪比賽中，尚志就曾用太古盔甲同時擊敗小智的姆克鷹和火巖鼠，最終和火巖鼠雙雙失去戰鬥能力。
神奧地區
頭蓋龍→戰槌龍（頭蓋化石）
頭蓋龍生活在大約一億年前的古代密林中，有著鐵一樣堅硬的頭蓋骨，用現在的話說，就是鐵頭娃。小智在神奧聯盟挑戰的第一個道館，館主瓢太做的就是挖礦的工作，它就有一隻化石復活而來的頭蓋龍。在小智挑戰之前，勁敵真司曾經用電擊怪打敗了頭蓋龍。
後來小智挑戰時邀請真司觀戰，然而卻被館主擊敗，在真司面前被公開處刑……
在準備第二次挑戰期間，火箭隊又送給頭蓋龍一次助攻，讓頭蓋龍直接進化為戰槌龍，小智挑戰難度再次加大。
還好小智在小光的華麗大賽特訓中獲得靈感，學會了非常騷氣的旋轉躲避技巧。在第二次挑戰時利用草苗龜的飛葉快刀和戰槌龍的噴射火焰產生的燒焦葉片隱藏動作，再用旋轉躲避技巧滑行到戰槌龍身下，最後一記全力的飛葉快刀決勝，獲得神奧地區的第一枚徽章！
頓甲龍→護城龍（盾甲化石）
和頭蓋龍一樣，盾面龍家族也生活在大約1億年前。臉部骨骼相當結實，有著超高的防禦力。動畫中水脈市的鋼系道館館主就是使用的護城龍，而且他還是上面用戰槌龍的館主瓢太的老爸。之前瓢太的鋼鐵道館就是他老爸傳給他的，或許這就是為什麼一個巖石系道館卻是在鋼鐵市的原因。
在小智挑戰水脈道館的時候，瓢太來當了裁判。對戰時小智用小火焰猴一串二後被護城龍打倒，最後活用天蠍王的靈活性打敗護城龍。
合眾地區
原蓋海龜→肋骨海龜（背蓋化石）
原蓋海龜曾經生活在大約１億年前的溫暖大海裡，但也會到陸地上來尋找獵物。根據對其骨骼的調查結果，它似乎能潛到大約1000米的深海之中。據說是大部分龜寶可夢的祖先。從1000米深的深海到陸地，這樣廣闊的範圍曾經都是它的狩獵場。原蓋海龜還是唯一一隻從化石復活但第一屬性不是巖石系的寶可夢。
始祖小鳥→始祖大鳥（羽毛化石）
始祖小鳥本身還不會飛，在樹上跳著移動，從高高的樹上滑翔捕捉獵物。被認為是所有鳥寶可夢的祖先，但最近的研究裡也有說法認為這個是錯誤的。進化後的始祖大鳥種族值高達567，但它的特性「軟弱」卻大大限制了它的能力。（ＨＰ不足一半時，攻擊與特攻降為原來一半。）
卡洛斯地區
寶寶暴龍→怪顎龍（顎之化石）
卡洛斯地區的兩個化石寶可夢都是「龍」，在遊戲中，巖石系道館館主查克洛會都使用這兩隻化石寶可夢，寶寶暴龍和冰雪龍。但是在動畫中，查克洛的王牌寶可夢只有寶寶暴龍一隻。而且還是2V3，小智在數量優勢下贏下了這場道館賽，獲得巖石徽章。
冰雪龍→冰雪巨龍（鰭之化石）
冰雪龍曾棲息在古代寒冷的土地上，據說冰雪龍鳴叫的時候，夜空中會出現極光。雖然化石復原成功了，但由於現在的環境過熱，被認為無法長期生存。冰雪龍的造型非常呆萌。個人認為是最可愛的化石寶可夢了。
好了，本篇關於神奇寶貝中的化石寶可夢介紹就到此結束了，希望大家喜歡，咱們下期再見~