任何事物，都有其兩面性，咖啡灌腸也不例外，也是存在一定的危害性的，看到這裡，也不要害怕，且看我們下面分析。
下面我們說主要的幾點，也是網絡上比較流行的危害。看完之前，先不要害怕，因為，這是以前的老咖啡灌腸才會存在的危害。
1、容易導致腸穿孔。腸道壁很薄，自己灌腸操作不當，或者用力過猛，都會不小心弄破腸道壁，導致腸穿孔。而腸穿孔後腸子裡的糞便和細菌會流入腹腔，引起感染
2、破壞排便規律，人體自有相對固定的排便節律，在定期頻繁的灌腸後，腸道以及肛周的肌肉已經適應了這種狀態，就不得不一直灌下去，如果哪天突然停止了灌腸，反而會使便秘症狀更加嚴重。
3、水電解質紊亂，長期不當的灌腸也會引起水電解質紊亂。因為往腸道裡灌咖啡的時候，流出來的不僅是咖啡和汙物，還包括本來應該被吸收進人體的無機鹽和水分。
4、腸道菌群失調，腸道裡面大量的微生物對於人體的消化吸收、抵抗外來病菌等很多方面，都起著極其重要的作用。長期用咖啡灌腸可能引起腸道菌群失調，反而危害腸道健康。
5、易致腸道疾病，長期進行咖啡灌腸，打破了機體的正常微生態平衡。再加上普通人灌腸不可能做到嚴格的規範操作，更極大的增加了腸道感染患病的風險。輕者引起腹痛、腹瀉等症狀，重者有可能對腸道造成無法恢復的損害。
截至到這裡，上面的危害已經大部分展示了，那麼我們就來分析一下這些危害。先來看第一點，腸穿孔，這個是可能存在的，上面也說了，操作不當或者用力過猛會造成，其實這個問題發生概率很小，或者幾乎可以忽略，因為我們現在的咖啡灌腸，都是嚴格控制量的，所以，一般出現不了此危害。第二點，排便規律被破壞，如果說灌腸是破壞排便規律，那便秘就是正常嗎?這個問題，我們可以從實際的客戶的反饋中，基本上不會造成排便不規律，不會影響正常排便，這個危害純屬於自由想像。第三點，這個情況是有的，尤其是一天灌腸好幾次的一些人，水電解質紊亂，會造成水分或者無機鹽流失，如果一天灌腸一次，基本上這些無機鹽跟水，通過正常進食，就補充回來了。第四點，傳統的咖啡灌腸，確實會造成菌群失調，不過現在的一些產品，例如一排淨的產品，都已經很好的補充益生菌了，所以也不是什麼問題。第五點，正常微生態平衡被打破，也是說的以前的自己蒸煮的咖啡來灌腸的那些，現在的咖啡灌腸，都不需要蒸煮了，都是直接溫水衝調即可了，體內環境是得到一個補充的，不屬於破壞了。
總之，咖啡灌腸排毒是有危害的，隨著科技的提高，很多危害都已然不是危害了，不過首先，大家的眼光還是要向前看，認可新生事物，認可新產品，因為現在的咖啡灌腸的產品，都是經過重重試驗之後，才會生產的，畢竟是關係到身體健康的大事，可不能糊弄的心態。
最後，凡事都有一定的危害性，這需要我們去學習，去避免，