化學清洗的方法很多，按化學清洗劑的種類可分為鹼清洗、酸清洗、表面活性劑清洗、絡合劑清洗、聚電解質清洗、消毒劑清洗、有機溶劑清洗、複合型藥劑清洗等。
一、鹼清洗鹼清洗的藥劑有氫氧化物、碳酸鹽、磷酸鹽、過硼酸鹽等。
氫氧化物能溶解Si2和蛋白質、皂化脂類等，如2NaH+Si2一NazSi3+H20
碳酸鹽和磷酸鹽的鹼性很弱，一般用來調節pH，磷酸鹽還常用做分散劑；過硼酸鈉可用於清洗膜孔內的膠體物質。
二、酸清洗酸清洗的藥劑有鹽酸、硫酸、硝酸、磷酸、氨基磺酸等。酸能有效地去除碳酸鹽組成的硬垢和金屬氧化物鹽垢，這些酸與金屬的碳酸鹽或氧化物反應，使之轉變為可溶性金屬鹽類。發生的化學反應如下：
CaC03+2H+一Ca。++H2 O+C02
FeO+2H十一Fe2++H20
Fe203+6H+一2Fe。++3H20
Fe304+8H+一Fe2++2Fe3++4H20
酸能溶解碳酸鹽、磷酸鹽、硫化鐵及金屬的氧化物，但酸對矽酸鹽無效，對於脂類、懸浮物和微生物生長形成的沉積物，酸洗的效果很差。
1、鹽酸
鹽酸與水垢或金屬氧化物形成金屬氯化物。絕大多數的金屬氯化物在水中的溶解度很大或較大，故鹽酸對碳酸鈣一類的硬垢和鐵的氧化物的清洗特別有效。
2、硫酸
硫酸能與金屬氧化物形成可溶性的化合物，但硫酸與碳酸鈣反應生成硫酸鈣的溶解度很小，故硫酸不宜作為碳酸鈣和硫酸鈣垢的清洗劑。硫酸可在較寬溫度範Χ內使用，不揮發。
3、硝酸
硝酸的稀溶液是一種強酸，大多數的硝酸鹽的溶解度很大，故硝酸有很強的清洗能力。
4、氨基磺酸
氨基磺酸是一種無色無臭的粉狀藥劑，加入水後能與碳酸鈣反應而進行清洗。氨基磺酸對鈣鹽的溶解度很大，適用於清洗由鈣、t等金屬的碳酸鹽或氫氧化物等物質組成的硬垢，但氨基磺酸的缺點是價格偏高，清除氧化鐵的能力較差。
三、表面活性劑清洗表面活性劑主要有陰離子、陽離子和非離子表面活性劑三種，它們能分散膜表面的油類、脂類和微生物產生的沉積物，還可改善清洗劑和膜表面沉積物的接觸，減少用水量，縮短清洗時間。
四、絡合劑清洗
絡合劑清洗是利用各種絡合劑（其中包括螯合劑）對各種垢離子（如鈣離子、t離子、鐵離子等）的絡合作用（配λ作用）或螯合作用，使之生成可溶性的絡合物（配λ化合物）或螯合物而進行清洗。絡合劑清洗中常用的無機絡合劑有聚磷酸鹽，常用的有機整合劑有檸檬酸、四乙酸（EDTA）和氮三乙酸（NTA）等。檸檬酸能溶解氧化鐵和氧化銅，其原理一方面是檸檬酸溶液的酸性可以促進氧化鐵的溶解；另一方面檸檬酸又能結合鐵而將氧化鐵除去。但鐵被檸檬酸絡合後的絡合物——亞鐵檸檬酸酸性鹽難溶解，會再沉澱出來，再次汙染膜。如果用含氨的檸檬酸溶液，就能生成溶解度很大的檸檬酸亞鐵氨和檸檬酸高鐵氨絡合物，從而可有效地和地去除鐵的氧化物。pH值越高，EDTA中以Ya一形式存在的比例越高，越有利於絡合清洗，但pH值不能太高，因為pH值越高，可能生成更穩定的難溶金屬氫氧化物。如三價鐵在pH值過高（pH≥12）時，所生成的Fe（OH）3很穩定，不能被EDTA絡合溶解，所以，EDTA作為清洗液進行絡合清洗時，不僅要考慮酸增加使Y『一減少的一面，還要考慮鹼度增加導致出現難溶沉澱的一面。適宜的pH範圍Χ因金屬離子的不同而有差異，鐵鹽垢的pH值則不宜太低。
五、清洗劑清洗
能將膜表面的蛋白質、多糖類、油脂類等有機物降解，從而可去除膜表面的這些有機汙染物。降解有機物的速度很慢。所以在清洗膜時需浸泡很長的時間，並且殘留的清洗劑會抑制微生物的生長，另外其價格很昂貴。
六、消毒劑清洗
常用的膜消毒清洗劑有次氯酸鈉和雙氧水。這兩種消毒劑具有很強的氧化能力，在殺菌消毒的同時能有效清除掉膜表面和膜孔內的有機物。次氯酸鈉能夠氧化膜上的有機堵塞物，反應速率很快，只需很短的清洗時間。缺點是腐蝕性太強，且溶解出的氯會刺激人的呼吸系統。雙氧水是一種較溫和的消毒劑，對於被有機物汙染的膜清洗有較好的效果。
七、複合型藥劑清洗
複合型藥劑是鹼性清洗劑、磷酸鹽、絡合物、清洗劑等的混合物，它對膜的清洗是一種綜合的作用，能很好地去除膜表面的有機和無機汙染物。