在《進擊的巨人》的故事中，我們可以看到很多伏筆懸念，這些伏筆懸念圍繞著故事的整個世界觀架構一步步的揭開的，如今動漫已經到了後期，雖然揭開了不少的秘密，但是依舊有不少懸念伏筆沒有回收，我們來看看。
阿克曼家族到底為何如此強大
在動漫中最強大的存在未必是智慧巨人，阿克曼家族成員展現了不輸給智慧巨人的強大力量，像是三笠、利威爾以及凱尼都有著遠超常人的力量，到底為什麼阿克曼家族會如此強大呢？這很可能是原本的始祖巨人之力擁有者，利用自身力量對他們進行了某種改造，不過這個改造到底是什麼還沒有完全揭曉。
平行世界的謎團
《進擊的巨人》從一開始就留下了巨大的懸念，那就是平行世界的謎團，艾倫在看到三笠的時候是感到疑惑的，為什麼三笠的頭髮變長了，這就暗示了存在平行世界，不光如此我們還可以看到梟告訴古利夏一定要去愛人，這樣才能救下三笠和愛爾敏，這句話也仿佛是告訴了古利夏世界已經經歷了一次輪迴，上一次三笠和愛爾敏沒有被救下來，這次一定要改變這一切。
動漫到底存不存在平行世界，這是諫山創需要去圓得很複雜的劇情，這也堪稱是最大懸念。
巨人之力設定的完全揭曉
巨人之力是動漫中非常重要的一個設定，就是因為巨人的強大，這才有了人類為此的抗爭，這才有了後續的故事，巨人之力到底是根據怎樣的規律在運轉，目前整個設定還沒有完全揭曉。
尤彌爾的回憶告訴了我們她接觸到的始祖巨人之力的過程，但是這份力量的來源並沒有揭曉。就算是把這份力量就當作最初的力量，為什麼尤彌爾投靠艾倫之後，阿尼和萊納還能變身巨人呢？明明尤彌爾已經幫助艾倫了，怎麼還會幫他們傳輸巨人身體呢？又或者說巨人之力的運轉也並非完全依靠尤彌爾的意志。
漫畫根據諫山創的說法只有百分之五左右了，希望這些基本設定的謎團能夠得到一個比較好的解答。