日前，化學信息學領域國際頂級期刊《Journal of Chemical Information and Modeling》（化學信息與建模）出版了2020年12月新冠特刊，封面為中國古代傳說中神農辨藥嘗百草的畫面。該期封面刊出的正是華為雲EI醫療智能體團隊主導的抗疫課題——「神農項目」前期成果：新冠病毒藥物虛擬篩選在線交互Web服務。「神農項目」也是迄今為止全球最大的完全免費公開的新冠藥物虛擬篩選資料庫。
新型冠狀病毒（COVID-19）的出現在全球範圍影響了人類健康，尋找有效治癒新冠肺炎的治療方式是臨床醫生和藥物研發人員最緊迫的工作。計算機輔助藥物篩選根據病毒靶點和小分子藥物的3D結構，計算病毒蛋白與藥物之間的結合能量，實現從成千上萬的小分子庫中篩選出與病毒結合最緊密的候選藥物，從而快速為藥物研究和臨床試驗提供方向。
為了全面、系統地評估藥物對新冠病毒所有靶點蛋白的結合情況，2020年2月，華為雲EI醫療智能體團隊與華中科技大學同濟醫學院基礎醫學院、華中科技大學同濟醫學院附屬武漢兒童醫院、西安交通大學第一附屬醫院、中科院北京基因組研究所迅速成立聯合團隊，從新冠病毒蛋白序列開始，針對所有21個靶點蛋白進行同源建模、分子動力學模擬優化，獲取靶點蛋白的3D結構，對超過8500個已上市、進入臨床的小分子藥物進行了約18萬種藥物-靶點配對情況的計算評估，讓研究人員可以同時從21個蛋白的角度，綜合、無偏地評估藥物效果，從而為後續的藥物機制研究、臨床試驗提供線索。
「藥物篩選」之旅
華為雲EI醫療智能體平臺基於華為雲AI昇騰集群服務、一站式AI開發平臺ModelArts，集成了醫藥領域眾多算法、工具、AI模型和自動化流水線，可以短時間內完成上千萬次的模擬計算，讓以往耗時數月的計算機輔助藥物篩選在數小時內完成。
2020年4月起，「神農項目」所有篩選結果均已陸續在在線平臺（https://shennongproject.ai/）公開，藥物研發人員可在多個終端瀏覽器查看靶蛋白和藥物的3D結合結構以及計算評分，無需安裝任何專業的結構生物學軟體。
「神農項目」發表的公開數據得到了中外廣泛的關注，同時也收到了大量的諮詢郵件。該數據平臺為多款臨床正在使用、臨床測試的中西藥的分子作用機理提供了理論基礎。
論文連結：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.0c00821