2018年1月18日，商務部網站發布日本進出口貨物通關流程情況簡介（有關食品）。
一、進出口貨物一般通關流程
根據日本《海關法》規定，一般情況下，應將進出口貨物運入保稅區域後，再向海關申報。海關接到進口申報後，進行單證審查和必要的貨物查驗，有稅貨物原則上待企業繳納關稅等稅金後,海關予以放行,企業方能提貨。但也存在例外規定，其簡要情況如下：
進口
(一)可不進入保稅區域條件
1.散裝貨物等可不運入保稅區域；
2.蔬菜、魚類等需快速運走的航空貨物；
3.風險管理認可的「特例企業」。
(二)可先提貨條件：根據規定，具備以下條件，向關長提出關稅擔保並獲得關長同意後，可先提貨。
1.貴重品、危險品、有變質、損壞可能的貨物；
2.因參加展覽會受時間限制的貨物；
3.因適用特惠稅率待交原產地證書的貨物；
4.合同規定卸貨後需核實數量，申報時數量還未確定的貨物。
(三)先放行，後納稅條件
符合特例申報制度規定的，可先放行，後納稅。適用特例申報制度的對象主要是通過了安全管理和遵紀守法風險控制機制並經關長批准的「特例進口者」，目的是減少進口者成本，提高便利性。
(四)預審制的適用
預審制是貨物到達之前或食品進口檢驗檢疫未完結前，先向海關申報，海關預先進行單證審核、確定是否查驗貨物的制度。因此，企業可視情況提前進行「預申報」，達到海關手續和其它法律規定的手續同時辦理，節省時間的目的。如貨船進港滯後，無法按約定時間將貨物運入保稅區域，處於等待狀態時，也可先向海關申報，待貨物運入保稅區域後就能很快獲準放行、提貨。
出口
根據特定出口申報制度，通過了安全管理和遵紀守法風險控制機制並經關長批准的「特定出口者」，可直接向貨物存放地（包括本工廠的倉庫）或貨物將要出口（包括運送途中）的海港、空港所在海關關長申請，獲得批准後，貨物可不運入保稅區域便予以放行。根據日本《海關法》規定，出口貨物無稅，出口流程相對簡單。
二、進出口貨物特別通關程序
（一）醫藥品等
醫藥品等除了醫藥品外，還包括醫藥類外部用品、化妝品和醫療機械。這類物品的進口通關除了接受海關監管外，還要按照《藥事法》的規定由厚生勞動省介入。具體的職能部門是該省專門負責醫藥品通關事務的地方厚生局藥事監視專門官、後生勞動省的醫藥食品局監視指導及毒品對策課。根據《藥事法》的規定，醫藥品、外用藥、化妝品和醫療器械出於營業目的的進口必須經過厚生勞動大臣的許可和批准。
（二）食品
作為世界上少數的農業保護主義國家，日本在食品貿易中的不開放程度世界有名，管理也較嚴格，其主管部門為厚生勞動省。
根據《食品衛生法》第27條的規定，為了確保進口食品的安全性，食品進口者有義務向厚生勞動省提出備案。沒有進行進口備案的食品不得用於銷售。厚生省在全國各地設有檢疫所，檢疫所下設食品監視課或檢疫衛生及食品監視課。
備案程序的流程是，由食品進口業者事先到檢疫所進行諮詢，然後準備進口備案的相關文件材料，包括食品等進口申請、原材料、成分及製造方法的說明書，根據情況有的需要提交出口國的衛生證明書和試驗結果證明。進口食品到達後提出進口審查，檢查可由指定的註冊檢查機構實行，也可由檢疫所進行行政檢查。檢查不合格的要麼廢棄，要麼退貨裝回。檢查合格的頒發食品等進口備案完畢證明，然後在海關履行通關手續後進入國內市場流通。
對於食用肉類河豚等製品需要提供出口國政府頒發的衛生證明書。出口國的官方食品檢查機關的名單也要進行公布。
檢疫所審查的要點首先看是否記載了出口國、進口貨物名稱、生產者、生產地、原材料、製造方法、有無添加物等，然後審查是否符合《食品衛生法》規定的生產標準，添加物的使用標準是否適當，是否含有有毒有害物質，該生產者和生產地是否以往有食品衛生上的問題等。
（三）植物檢疫
一般進口的植物檢疫檢查流程是，首先進口者提出植物檢疫檢查的申請，有的植物須提交出口國的植物檢查證明書，然後由檢疫官員進行目測看是否有病蟲害蟲附著，或者抽樣檢查。如未發現病蟲害蟲，就發給合格證明書，可以進行通關。如發現病蟲害蟲，可以進行消毒處理後發行合格證明書，或者作廢棄處理，或者退還原進口國。植物檢疫由農林水產省的植物檢疫所進行。
（四）動物檢疫
進口人必須事先向動物檢疫所提出檢疫申請。偶蹄類動物和馬要在貨物到達前90天到120天；雞、鵪鶉、山雞、鴕鳥、火雞、鵝以及其他鳥類提前40天到70天；狗提前40天。申請書要記載動物種類和發貨地、動物品種、雌雄以及去向情況、年齡、用途（種畜、肥育用、競賽用等）、產地、購買時期等，發往什麼都道府縣以及農場。要附帶的文件類應向管轄該動物圈留場所的動物檢疫所所長提交，同時也要提交關於動物管理人的情況。動物到達後要通知家畜防疫官。
