2月3日晚間，因新型冠狀病毒肺炎疫情而滯留武漢的部分臺胞順利搭乘東方航空專機抵達桃園國際機場，經嚴格檢疫作業後搭乘專車前往隔離地點，開始進行為期14天的隔離及健康管理。
臺灣地區領導人蔡英文4日在「臉書」稱，對於大陸在臺灣民眾返鄉過程中給予的協助，「我們表示肯定」。兩岸之間儘管有不同的政治主張，但疫情當前，人權與人道，應該優先於政治的考慮，「對話與合作永遠是解決問題最好的方法。」
剛剛「肯定」完大陸的人道主義協助，蔡英文立刻話鋒一轉，表示儘管臺灣並非世界衛生組織成員，但仍積極研究對抗肺炎疫情。幾天前，臺灣剛剛成功分離出新型冠狀病毒的病毒株，這是未來研發藥物或疫苗的重要基礎。臺灣不僅不該成為國際防疫缺口，更會跟世界各國一起努力，把臺灣的防疫經驗和科技能力，貢獻給所有需要幫助的人們。
蔡英文意有所指，臺外事部門自然立刻跟進，對於「臺灣無法加入世界衛生組織」一事，對大陸升高火力。臺外事部門發言人歐江安4日叫囂，大陸無視新型冠狀病毒肺炎疫情威脅，持續以「一個中國原則」作為臺灣參與世界衛生組織等國際組織的政治前提，無異對臺灣民眾遂行「政治勒索」，充分展現大陸「蠻橫無理的邪惡本質」。
對此，國臺辦發言人馬曉光4日以書面新聞稿表示，我們始終關心臺灣地區同胞的健康福祉，臺灣地區在獲取疫情信息方面不存在障礙。全力做好疫情防控工作，事關兩岸同胞生命安全，是當前最重要最緊迫的大事。馬曉光也正告民進黨當局，應當停止一切以疫情為藉口的政治炒作和政治化操弄，停止幹擾疫情防控工作。
一邊是對大陸罕見表達「肯定」態度的蔡英文，一邊是給大陸扣上「政治勒索」屎盆子的臺外事部門，如此一軟一硬、前後矛盾的態度，其實就是蔡當局一貫使用的「兩面手法」。
1月11日，蔡英文攜817萬選票成功連任，當晚她就向大陸喊話，表示會在島內的民意基礎上，維持兩岸關係。但隨後她又在接受BBC（英國廣播公司）訪問時口出狂言，叫囂臺灣沒有需要再宣布自己是「獨立國家」，「因我們已是『獨立國家』了，名叫中華民國（臺灣）」。
對於新型冠狀病毒肺炎疫情下的兩岸關係，蔡當局又開始搞「兩面手法」。一方面是臺行政機構負責人蘇貞昌態度強硬，早在除夕夜就宣布口罩禁止出口一個月，被認為是針對大陸而來。不料，口罩禁出口令反而引發島內恐慌，臺灣口罩短缺問題恐怕一時無解。
而蔡英文似乎表示出相對緩和的態度，在蘇貞昌祭出口罩禁出口令7天（1月30日）後表示，基於人道考慮，對於中國（大陸）受到新型冠狀病毒肺炎疫情衝擊的民眾表達關切與慰問之意，「在行有餘力之處，我們願意提供必要的協助」。對於蘇貞昌強捍管制口罩出口引發爭議，蔡英文則表示，「疫情沒有『國界』」，先自助才能助人，不要在無謂的地方上爭吵。
蔡當局對大陸的兩面手法，令人咋舌。有臺媒分析指出：蔡英文在2020選舉時大打「抗中牌」，現在成功連任，基調若有太大轉變，恐怕支持者也會反彈。雖然蔡英文希望藉由疫情，讓兩岸關係可以有和緩的機會，但美國方面也似乎有利用疫情圍堵中國大陸、積極拉攏臺灣之意，例如讓賴清德以比較高的層級訪問華盛頓。
在這複雜糾葛的中美關係中，蔡英文若要和緩兩岸關係，又想要依靠美國，可能會陷入兩難。