手把手教你用 Origin 繪製小提琴圖

2022-01-04 生物學霸

收錄於話題 #學霸手把手教:Origin篇 2個

在統計圖像裡面,小提琴圖算是比較漂亮的一種圖形了。

常見的小提琴圖繪製方法包括 graphpad, R 語言,python 等,今天給大家介紹如何用 Origin 繪製小提琴圖。

註明一點:Origin 在 2019b 的版本中才加入了小提琴圖的繪製,而且除了傳統的小提琴圖之外,還加入了其他幾種小提琴圖的繪製選擇,比如 violin with box, violin with point, violin with quantile, half violin 和 violin with stick 等。

1.1 打開軟體,導入數據,如果你的數據是 2 組以上,就在下圖 book1 的空白處點擊滑鼠右鍵,然後選擇 add new column,這樣就生成了第三列 C 列。

1.2 將事先準備好的數據複製到 book1. (long name = 長名稱;units = 單位;comments = 注釋)

1.3 數據導入完成後,接下來就開始作圖了:點擊菜單欄的 plot 或右鍵數據選擇 plot,在 statistical 選項內選擇 violin plot,意為繪製普通的小提琴圖。


1.4 接下來對話框中,將 ABC 全部勾選,點擊 ok

1.5 草圖繪製完成,左上角的 1 代表 origin 特有的圖層,origin 可以多圖層同時作圖,以後會給大家進一步介紹。

2.1 同 graphpad 作圖一樣,草圖生成後相當於完成了一大半,剩下的就是修飾草圖,包括填充色、線條、刻度等。

雙擊空白處,可以進行背景的設置,例如背景的顏色和邊界的樣式,如黑線和陰影等。

2.2 雙擊小提琴,對 plot details 進行修飾,在 group 模塊下,可以選擇是 3 個小提琴一起同意修飾 (dependent) 還是各自獨立修飾 (independent)。紅色方塊內容是需要修飾的內容,包括邊界顏色、線條、盒體顏色、填充區域顏色等。

2.3 我們選擇 distribution fill 進行小提琴的顏色修飾,在 increment 下選擇 by one,意為三個小提琴依次獨立修改為…

2.4 由於在統一修飾模式下,顏色是系統設定好的,所以有的同學可能覺的不夠好看,那怎麼辦呢?別急,有辦法:

先選擇 independent 的 edit mode,然後雙擊其中一個小提琴進入 plot details 對話框


Independent 的原理就是一個一個地修飾,上圖左側紅色方框中,勾掉另外兩個後,在 distribution 模塊下進行下圖的選擇。

2.5 並同理對其他兩個小提琴圖逐一進行修飾,得到最終的小提琴圖:

3.1 同理類似於 graphpad,雙擊坐標軸後還可以對坐標軸的屬性進行設置,如不需要調整,默認設計就好。


3.2 上圖中 Y 軸的 title 被我修改成了「生物學霸」哈哈,此外還可以在空白處點擊右鍵,選擇 add text 添加文本內容。讓你的圖變得更加完整。

4.1 學會了做普通的小提琴圖,其他各種形式的小提琴圖也就信手拈來了。

4.2 圖片繪製完成後,點擊菜單欄裡的 file,選擇 export,as image file,選擇輸出圖片的格式,常見的為 tif 格式。

好啦,相信掌握了這篇文章的內容後,手握 graphpad 和 origin 兩大利器,CNS 級別的小提琴圖也就向你招手了。

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