1645年四月二十五日，清豫親王多鐸以史可法不聽招降為由，下令血洗揚州城。
揚州城，本來人口只有三四十萬人左右，但清軍南來，沿路燒殺，四方難民避兵禍而入城者已多達八十多萬。
多鐸一聲令下，揚州居民除少數破城前逃出和個別在清軍入城後隱蔽較深倖免於難者以外，幾乎全部慘遭屠殺。
這場屠殺，直到五月初二日才宣布封刀，「城中積屍如亂麻」。
在揚州血屠的震怖之下，江南之師，一時皆潰，武弁各卸甲鼠竄。
五月初九，清軍自金山登上南岸，佔領鎮江。
初十日凌晨，南明弘光帝棄城出逃。
弘光一走，群龍無首，文武百官心亂如麻，一時惶惑無為。
挾破揚州之威的清軍即日便兵摧城下。
多鐸洋洋自得，四發文告，稱：「此前我大清天兵抵達揚州，揚州官員軍民嬰城固守。本王痛惜百姓性命，不忍心攻城，事先將負隅頑抗的惡果全都說清楚了，一連等待了好幾天，無奈揚州官員終於抗命不遵。我大清軍只好被迫攻城。屠戮並不是本王的本意，乃是不得已而行。以後，我大清兵所到之處，若有官員軍民抗拒不降，一律按屠戮揚州的方式進行。」
文告的威嚇，使得以南京守備勳臣忻城伯趙之龍為首的眾多勳戚大臣心驚膽裂。
趙之龍說：「揚州已破，若不迎之、又不能守，徒殺百姓耳！惟豎了降旗，方可保全。」
形勢不由人，眾人大多默認了此議。
十五日，清軍兵不血刃，耀武揚威地從洪武門進入大明故都南京。
十六日清晨，豫王多鐸受百官朝賀，遞職名到營參謁如蟻。
在這大是大非、忠佞之分、生死之間的關頭，南明禮部尚書錢謙益會作出怎麼樣的選擇，是時人所關注的焦點。
錢謙益，晚明文壇巨擘，與吳偉業、龔鼎孳並稱江左三大家，黃宗羲說他「四海宗盟五十年」，鄭方坤說「本朝（清朝）詩人輩出，要無能出其範圍」，德高望重，為東林黨的黨魁、天下士林的領袖。
坊間傳聞，錢謙益原擬效法屈原投水殉國，然而到了湖邊，卻以「水冷」退縮。
還有人揶揄記述說：「豫王下江南，下令剃頭，眾皆洶洶。錢牧齋（錢謙益號牧齋）忽曰：『頭皮癢甚。』遽起，人猶謂其篦頭也。須臾，則髡辮而人矣！」
這兩則傳聞其實屬於民間惡搞，並非事實。
不知出於什麼目的，有人為了搞臭搞倒錢謙益，竟然把龔鼎孳說的那句「我本欲殉國，奈小妾不與可」的話嫁接到錢謙益的頭上。
後人看不起錢謙益，多半是受了清乾隆帝的影響。
乾隆把錢謙益打入「貮臣」的行列之中，還專門寫了一首打油詩來羞辱錢謙益：
平生談節義，兩姓事君王。進退都無據，文章哪有光？
真堪覆酒甕，屢見詠香囊。末路逃禪去，原是孟八郎。
乾隆這個人的城府很深，居心叵測，人們看到他為孫承宗、袁崇煥等人大唱讚歌，就會油然而生好感，其實並未解其為這些人唱讚歌的深意；但他要故意抹黑錢謙益，抹黑這位士林領袖，用心是顯而易見。
比較真實可靠的情形是弘光朝兵科右給事中吳適所記，據吳適所記，他在五月十三日「晚晤少司馬梁眉吾（雲構），知文武大臣已修降表赴大清軍矣。十四日大雨，訪宗伯錢謙益，不晤，但令人傳語：『宜速往浙中擇主擁戴，以圖興復。』」（《南都變略》，見《丹午筆記》），說明錢謙益雖已附眾降清，卻仍寄希望於興復明朝。
為使江南免遭屠殺，錢謙益違心地「稱北兵為三代之師，諄諄勸邑中歸順。」（《祁忠敏公日記》《乙酉日曆》），並以趙之龍的名義發檄四方，諭命降順。
也就是說，在多鐸的血色恐怖之下，錢謙益為保全南京百萬生靈，寧可自己蒙受汙名，忍辱負重地選擇了投降。
這種投降，對於一個深明家國大義的士人來說，是痛苦萬分的，卻也是偉大的。
錢謙益不可能不知道，一旦作出了這樣的選擇，他將萬劫不復，永世不得翻身。
但，他還是悲愴萬分地做出了這個艱難的決擇。
黃宗羲、歸莊、屈大均、呂留良等明末大賢應該是了解錢謙益的莫大苦衷的，他們非但沒有看輕錢謙益，反而更加敬重，一如既往地與之往來唱和。
降清後的錢謙益，內心不忘故國，作詩《一年》追憶往事，云：
一年天子小朝廷，遺恨虛傳覆典刑。
豈有庭花歌后閣，也無杯酒勸長星。
吹唇沸地狐群力，嫠面呼風羯鬼靈。
奸佞不隨京洛盡，尚流餘毒螫丹青。
此外，他還一直在進行秘密的抗清活動，大力資助和支持江陰志士黃毓祺、姚志卓抗清，並因此入獄。
從獄中僥倖得出，錢謙益反清復明的意志更加堅定，積極為轉戰於念頭南疆的南明桂王出謀劃策劃。
錢謙益還多次往返浙江一帶，遊說清將馬進寶反清。
看到馬進寶不能成事，錢謙益又把目光轉向了鄭成功，苦心孤詣地構思出了「楸枰三局」。
鄭成功也因此在1658年、1659年連續發動起了兩次長江戰役。
鄭成功入長江進攻南京之際，錢謙益寫下了振奮人心的「金陵秋興」，高歌「長幹女唱平遼曲，萬戶秋聲息搗砧」。而當鄭成功功敗垂成，草率收兵之時，錢謙益則含淚寫下了千古傷心的「後秋興」組詩，悲嘆「荷鋤父老雙含淚，愁見橫江虎旅班」。
錢謙益，雖說已身染失節之汙，但事明之心，並未改變。