《仙劍三》的結尾，蜀山遭到邪劍仙的攻擊，鎮妖劍被搶走，清微掌門和雪見也因此丟了性命。景天此刻坐在雪見屍體前，心中滿是自責，如果那天拿著鎮妖劍的是他，事情就不會發展到這種地步了，但現在說什麼也晚了，斯人已去，現在能做的就是儘快恢復情緒，找回餘下的兩顆靈珠，為雪見報仇。
掌門算出靈珠可能和蠻洲的女媧廟有關係，到那裡或許能找到什麼線索，儘管心情不振，但為了蜀山存亡，為了天下蒼生，景天還是答應了。穿過茫茫滄海，經過了一番曲折，景天一行人還是順利地到達了蠻洲，在這裡休息了片刻。景天閒逛了一番，進入當地女媧廟時，偶然聽到紫萱和一位老婆婆在談論著什麼。在她們的對話中，紫萱的身世緩緩浮出水面。
她原來是女媧一族的後人，後來和徐長卿前世結下了不解之緣，與他有過三世的緣分，還和上一世的他生下一個女兒名為青兒。只不過女媧族不會正常衰老，而凡人壽命終有衰亡的一天。上一世，紫萱看著自己的愛人一天天老去，而自己卻容貌不變，為了避免旁人說閒話，她的身份也從妻變成了妾再變成婢，這算什麼白頭偕老呢？
所以這一世，她先是引導徐長卿拜入蜀山門下，後來又借療傷之際讓他喜歡上自己，同時她也在暗自修煉內丹，修煉完成後即可助徐長卿飛升成仙，持有永恆的壽命，那樣他們就可以永遠在一起了。就在談話之際，她們發現了一旁偷聽的景天，不過並沒有過多在意，隨便說了些什麼就只把話題轉移了過去，而在這裡並沒發現水靈珠的相關消息。
景天等人便啟程前往下一個地方，走到半路，他們來到一處古城鎮，龍葵驚訝地發現，這裡竟然和幾千年前的姜國王都十分神似，只不過這裡掛著的卻是敵國的旗幟。經過一番打探，他們得知這裡的人祖上為了躲避戰亂，設置了這個迴魂仙境，是一處桃花源般的地方，回憶固然美好，但現在可不是時候，他們要回到自己的時間線，找回靈珠。
這裡的鎮長表示願意把他們傳送回去，在施法的過程中還提醒他們一定要心無旁騖，否則可能會送到別的時間去。但這時的景天卻萌生了一個大膽的念頭，這個念頭止不住地在腦海中擴散，光芒閃過，他果真回到了雪見去世之前的蜀山。這一次，他把鎮妖劍握在了自己的手中，說什麼也不讓悲劇發生第二次。
然而或許是上天的捉弄，或許是命運本身就無法抵抗，雪見還是難逃邪劍仙的魔掌，再一次倒在了景天面前。可就在這時，龍葵突然看到了雪見的靈魂，如果有靈魂的話，只要身體沒有受損，那雪劍就可以復活。景天得知後大喜過望，連忙詢問如何找回雪見的靈魂，龍葵則將目標指向了酆都。
從迴魂仙境中抽身的景天沒有片刻停留，快馬加鞭地趕向酆都。剛到這裡沒多久，景天就遇到了自稱陰差的趙無延，趙無延用幾萬文的高價賣給了景天一罐離魂湯，聲稱只要有了它就可以自由前往鬼界了。景天當時救雪見心切，咬了咬牙直接買了下來。但回到客棧才發現這離魂湯只是普通的涼茶，去往鬼界其實並不需要什麼離魂湯，只要找對了時間地點，任何人都可以進出鬼界。
景天很無奈，只能當吃了啞巴虧了。在這兒休息一會兒後，鬼界終於可以進出了，眾人進入後，龍葵號令一幫小鬼幫忙尋找雪見的蹤跡，果然打聽到有一個不在生死簿上的孤魂在陰差房裡，景天趕忙跑了過去，發現這又是那趙無延搞的鬼。他把雪見抓了起來，想用她煉製生發的丹藥，好在景天及時趕到，陰陽相隔的兩個人終於再次會面。
