《宮心計2》作為《宮心計》的第二部續集，但是講述的故事與第一季毫無聯繫，只是打著第一部的名字而已，因為有第一部在前，第二部出來難免會被觀眾拿來與第一部對比，許多觀眾都覺得第一部拍的比較好，比較有宮鬥的氛圍，而第二部則是少了宮鬥的情節，讓人覺得沒有什麼看頭。
其實第二部還是有宮鬥的戲份，但是情節設計得比較弱，沒有過多後宮的宮鬥戲碼，而是著重描繪了太平公主和皇帝李隆基的爭權。第二部故事主要圍繞著一介平民元玥進宮尋找失蹤的姐姐為主線開始。元玥和姐姐殷瑈自小就感情好，兩人雖然生在貧苦亂世的環境家庭裡，姐姐殷瑈雖然年紀小，但是懂事疼愛妹妹，後來為了能讓家庭生活下去，她們的母親確定要買掉一個女兒代替別家小姐進宮。
母親拿了一個肉包和一個饅頭來，選到肉包的就替人進宮，妹妹元玥選到了肉包，但是姐姐殷瑈心疼妹妹，搶過肉包代替了妹妹進宮。一直以來姐妹們都有書信聯繫，但是一年前姐姐突然沒了音信，元玥覺得可能姐姐遭遇了不測，開始想進宮找姐姐。
進宮後元玥看到了宮中的陰謀詭計，經過一系列的事情後，善良的元玥成為了冊封的公主，對於一直尋找的姐姐卻還是沒有消息。但是電視劇已經演到了結局。終於在大結局裡，揭秘了元玥姐姐的死因。
原來早在韋後爭奪權利的時候，想要伺機殺害太平，元玥姐姐做為食膳坊的女史，替韋後送了一碗有毒的湯藥給太平，被發現後被太平虐殺而死。
但是其實真正虐殺元玥姐姐殷瑈的不是太平，而是一直和太平對立的皇帝李隆基。那時候李隆基和太平還是站在同一線上的，是李隆基親自對殷瑈用刑，把殷瑈打死了。