在制度上，清代一方面有其獨特性，如設置了理藩院（前身是蒙古衙門），專門處理蒙古事務的衙門；一方面又沿襲明代，設置了六部和都察院。
需要特別提一下，清代的都察院與明朝的，稍微有些不同，清代設置都察院時，其將原來專門稽查六部和其他衙門的六科給事中，併入了都察院，與御史合稱「科道」，也打破了唐宋以來，監察機構臺（專司糾彈）、諫（職掌建言）分職的慣例。
清代的都察院大概在公元1750年，乾隆執政時期形成定製：
●左都御史：都察院最高長官，從一品，滿、漢各一人；
●左副都御史：都察院副長官，正三品，滿、漢各二人；
●右都御史、右副都御史：分別為各省總督、巡撫的兼銜，表明了督撫在行使行政職權之外，還有相應的行政監督權力；
●科道官：吏、戶、禮、兵、刑、工六科，每科設掌印給事中，滿、漢各一人，還另設給事中，滿、漢各一人，均為正五品；將全國行政區劃分為十五道，每道設有人數不等的監察御史，巡查各府、州、縣的政務，而監察御史根據巡查的事務的不同，又可細分為：巡按使、巡鹽使、巡漕使、屯田使，京城還設有五城監察御史，用於監督京城官吏以及京城治安。選拔科道官時，對漢人有一定的限制，必須是科舉出身且任職年限若干；京官三品以上、地方督撫以上，其子弟不得任職。
此外，還有經歷、司務、筆帖式等雜佐官吏若干，承擔都察院內部的運轉工作。
清代都察院
可謂是設置齊備，但都察院的職能，並不是一步到位的，其設置也要晚於六部。公元1631年，還稱後金之時，皇太極正式設立六部，由刑部主管刑獄、訴訟，但在對王公貴族、文武官員的監察，卻是一片空白，常常發生王公貴族利用權勢以及文武官員利用職務，幹起一些不法勾當。
有鑑於此，皇太極接受明朝降官的建議，在稱帝改元的崇德元年，即1636年，以整頓吏治為契機，正式設置了中央一級的都察院：
●承政：都察院最高長官，相當於此後的左都御史。根據記載，張存仁是可考的第一位承政，只不過，此時承政並無定員。直到1638年，才定下都察院只設滿承政一員，由國舅阿什達爾漢擔任，張存仁改任右參政；
●參政：都察院副長官，相當於此後的左副都御史。1638年，定下都察院設左參政兩人、右參政兩人，分別是左參政為索海、多爾濟達爾漢，右參政為張存仁、祖可法；
●理事官相當於郎中，副理事官相當於員外郎；
●啟心郎：清代獨有的官職，六部皆有設置。主要在滿、漢官員之間，起到翻譯溝通的作用，兼有顧問、規諫的職能。
皇太極
凡事都有個磨合的過程。雖然在1638年，皇太極在盛京崇政殿舉行隆重的授印儀式，為六部、理藩院、都察院長官授予本部印信（即官防），也象徵著都察院正式「運營」，開始行使神聖的監督職權。
但都察院一票官員，對於本機構職責範圍的界定，還不是很明晰。時任承政阿什達爾漢向皇太極上奏，有一僕人告主，經審理所告為實，即將原告撥與他人為奴；另外一次阿什達爾漢，對遲到的侍衛官進行訓斥，並擬送刑部定罪，弄得皇太極差點下巴都掉了。
緩過神來的皇太極，首先肯定了國舅上奏這樣的芝麻綠豆；接著是劃重點，對職權範圍進一步加以界定：都察院應該將重點放在，監督皇帝、親王以下的貴族以及大臣們的過失。明晰了職權的都察院，逐漸進入了角色：
●規諫、建言
所謂規諫，是對皇帝的錯誤行為進行規勸。而建言，是指積極為朝廷事務獻言獻策。公元1636年，為了受皇帝尊號的典禮，皇太極進行祭天齋戒，期間在院中射箭。都察院承政等規勸，說齋戒之際，不宜射矢，最終，皇太極接受了意見。此外，松錦之戰激戰正酣，宸妃突然離世，皇太極從前線趕回，都察院官員上奏「皇上自保聖躬，勿為情牽，珍重自愛」；
●彈劾
皇太極以後的皇帝執政時期，都出現了一些直言敢諫的人。如順治朝時期，清代統治者為了維護本民族的利益，強制推行「逃人法」，是一部嚴禁八旗奴僕逃亡而頒布的法令，給社會造成了極大的恐慌。時任兵科給事中李裀（yīn），冒死上陳「逃人法」的七大害，最終還是茲事體大，不敵滿清貴族勢力，被判流放東北；
●蒙古地區清查戶口、理刑獄
本來這不是都察院的職責範圍，或許出於大清剛剛立國不久，一整套國家機器運轉得還不是非常順暢，亦或是因為都察院最高長官，是國舅的身份，《太宗文皇帝實錄》，記載了承政阿什達爾漢，於1636年至1638年之間，曾三次參與蒙古地區清查戶口、理刑獄。
獬豸補子
值得一提的是，都察院官員的補子。眾所周知，官員的朝服前胸和後背，各戴有一塊紋樣和圖案均為相同的補子。文官戴的是禽鳥類補子，而武將戴的是走獸類補子，從外觀上，便可分辨出文官、武將的等級。按理說，都察院屬於文官體系，但卻無論品級高低，均採用獬豸的補子；要區分品級，只能從頂戴上。原因嘛，一是在上古神話中，獬豸為龍子之一，性格好訟，能分辨是非曲直；其次，鳥禽類一般以平和、溫順形象示人，顯然與都察院承擔的職能不符。