林肯是美國歷史上唯一一位在內戰邊緣入主白宮的總統。
在他當選後的第四天，南卡羅來納議會率先投票表決退出聯邦。就連南部脫離聯邦也獨具特色：它不是密謀，不是先揭竿而起，而是通過票決的方式。
林肯針鋒相對。
在1861年3月4日第一次就職演說裡，林肯宣稱，從憲法和法律上來看，聯邦不容分裂，任何一個州都不能單憑自己的動議合法地退出聯邦。
對照美國脫離英國的歷史和美國憲法，林肯理直氣壯的說法其實有些強詞奪理，自然也無法讓南方心悅誠服。
一個多月後，南軍炮擊薩姆特堡。內戰無可挽回地開始了。
不過林肯並不是一個樂於看到流血的政治家，他一直在尋找避免流血的途徑。1862年3月6日，他向國會提出通過贖買方案有償解放奴隸：「單單從財政或金錢角度來看，……用這次戰爭的日常開支來按照合理估價贖買任何一個被指名的州中的全部奴隸，將是多麼輕而易舉。」
林肯的帳是這樣算的：戰爭不到半天的費用，就能贖買德拉瓦的以四百美元計算的全部奴隸--這次戰爭的七十八天費用，就能贖買以同樣價格計算的德拉瓦、馬裡蘭、哥倫比亞特區、肯塔基和密蘇裡的全部奴隸。
聯邦國會通過了一項贊成根據建議的條件解放奴隸的決議。但南部不予理會。
儘管林肯對奴隸制深惡痛絕，而且後來還以解放者著稱，可他起先主要是為保全聯邦。
在第一次就職演說裡，林肯明確地表白，他沒有合法權利直接或間接地去幹預蓄奴州的奴隸制度。戰爭開始後將近一年半的時間裡，林肯都在想不去觸動奴隸制。1862年8月，針對一封題為《二千萬人民的祈求》的公開信，林肯表示：「我在這場鬥爭中的最高目標是拯救聯邦，而既不是保全奴隸制，也不是摧毀奴隸制。」如果僅靠聲稱聯邦不容分裂，並不惜以大炮來維持的話，即使南伐成功，用刺刀把南部諸邦又和北方串在了一起，林肯也不會流芳百世。他頂多不過像俾斯麥之於德意志，嬴政之於秦帝國。這和獅子或大猩猩爭搶地盤沒有太大的區別。
林肯沒有止步。隨著1863年1月1日《解放宣言》的發表，戰爭演變成了為自由和人道而戰。在林肯的戰旗下，完整的疆域同時也必須是自由的樂土：「我們要使國家在上帝福佑下得到自由的新生，要使這個民有、民治、民享的政府永世長存」。在第二次就職演說中，林肯乾脆就說，佔美國人口八分之一的黑奴，形成了一種特殊的和重大的利益，這種利益是戰爭的根源，而反叛者的目的是要加強、永保和擴大這一利益，為此不惜以戰爭割裂聯邦。在奴隸制問題上，南方最後陷入了百口莫辯的窘境，而林肯卻在歷史上獲得了南方再也無法爭奪的道義制高點。林肯既象徵著自由、平等，又高舉著統一的大旗。事後看，也許我們覺得代表正義的林肯必勝。
實際上，當時的局勢充滿了懸念。
1864年下半年的總統大選，是美國的一個坎。因為它將決定美國未來的命運。這次大選實際上是北方就戰爭問題舉行一次公民投票，美國人民將就是戰還是和，用選票做出自己的抉擇。
1864年6月7日，林肯再次被共和黨提名為總統候選人。雖然林肯在1864年6月16日一次保健義賣會上說，這場戰爭已經打了三年，為了美國人民，即使戰爭還要打三年，也要把在整個國家疆域內恢復政府權力這條路線貫徹到底。可是，憲法沒有授權總統可以自行決定將解放戰爭進行到底。如果不能再次當選的話，他也沒有權力選擇一個你辦事我放心的總統接班。繼續戰鬥的說法，不是下達最高指示，而是林肯向美國人民申明政見，真摯呼籲。
