草莓是難儲存的水果，最好隨採隨銷，臨時運輸有困難的，可將包裝好的草莓放入通氣涼爽的庫房內，包裝箱擺放在貨架上，不要就地堆放。由於草莓極不耐儲存，即使存放3～5天，果實的失水、腐爛現象也很嚴重。草莓採後腐爛的主要原因是灰黴所致。灰黴病的病原菌多數是由田間帶來的。採收的果實感染病菌後，即使在5℃條件下，1周之內就可見到腐爛的病斑，為了使果實採收後儲存和運輸中保持其新鮮度和品質，仍需要採取適宜的儲藏方法。
一、低溫儲藏
研究表明，儲運草莓的最適溫度是0～0.5℃，允許最高溫度是4.4℃，但持續時間不能超過48小時。同時空氣溼度保持在80%～90%，草莓採收後，要快速而均勻地預冷，然後低溫儲藏。庫溫保持0～2℃恆溫，可存放7～10天，但冷藏時間不能過長，否則風味品質會逐漸下降。如果冷庫溫度在12℃左右，可儲藏3天，在8℃以上能儲放4天。無公害草莓儲藏要求不超過5天。
二、氣調儲存
氣調儲存是在草莓儲存過程中，人為調節空氣的組成，以達到儲存保鮮的目的。目前，多採用塑料薄膜帳儲存，即利用厚0.2毫米的聚乙烯膜做帳，形成一個相對密封的儲存環境，加上矽窗控制。草莓氣調的適宜氣體成分是：3%氧氣，3%～6%二氧化碳，91%～94%氮氣，儲藏時間是10～15天，如將氣調與低溫冷藏相結合，儲存期會更長。二氧化碳濃度要適當控制，如果高到10%時，果實軟化，風味差，並帶有酒味。
美國加利福尼亞州用光鈍感型草莓品種芳香、鑽石和賽爾娃進行了高二氧化碳條件下儲藏試驗，結果表明，提高二氧化碳濃度儲存的草莓果香味有增加的趨勢，高二氧化碳氣體有刺激草莓果發酵的作用，乙醇濃度升高有利於乙酸乙酯的合成，提高了草莓芳香物質的總量。
據國內試驗，寶交早生草莓密封在真空乾燥器內，充入鋼瓶二氧化碳，濃度10%，在0℃下儲藏20天的好果率和商品率達到94%，這為草莓運輸和短期儲藏開闢了新的途徑。
三、輻射儲藏
輻射儲藏是利用同位素鈷60放出的γ-射線輻射草莓漿果，殺傷果實表面所有的微生物，以減少各種病害的感染，達到儲藏保鮮的目的。用2000戈（1戈=1焦耳/千克）劑量照射草莓可顯著降低果實黴菌的數量，約減少90%，同時還消滅了其他革蘭陰性桿菌。
四、熱處理儲藏
草莓熱處理是防止果實採後腐爛的一種有效的、安全的、簡單的、經濟的方法。在空氣溼度較高的情況下，草莓果實在44攝氏度下處理40～60分鐘，可以使草莓腐爛率減少50%，處理40分鐘時，漿果的風味、香味、質地和外觀品質不受影響。
五、離子電滲儲藏
將草莓放入電滲槽的電滲液（1%氯化鈣加0.2%亞硫酸鈉）中，用110伏電壓、50毫安電流進行電滲處理1.5小時撈出，用水衝洗，瀝乾後裝入聚乙烯膜袋中封口，在4℃低溫儲藏，相對溼度為92%～95%。電滲後使果實中鈣濃度增加，可穩定生物膜的結構，降低通透性，防止組織崩解。亞硫酸鈉分解產生二氧化碳，不僅有防腐作用，還可抑制果實中多酚氧化酶的活性，可抑制果實褐變，經離子電滲法處理的草莓，儲藏30天的腐果率低於5%，漿果品質也保持較好。
六、脫乙醯甲殼素塗膜
脫乙醯甲殼素是一種高分子量的陽離子多糖，能形成半滲透性膜，而且無毒安全。用1%的脫乙醯甲殼素在草莓果上塗一層膜，在13℃條件下能明顯減少草莓的腐爛，21天後，腐爛率約為對照的1/5，效果好於殺菌劑，且無傷害，能保持較好的硬度。