西方有些學者認為，這座水下金字塔可能原本建造在陸地上，後來發生強烈的地震隨著陸地沉入海底，這樣就使「金字塔」落在海底了。
有些學者猜測，這座水下金字塔可能長期生活在海底的亞特蘭蒂斯人建造的。幾百萬年前，百慕達三角海域可能曾經是亞特蘭蒂斯人活動的基地之一，水下金字塔可能是他們的一個供應庫。
美國探險家拍攝到一張滿是旋渦狀白光影像的照片，有些人懷疑水下金字塔可能是亞特蘭蒂斯人專門保護具有：「宇宙能」奇特性質和力量的能量場，它能夠吸引和聚集宇宙射線、磁性振蕩或其他未知的能量波，其內部結構可能是一個微波諧振腔體，對放射性物質及其他某些能源有聚積作用。
水下金字塔真的具有這樣神奇的作用嗎？它真是遠古時亞特蘭蒂斯人建造的嗎？ 我們不得而知。
根據人類的不斷探索和猜測認為，在世界的某些神秘海底隱藏著神秘的水下金字塔，可能孕藏著大量的人類歷史信息。許多水下建築之所以堙沒於海底深處，是由於數千年前地震、海嘯或者其他自然災難形成的。 『 這些神秘的水中建築仍保留著許多秘密，它們的發現讓科學家產生了濃厚的興趣，對人類歷史文明形成了許多置疑和思考。面對於水下金字塔的發現和推測，引出的一連串遠古歷史之城湮沒之謎，以及其隱藏於海底的秘密和歷史發展的探索之路，對人類來說將是艱辛和漫長的。
其實，早在1963年，美國海軍就在發現水下金字塔的地方，發現了一個不明物體以非常高的速度在潛行。美國海軍立即派出一艘驅逐艦和一艘潛水艇前去追尋。他們追蹤了4天，卻一無所獲。這個不明物體，不僅行速快，而且又有奇異的潛水功能，可以下潛至8000米以下的深海，甚至連聲吶都無法搜尋。他們只看到它有個螺旋槳尾巴，但無法窺清其真實面目。
消息披露後，有人認為那個不明物體可能是蘇聯的潛艇。然而，美國方面稱，以現代的加工製造技術，不要說是蘇聯，就連美國都無法製造這種既可高速行駛，又可下潛深海的物體。
但這個不明物體究竟是什麼？美國海軍也無法做出合理的解釋。
有人認為，這個不明物體與水下金字塔有關，甚至有人說，這個水下不明物體正是從水下金字塔中出來的。它們之間究竟有沒有關係，沒有人知道，這也是水下金字塔中的謎中之謎了。