明朝萬曆年間，一群日本浪人奪走了朝廷大批軍火，他們臣服於日月神教，教主正是東方不敗。令狐衝與嶽靈珊正在趕往苗區的野店，原來他們與其他兄弟約定，一起尋找合適的地方歸隱江湖，如今約定之期已到。此時的任盈盈正在苗區野店等待令狐衝，她雖然飽受相思之苦，卻覺得自己仍在江湖之中，無法和令狐衝一起歸隱。一群日本忍者突襲了這裡，野店內的苗人準備不足，全軍覆沒，任盈盈也被迫離開。
第二天，令狐衝與師妹趕到了野店，剛好與華山派的師弟們匯合。誰知東廠人馬也趕到，令狐衝自知無法解釋屍體的事，就獨自引走了他們。他一路向前，來到了海邊，東方不敗正在此處練功，並發出雷聲般的響動。令狐衝聞聲而至，決定以劍會友，但他沒想到滾滾煙塵中的人竟是女子樣貌，情急之下，令狐衝落入了水中，酒壺也掉到了那人手裡。為了不暴露身份，東方不敗通過傳音引令狐衝上岸，自己則消失不見。
令狐衝與師弟們在浪人營遇到了魔教左使向問天，並成功找到了任盈盈。盈盈的父親任我行原是日月神教教主，可是卻無故失蹤，盈盈懷疑是東方不敗把他囚禁了，令狐衝決定幫助盈盈。他闖入東方不敗屋內，卻發現當日的姑娘也在。此時剛好有一隊忍者襲來，令狐衝帶著東方不敗衝了出去…二人來到一處山崖上，東方不敗拿出豎笛吹奏，令狐衝則誦起「江湖行」中的詩句——忍者頭領服部此時也找到了他們，東方不敗縱身跳下了懸崖，令狐衝捨身相救，卻被點住穴道，暈了過去。
當他醒來之後，發現自己身處地牢，牢中還有任我行，兩人略施手段，便成功逃了出去。任我行打算重新奪回教主之位，還邀請令狐衝加入自己，令狐衝卻只想和師弟們歸隱江湖，婉言拒絕了。這天晚上，因《葵花寶典》複本，任我行與令狐衝動起手來，任盈盈和華山弟子們也發現了他們，眾人瞬間變得劍拔弩張起來，盈盈跪在任我行面前以死相逼，方才迫使他收手。
如今的東方不敗已把《葵花寶典》練至最高境界，聲音和容貌都已變得與女子無異。令狐衝心中煩悶又來找酒友，打算一醉方休，東方不敗則讓愛妾詩詩代替自己，與令狐衝共度良宵。東方不敗脫身之後，決定帶領忍者去剷除任我行等人，任我行與東方不敗隔空鬥法，引起大火。東方不敗擔心令狐衝安危，不再戀戰，立刻離開了這裡，途中還殺死了逃跑的華山派眾人。
第二天，令狐衝發現了師弟們的屍首，他內心悲憤交加，在大雨中埋葬了他們，並在墓碑上刻下了「在此退出江湖」六字。令狐衝決心和任我行一起對抗東方不敗。任我行拿出《葵花寶典》交給了令狐衝，令狐衝感嘆，他的師父正是為了這本秘籍出賣了大家，所以他們才決定退出江湖。任我行把葵花寶典投入火中，笑道：……江湖，只要有人就有恩怨，有恩怨就有江湖，人就是江湖，你怎麼退出啊？
第二天，眾人一起攻進了日月神教總壇。令狐衝驚訝地發現東方不敗就是當日的姑娘，他想弄明白，那一夜究竟是不是東方不敗和他一起。東方不敗笑而不語，轉而繡起了花。眾人圍攻，東方不敗毫不慌亂，他一面用內力壓倒了任我行，一面擲出飛針攔住任盈盈，令狐衝則幫盈盈擋下了飛針。東方不敗看著令狐衝，想起往日的快樂時光，急忙收手回撤飛針，可惜令狐衝沒有停下，一劍刺穿了東方不敗的右肩。
任我行此時使出吸星大法，東方不敗的傷口血如泉湧，看著對自己痛下殺手的令狐衝，東方不敗悲從中來，傷心不已，他拼盡所有內力，帶眾人一起跌下了懸崖。令狐衝用盡全力救下盈盈和靈珊後，打算回身去救東方不敗，東方不敗卻推開令狐衝獨自跌落下去…他的眼神決絕又帶著一絲悲傷，仿佛是要與這世界決裂。
任我行將東方不敗留下的血衣吊起來示眾，並開始了新一輪的剷除異己，令狐衝感嘆，他如今也變成了「東方不敗」。令狐衝想讓任盈盈和自己一起離開，盈盈卻說，她生是神教的人，就一定要與神教共存亡。此時船已開動，盈盈卻發現了令狐衝忘記帶走自己要送的琴，無奈愛人卻已經看不清了……
說到武俠，大家很自然就會想起金庸的小說，尤其以《射鵰三部曲》、《笑傲江湖》、《天龍八部》、《鹿鼎記》、《雪山飛狐》等長篇故事最為著名。而著名的武俠電視劇，確實就幾乎都是這些長篇小說所改編。但如果說到武俠電影的格局，卻有一些微妙的不同。那就是，最好的武俠電影，並非是完全由這些長篇題材而壟斷。
