古老帝國拉普達是一座漂浮在空中的巨大機械島，傳說那裡已無人居住，蘊藏著巨大的財富。因此，無論是軍方還是海盜，都在尋找著這座漂浮在空中的島嶼。
小礦工巴魯這天偶遇拉普達比繼承人希達，兩人一見如故。因為希達身上有找尋拉比達帝國的重要物件飛行石，軍方和海盜兩幫人馬都在追殺希達。帕克帶著希達一起逃亡，最終都沒有逃出軍方的手中，希達被軍隊擄走了。
為救朋友希達，巴魯只能選擇與海盜合作。在巴魯和海盜救出希達的同時，也發現了軍方的邪惡計劃。為了阻止軍方的邪惡計劃，巴魯，希達與海盜一起踏上尋找拉普達之旅。
故事的最後，希達念起了咒語，天空之城拉普達破碎。而飄在空中的飛行石結晶搭載著拉普達的生命之樹，上升到天空的盡頭。
《天空之城》其實包含更沉重、肅穆的宗教神話形式：拉普達原型仿佛是夢幻、宏偉但中止了的巴別塔；開頭展示拉普達發展歷史的組畫，如同記錄神話歷史的文藝復興時期的宗教壁畫；結尾大樹帶著拉普達飛向寰宇，背景音樂再度響起，合奏了拉普達文明遠去的悲劇儀式，激起觀影者心靈沉重的共鳴。儀式的祭品是高科技文明，而人類能否把握住神的恩賜，和諧共處並與自然和諧相處呢？
初看《天空之城》，它是簡單而平白的。但卻是用奇幻色彩所裝點而出的一個純美無瑕的夢，宮崎駿手執畫筆為這夢勾勒出了恬靜素雅的絕美，久石讓以音樂則構築了這部電影情感的洪流，那難以言狀的心靈震撼，絕非僅僅是因為愛情。
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