找回了雪見的靈魂，本來他們已經可以回去了，而紫萱卻發現數十年來由火鬼王管轄的領地變得越來越炎熱，很多鬼都受不了遷徙了。由此可以推斷，這火鬼王很可能是拿到了火靈珠，景天沒想到還有意外收穫，於是便前往那片區域找到了火鬼王，雖說火鬼王一直想和閻羅王分庭抗禮，但他們之間實力差距還是太大了。火鬼王見打不過景天，趕緊認慫，把火靈珠交了出來。
如此一來，五顆靈珠只剩下最後的水靈珠沒有尋獲了。經過這一番折騰，雪見那邊怕是也耽擱不起了，眾人趕緊返回蜀山，結果卻被告知雪見的肉身竟也被邪劍仙搶走了。原來這邪劍仙終究是靈體，需要依附在一個肉身上，而雪見神樹果實的身軀無疑是最佳的選擇。事不宜遲，他們又火急火燎地趕往邪劍仙的所在地。
好在景天提前一步趕到，事態還沒有惡化到無法逆轉的地步，他丟出一塊石頭吸引了邪劍仙的注意，雪見的靈魂趁他不注意繞到背後，魂魄與身體重新融為一體。等邪劍仙回過頭來，計劃已經破滅。景天雖然算到了開頭，但沒算到結尾，即便是他們四個加起來，也不是如今邪劍仙的對手。
本以為再也無路可逃了，但重樓的再度出現又一次逢兇化吉。邪劍仙見重樓現身，頓時沒了脾氣，灰溜溜地離開了。重樓先是幫紫萱治好了身上的傷，隨後，這位魔尊的言談舉止竟難得地透露出對她的關心。他最早見到紫萱，還是在他破壞鎖妖塔，從中拿到魔劍的那天，徐長卿受重傷，紫萱擋在他面前，而他又替紫萱擋住了攻擊。魔尊一向不懂得感情之事，也不善於表達，總是在背後默默守護著紫萱。隨後，他傳授了景天一些招式，用以保護身邊的人，接著便消失在了眾人的視線裡。
景天等人也沒有停留，剛離開沒多久，一個蜀山弟子急急忙忙地找到了他們，跟他們說，邪劍仙如今已經加快了步伐，正要在劍冢內煉製一柄邪劍，如果讓他得逞，蜀山可就十分危險了。走到了如今這一步，景天隱隱感覺決戰的日子快要到來了，邪劍仙很快就要發動總攻，到時候所有的恩怨都可以做個了結了。
經過一番波折之後，景天等人深入劍冢內部，龍葵發現這裡竟然就是古姜國的皇宮，也就是景天手中魔劍誕生的地方。那時姜國面臨亡國危機，唯有鍛造魔劍才可以逆轉局勢，但劍未鑄成，城已先破，公主龍葵投身鑄劍爐，楊國士兵將龍陽及姜國皇宮中諸多的守衛也一併投入鑄劍爐焚燒，由此產生的極大怨念使魔劍得以鑄成。脫離了鑄劍爐的魔劍以其強大的靈力將方圓百裡化為了廢墟，楊國也因此國力大損，不久後便滅國了。
邪劍仙顯然是看中了這裡的鑄劍爐，如果讓他成功鑄造了邪劍，後果將不堪設想。等他們趕到鑄劍爐時，邪劍仙已經等候多時，使了個陰招擊倒眾人，把魔劍一併搶了過來。兩把神器投入鑄劍爐中，邪劍得以鑄成，那魔劍和鎮妖劍也變成了廢鐵。他鎮妖劍丟向了景天，一劍刺穿了他的身體，狂笑幾聲便離開了這裡。
事態十分危急，景天現在已經生命垂危，擺在面前的路只有兩條，用雪見神樹之實的身體或龍葵的千年修為鑄劍，這樣不僅可以挽救景天的性命，那魔劍和鎮妖劍也能重新展露鋒芒，他們爭論不出結果，乾脆交給景天來選。等他從昏迷中甦醒過來時，兩個選擇擺在了面前。