《黑洞》的故事其實並不複雜，陶澤如飾演的刑警隊長劉振漢一路追查自己的結義兄弟、陳道明飾演的聶明宇的違反犯罪行為，在此過程中牽扯出整個城市官商勾結的黑幕。雖然整個過程中遭受了不少波折和困難，但邪不壓正的邏輯在任何時代都是主旋律，故事走向永遠是掃黑除惡，還民眾一片青天。
《黑洞》的故事建立在一個正邪對立和情感糾纏的傳統表面之上，但其實故事的重點與此毫無關係，一方面在「掃黑」這個主題下理應有的各種橋段——追捕、審訊、各種力量的暗中糾纏——都被一筆帶過，查案和緝捕過程並沒有主動營造緊張感和急迫感。
另一方面，作為故事情感線，劉振漢和聶明宇的兄弟相殘也並沒有儘量著墨描寫，為人剛正不阿的劉振漢甚至在案件推進過程中一直對待自己兄弟兼救命恩人保持相當的理性態度，幾乎沒有在關鍵時候表現出過猶豫和動搖。
歸根結底，《黑洞》的題名所指的，並非是藏汙納垢的那個「黑洞」，而是劇中除了兩位主角之外，整個社會中不同階層不同背景的普通人被各自欲望所驅使而放棄底線的「黑洞」。
這些人中有以副市長聶大海、海關緝私科長賀清明為代表的知識分子官僚，他們或者是一生清廉最終卻倒在舐犢情深的私心裡，或者是初入官場書生意氣反而被輕易要挾和利用，也有像小芮、張峰這樣在這個集團裡充當打手、智囊的「黑惡勢力」本身成員，他們在犯罪行為之外，也是一個正常的、甚至有情有義的「好人」，還有像肖雲柱這樣社會底層的流氓和地痞，他們因為「過時」而只能被利用，被當作棋子和工具。
《黑洞》看上去是在「掃黑」，然而實際上是在「反腐」，表面上是在反「官商勾結」的腐，實際上是在反「欲望驅使」的腐。這種欲望——在劇中表現為多種形式——不僅僅是對於金錢和權力的欲望。
例如像肖雲柱這樣的人，他甘願成為聶明宇的工具，其本質並非為了錢（雖然他也需要錢），而是為了獲得證明和認可，他自始至終還做著他的「菜刀隊隊長」的舊夢，他還一直以他的江湖氣愛著那個對他不錯的妓女小雲兒。
為了物質利益的腐好反，但是為了各種情感力量的腐卻無法根除。在這樣的邏輯下，我們就能簡單地理解到作為「反腐」代表的劉振漢為何在劇中最終被塑造成了一個堅持到近乎偏執，性格暴躁的工作狂形象。
在爭議頗大的一段戲中，劉振漢面對兒子被綁架的現實，仍然「毫無人情味」的不管不顧，將偵查工作遠遠放在兒女情長之上。這種極端化的處理，於情，是非常扭曲的（這種扭曲，也可以在和劉振漢作為對照的另一個角色王明身上看到），但是也是非常必要的。凝視深淵者，必然被深淵凝視，與惡龍纏鬥者，也終將會變成惡龍。
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前30集所搭建的關於「正義」和「欲望」的糾纏鬥爭，在結尾處，被更冰冷無情的權利體系所傾軋，這一結果成為《黑洞》頗為意外的橫生一筆，最終形成了關於劇中所虛構的那個天都市社會的一個巨大空洞。
我們最終看到的，是所有人，包括聶明宇在內，即使能在天都市興風作浪，也會輕易地被更大的權力所消滅。
《黑洞》呈現的是一場關於權力更迭和碰撞的諷刺劇，而這場鬥爭的最終贏家——通過匿名信揭露整個事件，接著自己坐鎮幕後，最終將副市長和政委書記都拉下馬來的公安局長龐天嶽，則成了對於這種鬥爭的最好象徵。
「黑洞」的危險之處，並不在於它不由分手的左右命運之力，而在於你可能至死也不知道，在黑暗最深處究竟有什麼。