《巫師3》充滿了提供給玩家的艱難選擇。這些都會影響到結局的，以及接下來會發生的事情。
在Wastrel莊園以南，可以找到一座破舊的神社，當地農民抱怨當地神要求太多的供物。農民們無法滿足他的需求而苦惱，儘管這種神靈除了聲稱自己是他們的救星之外，並沒有為他們做太多事情。
當傑洛特調查時，他得知這個神實際上是一個妖怪。這個人形妖怪欺騙了村民。傑拉特可以殺死這個妖怪或者只是聳聳肩走開。最好的經驗和戰利品可以通過戰鬥和殺死妖怪來獲得，但是，這一敵人是一個難對付的怪物的人，玩家要謹慎對待。
在尋找有關男爵夫人和女兒下落的線索時，傑洛特得知男爵夫人曾經流產而失去了孩子。嬰兒被丟棄，未埋葬。但是以另一種方式回來了。傑洛特必須處理掉這件事情。他可以從兩種方法中進行選擇：將怪嬰變成小精靈，或將其殺死再進行儀式。根據選擇會影響在男爵心裡的地位，並會有不同的回報。
縱火犯的命運在白果園，傑洛特會見到被燒毀的熔爐。主人威利斯懇求女巫找出是誰幹的。最終，經過一番探索後，傑洛特發現了一個叫納普的矮人。矮人會向傑洛特行賄以換取他放走。如果接受賄賂，傑洛特的錢包就會更重一些。但是如果不接受，納普將會被拖下車，士兵們將會立即處決他。
在史凱利特群島上時，傑洛特將參加所有貴族的盛宴。儘管事情並不令人愉快，但因為熊的襲擊，導致許多人死亡。這不是偶然發生的事情，而是人為製造的。、遊戲在尋找希裡的同時會帶領玩家發現是誰造成了熊的屠殺。原來是伯納·布蘭下了藥在一些飲料裡面，以使戰士們變身成瘋狂的熊。最後她會被綁在海邊的一塊巖石上，留給大自然處決。
儘管許多玩家都是因為戰鬥和遊戲的劇情任務才玩 《巫師3》的，但不可否認的是，浪漫方面也具有一定的娛樂價值。特別是特麗絲和葉奈法之間的三角戀。選擇誰作為「白狼」的戀人沒有任何問題，都可以。但是，故事在結局會發生重大的變化。