甄嬛愛過皇上。在《甄嬛傳》中，甄嬛和皇上相識於杏花樹下，二人談曲，心意相通，雖然甄嬛剛開始還不知道那是皇上，但是她心裡對這個人應是有傾慕之情的。
到後來，甄嬛知道了皇上的真實身份，二人在一開始的時候真的是度過了一段很美好的時光。從「湯泉賜浴」到「椒房之寵」，皇上可謂是對甄嬛極為用心了；還因為在雷雨夜掛念害怕雷聲的甄嬛，半夜從華妃的寢宮離開去了碎玉軒。
後來甄嬛失子，對皇上不肯懲治華妃充滿了失望，以為皇上愛重自己不過是因為自己容顏美好的緣故。再後來，錯穿純元舊衣的甄嬛被皇上呵斥，更令甄嬛覺得多年恩愛不過是美夢一場，夢醒了，對皇上的情愛就滅了。固執的甄嬛決意出家修行，連剛剛出生的女兒也不顧念。
出家在甘露寺的甄嬛已經和自己的前半生做了告別，那個把皇上放在心尖尖上的自己已經一去不返了。在甘露寺期間，一早就對甄嬛傾心的果郡王多次對甄嬛表白愛意，但都被甄嬛拒絕。
後來，生病的甄嬛被甘露寺女尼靜白趕往凌雲峰，在去往凌雲峰的路上，甄嬛暈倒了。果郡王聽聞消息，冒雪趕來，帶著三人去了清涼臺。為了給甄嬛降溫，果郡王穿著貼身的中衣一次一次地躺倒在雪地上，凍冷自己的身體，然後去給甄嬛降溫，甄嬛的高燒退了，果郡王卻患上了重病。甄嬛知道真相後，頗為感動，二人的感情才往前走了一步。
但被皇上傷透了心的甄嬛還放不下心結，不敢接受果郡王的感情。後來，甄嬛受野貓驚嚇，果郡王闖入趕跑野貓，才知果郡王日日守望著自己，對自己用情很深。在崔槿汐的勸說，甄嬛終於敞開心懷，接受了果郡王。
甄嬛再次決定回宮一是為了家族和腹中的孩兒，二是為了替果郡王報仇。那時候，她以為果郡王是被皇上害死的。所以，她回宮，卻是帶著對果郡王的愛和對皇上的恨回去的。後來，果郡王被皇上逼喝毒酒身亡，甄嬛更是深恨皇上，皇上的死跟甄嬛也有莫大的關係。
要說甄嬛愛皇上還是果郡王，覺得應該都是愛的，一個是前半生，一個是後半生，都是付出了真心的。只是兩相比較，感覺可能果郡王更多，畢竟果郡王待她是心上只此一人。