總統職位四年一選。這就決定了林肯不能不考慮這一現實政治條件：在這個有限的期間裡自己只掌握有限的權力。他既無權去統一思想，也沒有能力統一認識，強制國民擰成一股繩，心往一處想，勁往一處使。他的戰略選擇必須有民眾的認可和支持，一意孤行沒有合法性，也沒有現實性。沒有足夠的選民認可，打到里奇蒙，統一全美國，也只能是他林肯的理想而已。
他和他的政見，必須接受選舉的檢驗。
在競選期間，林肯引用了一則荷蘭老農的故事。
在一次旅行中，這位老農對同伴說：「在要過河的時候換馬絕非上策。」
但是，北方人民到底換不換馬，共和黨無法把握，林肯也不能操縱。
儘管林肯為了美國的統一不願意放棄使用武力，可依舊止不住厭戰情緒在1864年的夏天瀰漫。呼籲停火和談的聲音不絕於耳。從加拿大流亡歸來的克萊門特·瓦蘭迪加姆，甚至直言不諱地發表反戰言論。面對當時的情形，一位紐約政客就說：「人民都為和平發了瘋。林肯不可能再次當選。」就連林肯自己都感到前景黯淡。1864年8月23日，林肯在便條上寫道：「今天早晨，和前幾天一樣，看來本屆政府極可能不會重新當選。」
可局勢的發展卻有點像詩：車到山前疑無路，柳暗花明又一村。
該年9月，謝爾曼佔領亞特蘭大，南部邦聯主力部隊全軍覆滅。這個關鍵時刻的關鍵勝利，掃除了籠罩在林肯頭上的政治烏雲。就像南方的《里奇蒙觀察報》所說的那樣，「它使林肯的黨倖免覆滅」。
林肯再次當選總統。
這是第二次世界大戰之前，世界上第一次在戰爭期間舉行的大選。在烽煙瀰漫中，沒有人建議推遲1864年的總統選舉。林肯就說：「沒有選舉，我們就不會有自由的政府；如果這場叛亂會迫使我們提前或推遲一次全國選舉，那這場叛亂就簡直可以宣稱已經徵服並毀滅了我們。」
在這場史無前例的實驗中，更引人注目的是，士兵也參加了選舉。這是歷史上第一次讓參戰人員在一次可能決定他們是否繼續戰鬥的選舉中投票。就連士兵也支持戰爭。在士兵中，共和黨選票佔四比一的多數。
這是人類自由史一個標誌性的臺階。誠如在大選獲勝後的林肯所言：「它證明，一個人民的政府可以在一場大規模的內戰當中經受起一場全國性的選舉。在此之前，世界上的人們並不知道這是可能的事。」在這個意義上來說，南北戰爭也是人類歷史上一場真正的人民戰爭，它不是由誰自我標榜，而是通過選票驗證。
再次當選的林肯，沒有乘勝徹底乾淨消滅敵人的打算。看到死亡和流血，他希望戰爭儘快結束。在1865年2月5日致國會的諮文草稿中，他提出：國會授權總統付給維吉尼亞等南部16州4億美元，以賠償奴隸主解放奴隸後的損失，目的就是換取南部諸州放棄和停止反抗；此外，一切政治犯將得到赦免，歸還除奴隸以外一切依法充公或沒收的財產。
儘管這個設想遭到了內閣成員的一致反對，但這份永遠都沒有提交國會的文件，依然是林肯目光遠大和人道精神的體現。林肯知道，戰爭總有結束的一天，只要不願意美國永遠繃著鬥爭的弦，就必須儘可能讓強扭的瓜變得更甜一點。
林肯不憚於使用霹靂手段，卻始終有一副菩薩心腸。在他的努力下，聯邦國會在1865年1月31日通過了提出否定奴隸制和強制勞役的憲法第十三條修正案。就是在去福特劇院之前，他還在釋放一名南方在押犯的文件上簽字同意。可刺客布思卻把他當成了南方的仇人，美國的暴君。
1865年4月14日，林肯在福特劇院挨了布思致命的一槍。
巧合的是，這一天是耶穌受難日。第二天，林肯與世長辭。
雖然林肯已經看不到招展的旌旗，聽不到長鳴的號角，但他為之奮鬥的事業還在。美國斷裂的紐帶重新連接了起來，林肯使它真正成為一個不可分割的整體。正如歷史學家威廉斯所言：「自1865年以來，任何一個政黨、階級或階層就連分裂國家的可能性與可取性也沒有人再考慮了。