劇透警告
深度解讀系列含完全劇透，未通關、未完整體驗尼爾的玩家請選擇食用。
寄葉、A2、2B(E)、9S，命運的紐帶
在成立那天就註定著滅亡和成為棄子，為了偽造人類還未滅亡的事實而存在，就是寄葉部隊的命運。
處決已知曉寄葉計劃的9S，這是A2、2B這類E型的命運。
終將了解到寄葉計劃，並且也會了解到會被E型處決的殘酷真相，這是9S的命運。
如果初代9S就是寄葉的設計者，那麼這個命運的設計更是讓人唏噓不已。
雙子，救贖與嶄新的未來
雙子在千萬年前由於愛情不經意間促成了人類的滅亡，作為被設計成監視者的她們，本是為了監視人造人，她們被愧疚，被誤解到了千萬年後。
到了機械紀元，她們終於揭示了這一切，這是悲慘過去的輓歌，也是對嶄新未來的救贖。
人、人造人、機械核心
無論是人、人造人、又或是機械核心，終將無法成為神，即使是神，也會受其意志的約束。
人造了人造人，想擺脫疾病，以記憶（晶片）為載體，讓人永生。
人造人、機械核心又多麼的想保留人性、記憶以及人類的一切，以促成自身的進化。所以在機械的'允許'下，部分'機械'可以脫離中樞網絡，以達成'自我意識的進化'。
遊戲中的帕斯卡、亞當和夏娃、還有其它仿佛會'思考'的機械就這麼誕生了。
是不是像極了某部電影？是的，黑客帝國，只不過黑客帝國並沒有談過去，一切都是機械大帝允許的'現在'和設計的'未來'。那麼尼爾的機械大帝是什麼呢，就是外星人入侵後，所製造的整個機械網絡，這整個機械網絡的自我意識的覺醒和進化，最終也導致了外星人的滅亡。
一切終將毀滅，那悲劇所指引的終點
B結局的釋義：（Or not to Be），或許是一句終將走向毀滅的預言。
整部尼爾都在述說著毀滅，是一部布局精密、巧妙的悲劇。
在將整個毀滅推向高潮的過程中，輔以對過去的回溯，對可預知未來的布局，再用了各種突轉、懸念、跌宕來表述現有情節。
所以我們可以深刻地感受到，從第一周目到第三周目的不同心境，因為在悲劇的指引下，我們代入了本身的命運和遊戲角色為一體了。
埃米爾的回憶，輪迴的盡頭，Y結局
月之淚花海，美則美矣，我們知曉了埃米爾悲慘的命運，這是埃米爾（最後一個人類）的輪迴的盡頭了，Y結局終於為埃米爾畫上了句點，也是為人類的結局畫上了一個句點。這是埃米爾對凱尼的回憶之所，也是寄葉對自身的回憶之所。
文字，是敘事最深情的補白
遊戲中場、結尾頻繁出現的文字，以極強的張力補白了敘事。就像詩詞一樣，言有盡而意無窮。有限的文字補白，更好地激發了玩家本身的思考。橫尾（遊戲作者）的這一手不可不畏之高，尤其是在E結局最後的選擇，更是讓不少玩家熱淚盈眶。
從A到Z，完美與不完美
從A到Z的26個結局，受限於遊戲體量，橫尾再有想法，也無法全部實現心中真正的26個結局。所以26個結局中，什麼才是真正的答案呢，玩家不知道。結局間是矛盾對立的，這就很像編劇本身，在創作的過程中開始自我懷疑、否定，在最後，橫尾自己也不知道。
塔，E結局，愛與希望
遊戲最後的幾座塔很有意思，塔可以預示著對寄葉、月球基地的毀滅；也可以預示是巴別塔，是神對造物的嘲笑；也可以是雙子對自我，對未來的救贖。
無論是哪種，玩家們始終都願意相信著，整部作品想傳達的就是E結局想告訴我們的：愛與希望。
就像最後的可以載入史冊的結尾設定：你願意銷毀存檔來幫助其它玩家麼？是的，我願意。
因為未來不是被贈與的，而是需要去獲取的東西。