在植物分類學上，咖啡是茜草科家族的咖啡屬（Genus Coffea），底下有至少一百個咖啡品種。
比較常見的咖啡有阿拉比卡（Arabica，風味優雅，是精品咖啡主力）和羅巴斯塔（Robusta，或稱粗壯豆，風味粗糙，咖啡因含量高，不屬精品咖啡）兩大種類。
除此兩大種類之外，還有兩小種類，分別是Liberica（樹體高大，主要生長在馬來西亞和非洲西部）和Excelsa；但這兩小種類在市場上非常少見（連正式的中文譯名都沒查到）。
阿拉比卡還有許多亞種，皆是由衣索比亞最古老的鐵比卡（Typica）和葉門的波旁（Bourbon）移植中南美洲或亞洲後變種衍生而來；品種繁多，不勝枚舉。但精品咖啡主要指用心栽培的高海拔阿拉比卡，種類就不算太多。大致分類列舉如下。
古老原生種：
鐵比卡（Typica）：衣索比亞最古老的原生品種，頂葉為古銅色，豆體呈橢圓形或瘦尖形；風味優雅，但體質較弱，抗病力差，產果量少。牙買加藍山、夏威夷可娜等優秀的莊園豆都屬於鐵比卡。
鐵比卡頂葉為古銅色是特徵之一
波旁（Bourbon）：早期（咖啡史前）鐵比卡移植到葉門後的變種，豆形從瘦尖變成圓身。1715年，法國移植葉門摩卡的圓身豆到非洲東岸的波旁島（法國大革命後改稱留尼旺島Reunion）後才起名波旁。波旁圓身豆1727年輾轉傳到巴西和中南美洲、1732年英國移植葉門摩卡到聖海倫娜島（後來囚禁拿破崙的地方）也是波旁圓身豆。波旁是美洲精品咖啡杯測的常勝軍。
基因突變種
尖身波旁（Bourbon Pointu）：1810年在波旁島發現，豆體從圓身變為尖身，咖啡因含量只有一半；但量少體弱，極為珍貴（多在實驗室培育）。
象豆（Maragogype，或Elephant Bean）：鐵比卡最知名的變種豆，1870年最先在巴西東北部Bahia州的Maragogype產豆區發現，豆體比一般阿拉比卡至少大三倍，因而得名。象豆在低海拔區風味差，但高海拔風味較佳、酸味溫和、甜香宜人。
藝妓（瑰夏Geisha）：屬鐵比卡家族的衍生品種，1931年從衣索比亞南部Geisha山（Geisha與日文「藝妓」同音）輸出，經過很多國家都默默無聞，1960年代移植巴拿馬，到2005才開始在杯測賽中頻頻勝出。
肯亞「SL28」和「SL34」：二十世紀初法國、英國傳教士和研究人員在肯亞篩選、培育出來的波旁嫡系，百年來已適應肯亞的高濃度磷酸土壤，孕育出肯亞特色的酸香精靈；頂級肯亞咖啡都是出自這兩個品種，但移植其它地方卻即走味。
黃波旁（Bourbon Amarello，或Yellow Bourbon）：巴西聖保羅州特有的波旁變種，成熟後咖啡果子不會變紅，呈橙黃色。後來發現當地其它波旁衍生品種也有果皮變黃的。
卡杜拉（Caturra）：波旁的單一基因變種，1950年代在巴西發現。產能與抗病力比波旁佳，且不需遮陰樹；風味與波旁不相上下或稍差。
帕卡斯（Pacas）：在薩爾瓦多發現的波旁變種，1935年薩爾瓦多咖啡農帕卡斯移植名種波旁，到1956年發現結果量高於其它同種咖啡樹，請專家鑑定後確定發生了基因突變。
Villa Sarchi（維拉薩奇）：1960年代最先在哥斯大黎加發現的波旁變種，近年常出現在杯測優秀榜內。
從左到右：肯亞圓豆，象豆，肯亞AA
阿拉比卡種內雜交（Intraspecific Hybrid）
新世界（Mundo Novo）：波旁與蘇門答臘鐵比卡自然雜交的品種，最早在巴西發現。產量高，耐病蟲害，1950年代在巴西大量種植，被譽為巴西咖啡業的新希望；但樹較高，不易採收。
卡杜艾（Catuai）：新世界與卡杜拉的混血品種；樹矮，抗風，但風味較單調。
帕卡瑪拉（Pacamara）：帕卡斯（Pacas）與象豆（Maragogype）的雜交品種，豆體碩大僅次於象豆，是薩爾瓦多1950年代配出的優良品種，近年杯測成績不錯。
肯特（Kent）：印度發現的鐵比卡混血品種，產量高，抗病力強，但未曾在杯測取得好成績。
阿拉比卡與粗壯豆雜交（Interspecific Hybrid）
提摩（Timor）：在東帝汶發現的自然混血品種，染色體44條，較接近阿拉比卡；但風味平淡無奇。
卡提摩（Catimor）：1959年，葡萄牙人將巴西卡杜拉與提摩混血，培育出抗病力強的卡提摩。但風味也較差，目前是商用豆的重要品種。
伊卡圖（Icatu）：巴西多代雜交改良的品種，曾進過巴西「超凡一杯」前十名。
魯依魯11（Ruiru 11）：1985年肯亞研究出來的重產量不重質量的混血品種。
阿拉比卡和粗壯豆雜交的品種，到目前為止還沒有能算是精品咖啡的；所以在很多專做精品咖啡新鮮烘焙的供應商，都沒有這些種類。然而，很多即使是進口名品咖啡供應商，卻有些把這種雜交豆混入拼配豆（Blend）之中，以降低成本。
另外，從上述基因突變種（不論是自然還是科研產物），其風味都與特定的地域條件有很大的關係。即使在同一個國家，不同的莊園出產的咖啡豆也可能相差深遠。精品咖啡講究「地域之味」的特性才能彰顯出來。
（圖文源於網絡，感謝分享）
【延伸閱讀】
回復「分類」，看「珍藏圖：咖啡世界的分類」
回復「信息圖」，看「看懂這幾張圖，你就看懂了咖啡」
回復「產區」，看「世界咖啡產區知識大全」
回復「常識」，看「值得分享的咖啡常識」
回復「品咖啡」，看「三分鐘學會品咖啡」