現在網絡上各種寶可夢（神奇寶貝）的山寨手遊，有的只是借用了神奇寶貝的名字，實質上只是卡牌遊戲套了個殼而已，有些為了規避版權風險，把神奇寶貝改了奇怪的名字，在原有的造型上加了各種進化形態、特殊形態，但這些都不被官方承認的，其實有三隻名為黑暗神奇寶貝的系列，是出自於神奇寶貝官方其他系列遊戲中的，它們雖然沒有在本篇中登場，但是被承認的！
第一隻是黑暗超夢，出自口袋鐵拳的遊戲中，在設定中超夢為了拯救少女，被黑暗共鳴石附身，於是變成了這樣一副全身通體黑色的造型，只有尾巴和肩膀等很少的地方有著金色的配色，給人一種看著就感覺很可怕的樣子。實際上超夢本來的造型設計就讓人有點毛骨悚然的感覺，當時的設計理念就來自於克隆生物、外星人等等，只不過我們現在看超夢已經看習慣了，如今再看就感覺沒什麼了，反而還會覺得很帥。
黑暗超夢在口袋鐵拳中的表現非常不錯，深受粉絲玩家的喜愛，而且因為這是一個格鬥遊戲，黑暗超夢在遊戲中的招式也都非常華麗。畢竟這種不在本篇中登場的特殊形態在設計和表現上肯定是要考慮再三的，總體來說黑暗超夢被設計得真的相當不錯了。
第二隻是黑暗洛奇亞，出自遊戲《寶可夢XD 暗之旋風 黑暗洛奇亞》，遊戲標題挺長，從標題就可以看出來，這款遊戲主打的就是黑暗洛奇亞這隻精靈的噱頭。設定上是說洛奇亞被陰影隊捕捉到了，他們將其封閉了心靈，於是洛奇亞就變成通體黑色的樣子，最後是玩家控制的主角把洛奇亞救了出來並將其淨化。
第三隻是黑暗帝牙盧卡，出自於《時/暗/空之探險隊》系列，是遊戲中的反派角色，從外表上看上去，黑暗帝牙盧卡的造型和原本的樣子其實是一樣的，只是在身子上原本的淡藍色紋路變成了橙色的紋路，故事中講的是因為時間停滯導致帝牙盧卡失去了理智，於是變成了黑暗形態，為了保護自己而暴走。
實際上黑暗帝牙盧卡在動畫《寶可夢不可思議的迷宮 空之探險隊 圍繞時間與黑暗最後的冒險》這部特別篇動畫中鄧昌國，該動畫是為了紀念空之探險隊的發售。這三隻黑暗神獸都給它們賦予了更多的神秘色彩，算是神奇寶貝的一種特殊形態，希望神奇寶貝tv動畫中有朝一日也會有類似的黑暗設定。