翠絲（謝琳·伍德蕾 Shailene Woodley 飾）和老四（提奧·詹姆斯 Theo James 飾）的分歧者身份在暴露後，無一例外地遭到了控制著軍隊和政權的博學派領導人珍寧·馬修斯（凱特·溫絲萊特 Kate Winslet 飾）的追殺。翠絲的父母為了保護她，被珍寧控制的無畏派殺害了。
翠絲和老四在逃往其它派系尋求庇護的同時，也努力在友好派、誠實派、無私派和無畏派裡尋找同盟，以期粉碎珍寧的陰謀，推翻她的統治。與此同時，曾經處於派系體系最底層的無派系陣營大軍崛起，成為了反抗珍寧統治不可或缺的力量，而這個陣營的首領竟然是老四本以為已經去世多年的母親（伊芙琳娜奧米·沃茨 Naomi Watts 飾）。
但這群試圖推翻珍寧統治的「反叛者」並沒有立刻聯合起來，老四懷疑他母親的真實目的，翠絲和老四之間也有了越來越多的秘密。與此同時，翠絲發現身為無私派的父母竟然肩負著一個神秘使命，這個秘密正是珍寧急切想得到的，也是她追殺分歧者的原因。為了避免更多人受到傷害，也為了保護她身邊的朋友和愛人，翠絲孤身前往博學派總部，試圖利用分歧者的身份揭開這個巨大的秘密。在與珍寧的對抗中，翠絲不得不面對自己內心最深的恐懼，以及一個接一個幾乎不可能完成的挑戰。而當這個秘密終於被翠絲揭開時，所有人才發現，原來這只是故事的開始……