賽文奧特曼的故鄉M78星雲，叫人類為農馬爾特人，而在地球的海底，真的有農馬爾特人。農馬爾特人才是地球的主人，人類是入侵地球的侵略者，這到底是怎麼回事？奧特警備隊被罵是壞蛋，團身為賽文奧特曼，也疑惑了。這裡面是不是還有什麼秘密，他所不知道的。在本集的賽文奧特曼中，圓谷埋下了一個伏筆。
就在諸星團和安奴隊員享受快樂的假日時，有一個很奇怪的小男孩跑過來對安奴隊員說，讓海底開發中心停下來，不然會有大事發生。就在小男孩說完沒多久，海底開發中心的海馬號就突然爆炸了。奧特警備隊開始踏上尋找這名小男孩的旅途，認為他應該還知道些什麼。
不找不知道，一找嚇一跳。雖然幾經周折，但團和安奴隊員最後在海岸上看到了小男孩。小男孩一直說，人類才是侵略地球的入侵者，而海底的農馬爾特人才是真正的地球的主人。雖然這個說法，讓奧特警備隊的人都感覺到很荒謬，但是團身為賽文奧特曼卻疑惑了，人類入侵了地球？因為M78星雲管地球人類叫農馬爾特人，難道還存在除了地球以外的農馬爾特人？
就在小男孩和安奴隊員他們說完之後，就跳進了海裡。而在此時，章魚怪獸蓋洛斯出現了，團和安奴不得不回到總部。在總部裡，小男孩又打來電話，說農馬爾特人計劃用一艘戰艦來攻擊人類，而這艘戰艦，正是之前離奇失蹤的人類戰艦。
奧特警備隊想要抓到這名小男孩，但是卻被農馬爾特人救了，就在這個時候，一艘戰艦從海底出現，怪獸也出現了。團看到了怪獸，想要變身，但是無奈小男孩一直看著他，即使團以最快的速度跳到別的地方，小男孩還是在注視著他，而且他的眼神，充滿了悲憤。
小男孩一直在說農馬爾特人不是壞人，奧特警備隊才是壞人。但是團很無奈地說：
「真市，我不得不去戰鬥！」
小男孩摔壞了手中的貝殼，團也變成了賽文奧特曼，迎戰章魚怪獸。
在賽文奧特曼和怪獸戰鬥的同時，奧特警備隊也沒有閒著，隊長親自駕駛潛艇尋找農馬爾特人。不知道過了多久，終於被隊長找到了，桐山隊長一聲令下，發射飛彈，將農馬爾特人生活的地方，炸了個粉碎。
同時怪獸也被賽文奧特曼消滅了，所有人都覺得「人類才是入侵者」這個理論很荒謬，並且還沉浸在消滅了農馬爾特人的喜悅中，只有團，在思考。如果說農馬爾特人真的是地球的原著居民，那麼……！團不敢再往下想。
而這部分的劇情，就在《賽文奧特曼OV》中，感興趣的奧迷，記得去看賽文奧特曼為了人類，而被關進宇宙監獄的場景。