箇中原因，其實是武俠長篇故事具有複雜的人物關係與糾葛，故事偏向層疊式，一般不以類型而出眾，而電影篇幅有限，所以只能大量簡化與合併人物，還要刪減掉大量劇情，劇情上也偏向對類型而非細節衝突的偏愛。正是因為這些原因，許多優秀的武俠電影，並不是由我們所熟悉的長篇故事所改編。不過，這部《笑傲江湖2東方不敗》算是相當特別的一部。
而林青霞所演繹的「東方不敗」，同時具有女性般深情的嫵媚和男性般王者的霸氣，具有一種雌雄莫辯的魅力。自從東方不敗的形象在這部突破之後，實在是給觀眾留下了太深的印象，以至於大家都幾乎忘記了原本的東方不敗是什麼樣子。與此同時，「東方不敗」這個角色在「大眾所認知的《笑傲江湖》中」，就被大大提升了地位，很多時候成為主角一般的存在了。
影片是由程小東導演，徐克監製。但是徐克監製的作品有一個特點，就是他作為監製時，實行的是「監製中心制」，會非常深入影片的各個環節，並最終把關。所以很多人把這部電影稱為徐克的作品，其實並不為過。《笑傲江湖2東方不敗》這部電影，它作為香港新派武俠的代表作之一，採用了非常誇張的浪漫主義打鬥方式，大開大合，想像力豐富。
影片的視覺效果在當時可以說是驚豔了，雖然東方不敗採用的武器是繡花針，但主創卻借著針後面拖出來的線，讓電影畫面變得非常有表現力。而由繡花針對抗任我行的琵琶鉤，以小博大，顯出東方不敗深厚的內力與壓倒性的實力，讓人印象非常深刻。說到電影的主線故事，其實是圍繞著令狐衝他們想要退出江湖卻總也退出不了而發展的。
他們之所以退出不了江湖，是因為主角們有自己的立場，情感，人際關係，而江湖世界的變化，就算不直接牽連到他們本人，也總可能牽連到他們所愛的人，從而產生新的恩怨。從這個意義上來說，其實任我行的那句話算是點到了主題，只要有人就有恩怨，有恩怨就有江湖，人就是江湖，你怎麼退出？而《笑傲江湖2東方不敗》的故事，就在這樣的主題中展開。
其實仔細想來，所有的主角中，好像很少有人最後得到了自己想要的。想要退出江湖的華山派弟子死無全屍。對東方不敗最為忠心的詩詩得不到他的愛，與令狐衝一夜之後服毒自盡。武功最強的東方不敗，因為對令狐衝的心軟，最後失敗沒有成功起兵造反。任我行得了天下卻成了殘廢，還因為剷除異己而變成另一個東方不敗。
向問天想要和華山眾人一起唱笑傲江湖，卻終究是只能在日月神教中繼續效命。而任盈盈身為神教中人，最後不能跟他們走，甚至連自己最後能夠讓令狐衝想起自己的信物——古琴都沒有能夠送出。唯有令狐衝和小師妹真正退出了江湖，但這代價卻是真正離開他們所熟悉的所有人東渡日本。實在是人在江湖，身不由己。
從這個意義上來說，影片的主題非常集中而深刻，而它對於一般武俠電影局限於「情愛」與「勝負」的突破，可以說是真正把握了「武俠」這兩個字的精髓。這或許正是影片對原著改變如此之多，卻讓觀眾這麼喜歡的原因吧。除了精彩的主題闡述，徐克還在電影中保持了如此之多的商業性與畫面效果，實在讓人不得不佩服。
詩詩在和令狐衝發生關係之前，她說：世事難測，人生苦短，大家都是同道中人，只求一宵，何必多問？其實正是道出了這種人生態度呢。關於東方不敗為何與令狐衝的感情線不覺違和，其實有一點很關鍵的是，他們都是懂得審美的人。比如令狐衝和東方不敗都懂什麼是好酒，也都真心彼此欣賞。那晚東方不敗奏樂，令狐衝念出：天下風雲出我輩，一入江湖歲月催，皇圖霸業談笑中，不勝人生一場醉。兩人都懂詩中之意，且兩人都懂曲中之意，只是，因為地位和身份等無法突破的限制，兩個互相欣賞的人也就止於此了。
其實，小編在金庸的小說中，最喜歡的便是《笑傲江湖》。武俠人給人的印象，當然是有劍，表示武林人士有武功。除此之外，金庸先生有寫《書劍恩仇錄》，武俠除了有劍之外，應該還有書。不過，有書和劍還不夠，或許還要帶上琴。武俠本身當然是幫助人突破現實的束縛，展開想像力的成年童話，但是一旦當武俠世界真正展開以後，卻發現這裡面也儘是束縛和身不由己的事情。
而當遇到這些事情，又應該怎麼辦呢？當然就是尋知己一名，把酒共飲，彈琴唱歌，吟詩作樂直到天亮。從某種意義上來說，這其實是非常重要的武俠精神，而《笑傲江湖》小說的主題，其實也正是這個。《笑傲江湖2東方不敗》雖然故事和原作相比判若霄壤，主題卻出奇地契合——它們都是講在束縛人的外在世界中，如何通過內心世界疆界的拓展而獲得自由的故事，而在紛爭的江湖裡，這份被拓展的內心世界，裡面有酒，有歌，有詩，當然還有一曲《笑傲江湖》。