家畜防疫官在動物到達後登臨船舶（飛機）檢查，作出指示將該動物轉移到圈留場所。必要時要對運送車、作業地域進行消毒。經過每日監測觀察後得出沒有問題的結論後就予以放行。
出口動物也要進行檢疫。程序與進口動物檢疫相似。
圈留時間方面，偶蹄類動物進口15天，出口7天；馬進口10天，出口5天國；家禽進口10天，出口2天；雛雞進口14天，出口無圈留；其他進口l天，出口無圈留。圈留無異常就準予放行。圈留髮現異常則進行死亡處理或者退回原出口國。進口動物在通過動物檢疫所檢疫到達各都府縣後，還要在該都道府縣跟蹤檢查3個月。
（五）海關擔保與通關
進口貨物通關過程的海關擔保主要有兩種情況，第一種是與通關便利化相關的海關擔保，第二種是智慧財產權海關保護中的海關擔保。
在日本，提供的海關擔保物最為典型的是現金。但是在很多場合下也可以用有價證券作為擔保物，比如國債、地方債、公司債及其他有價證券。國債和地方債要向海關提出委託書的正本。如果是登記國債則提供登記通知書。公司債以及其他有價證券要提供委託書的正本。國債、地方債和公司債及其他有價證券，以及現金的委託在地方法務局進行。不動產也可以作為擔保物。日本專業從事國際貿易的公司一般稱為「商社」。一些大型商社在進行綜合經營時也進軍不動產業，因此以不動產作為海關擔保物也是比較多的。土地和建築物等則是登記簿或者登記原簿的謄寫本。
保證人的保證可以有保證書或法令保證文書（與進口貨物相關的納稅保證）。保證人原則上為銀行、長期信用銀行、農林中央金庫、商工組合中央金庫、信用金庫、生命保險公司、損害保險公司、外國生命保險公司或者外國損害保險公司。
三、申報的主體
根據日本《關稅法》規定，進口申報可由貨物的進口人進行，也可委託經海關批准的通關業者(相當於報關行)辦理,日本的通關業者可以是法人，也可以是個人。同時，日本《通關業法》也規定，通關業者的主要業務是接受委託，代理辦理向海關申報等通關手續；代理交納進出貨物各種稅費等；代理辦理關稅的更正、退還申請、關稅的減免等手續；代理提出行政申訴和複議等。目前，企業為節省時間、減輕僱用專業人員成本、提高效率，多委託通關業者向海關申報，辦理通關手續。
四、通關時需提供的單證
1．發票
2．提、運單。海運：（Bill of LADING:B/L 或 Sea Way Bill：SWB），空運：（Air Way Bill:AWB）
3．保險費清單
4．運費明細單
5．包裝說明書
6．委託報關、報檢的須提交代理委託書。
此外，有的貨物需要以下單證
1．動植物檢疫證（動、植物檢疫所出具）
2．原產地證明（需享受特惠關稅時，由日本工商會議所頒發）
3．減免稅證明（如加工、修理物品在出口的免稅，由海關出具）
4．衛生證明書（由出口國官方食品檢查機關出具）
所有單證目前均通過電子數據方式向海關提供，海關對通關電子單證審核後，認為無需核查紙質單證時進行電子單證放行。但還需查證原件或核實數量等情況時，企業應在電子單證放行後3日內向海關提交或出示單證原件。
五、通關過程中其他費用的收取
在貨物通關環節中，日本海關除徵收關稅及國內消費稅等外，還會收取海關監管場所外貨物查驗費，一般情況按每小時5000日元收取，如使用「NACCS」單一窗口提交申請的則每小時收取4700日元。此外，根據關稅法規定，海關在出具證明書和對經許可的保稅倉庫、保稅工廠、綜合保稅區等也按月收取手續費（詳見附件11）。在調研中還初步了解到由動植物檢疫所出具的證明等時不收取手續費。但在通關過程中會發生報關代理費、理貨費等，現將大致收費情況簡單介紹如下。
（一）報關、報檢代理費
在2017年10月以前，日本海關對通關業者等代理報關的各種費用公布有一個最高金額限額表（詳見附件12），但考慮到此做法不利於企業的公平競爭，財務省於2017年10月的大通關改革中已予以廢止，之後的代理報關費用等由各通關業者等自行確定。因此，包括報檢費用在內，各個代理企業的具體收費都是不一樣的。如進出口的量較大，可在自定的收費金額基礎上實施優惠。在向某企業諮詢中了解到，雖然海關的最高限價取消了，但目前各代理企業自定的價格仍然與最高限價相差不大。其收取的報檢代理費大約在3000-5000日元之間。
（二）消毒費
實施消毒有2種方法，一是熱處理，二是燻蒸。目前，日本全國植物檢疫協會（一般社團法人）下經認定的消毒企業300多家，其中燻蒸企業25家，熱處理企業312家。由於企業不同，價格會有一定差異，但相差不會太大。消毒、燻蒸的方法、貨物不同，其價格也不盡相
來源：駐日本經商參處